요지

학교법인의 상시근로자 수가 5인 미만이고 부동산 또는 부동산상의 권리대여로 인하여 발생하는 소득과 이자․배당소득금액의 합계액이 매출액의 70% 이상인 경우라도 학교법인의 지배주주 등 지분합계가 50%를 초과하는지를 산정할 수 없으므로 성실신고확인서 제출대상에 해당하지 않음

답변내용

「법인세법」(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제1조제2호에 따른 비영리내국법인에 해당하는 학교법인은 ｢법인세법｣ 제60조의2제1항에 따른 성실신고확인서 제출대상에 해당하지 않는 것임

1. 사실관계

 ○갑학교법인은 ’54.4.22. 설립된 ⁠「법인세법」상 비영리내국법인으로 경기도 용인시 소재 ◎◎중학교를 운영하고 있는 ⁠「상속세및증여세법」상 공익법인에 해당함

  -갑학교법인은 수익사업으로서 이자･배당･부동산(권리 포함)임대 소득금액의 합계액이 기업회계기준에 따른 매출액의 70% 이상을 차지하며 2018사업연도의 상시근로자 수는 5명 미만에 해당함

2. 질의내용

 ○학교법인도 ｢법인세법｣ 제60조의2제1항제1호에 따라 성실신고확인서 제출대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제1조【정의】

   (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하동일)

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1."내국법인"이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말한다.

  2."비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

  가.｢민법｣ 제32조에 따라 설립된 법인

  나.｢사립학교법｣이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 ｢민법｣ 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)·사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

  다.｢국세기본법｣ 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

○ 법인세법 제60조의2【성실신고확인서 제출】

 ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인은 성실한 납세를 위하여 제60조에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고할 때 같은 조 제2항 각 호의 서류에 더하여 제112조 및 제116조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 과세표준금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 "성실신고확인서"라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

    다만, ｢주식회사 등의 외부감사에 관한 법률｣ 제4조에 따라 감사인에 의한 감사를 받은 내국법인은 이를 제출하지 아니할 수 있다.

   1.부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 내국법인

   2.｢소득세법｣ 제70조의2제1항에 따른 성실신고확인대상사업자가 사업용자산을 현물출자하는 등 대통령령으로 정하는 방법에 따라 내국법인으로 전환한 경우 그 내국법인(사업연도 종료일 현재 법인으로 전환한 후 3년 이내의 내국법인으로 한정한다)

○ 법인세법 시행령 제97조의4【성실신고확인서 제출】

    (2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)

 ② 법 제60조의2제1항제1호에서 "부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 내국법인"이란 제39조제3항 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인을 말한다.

 ③법 제60조의2제1항제2호에서 "사업용고정자산을 현물출자하는 등 대통령령으로 정하는 방법"이란 사업용고정자산의 현물출자 및 사업의 양도·양수 등을 말한다.

 ④법 제60조의2제1항제2호를 적용할 때 성실신고확인대상사업자는 해당 내국법인의 설립일이 속하는 연도 또는 직전 연도에 ｢소득세법｣ 제70조의2에 따른 성실신고확인대상사업자에 해당하는 경우로 한다.

 ⑤성실신고확인대상 내국법인은 법 제60조의2제1항 본문에 따라 성실신고를 확인하는 세무사 등을 선임하여 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 성실신고확인서를 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제39조【중소기업의 범위 등】

③법 제25조제1항 각 호 외의 부분 및 법 제27조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 내국법인"이란 각각 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인을 말한다.

  1. 해당 사업연도 종료일 현재 내국법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등이 보유한 주식등의 합계가 해당 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과할 것

  2. 해당 사업연도에 부동산 임대업을 주된 사업으로 하거나 다음 각 목의 금액 합계가 기업회계기준에 따라 계산한 매출액(가목부터 다목까지의 금액이 포함되지 아니한 경우에는 이를 포함하여 계산한다)의 100분의 70 이상일 것

   가. 부동산 또는 부동산상의 권리의 대여로 인하여 발생하는 소득의 금액(｢조세특례제한법｣ 제138조제1항에 따라 익금에 가산할 금액을 포함한다)

   나. ｢소득세법｣ 제16조제1항에 따른 이자소득의 금액

   다. ｢소득세법｣ 제17조제1항에 따른 배당소득의 금액

  3. 해당 사업연도의 상시근로자 수가 5명 미만일 것

○ 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】

 ⑦제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

○ 법인세법 제75조【성실신고확인서 제출 불성실 가산세】

 ① 제60조의2제1항에 따른 성실신고 확인대상인 내국법인이 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 성실신고확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하지 아니한 경우에는 법인세 산출세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 ｢조세특례제한법｣ 제100조의32에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외한다. 이하 이 조, 제75조의2부터 제75조의9까지의 규정에서 같다)의 100분의 5를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

 ② 제1항을 적용할 때 제66조에 따른 경정으로 산출세액이 0보다 크게 된 경우에는 경정된 산출세액을 기준으로 가산세를 계산한다.

○ 조세특례제한법 제126조의6조【성실신고 확인비용에 대한 세액공제】

 ①｢소득세법｣ 제70조의2제1항에 따른 성실신고확인대상사업자 및 ｢법인세법｣ 제60조의2제1항에 따른 성실신고확인대상 내국법인(이하 이 조에서 "성실신고확인대상자"라 한다)이 성실신고확인서를 제출(둘 이상의 업종을 영위하는 ｢소득세법｣ 제70조의2제1항에 따른 성실신고확인대상사업자가 일부 업종에 대해서만 성실신고확인서를 제출한 경우를 포함한다)하는 경우에는 성실신고 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60에 해당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세[사업소득(｢소득세법｣ 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

   다만, 공제세액의 한도는 120만원(｢법인세법｣ 제60조의2제1항에 따른 성실신고확인대상 내국법인의 경우에는 150만원)의 범위에서 대통령령으로 정한다.

 ②제1항을 적용받은 성실신고확인대상자가 해당 과세연도의 사업소득금액(법인인 경우에는 ｢법인세법｣ 제13조에 따른 과세표준을 말한다. 이하 이 조에서 "사업소득금액등"이라 한다)을 과소 신고한 경우로서 그 과소 신고한 사업소득금액 등이 경정(수정신고로 인한 경우를 포함한다)된 사업소득금액등의 100분의 10 이상인 경우에는 제1항에 따라 공제받은 금액에 상당하는 세액을 전액 추징한다.

 ③제2항에 따라 사업소득금액 등이 경정된 성실신고확인대상자에 대해서는 경정일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 하지 아니한다.

○ 사립학교법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  2. "학교법인"이란 사립학교만을 설치ㆍ경영할 목적으로 이 법에 따라 설립되는 법인을 말한다.

출처 : 국세청 2019. 04. 03. 사전-2019-법령해석법인-0082[법령해석과-835] | 국세법령정보시스템