요지

주택 양도 시 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 해당주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 거주기간은 해당주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 아래 기존해석사례(서면-2020-법령해석재산-1806, 2020.06.08.)를 참고하시기 바랍니다.
○ 서면-2020-법령해석재산-1806, 2020.06.08.
귀 질의의 경우, A주택 양도 시 ｢소득세법｣ 제95조제2항 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 같은 법 제95조제4항에 따라 A주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 같은 법 시행령 제159조의3에 따른 거주기간은 A주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 2005년 갑은 ⁠‘□□ △△’ 소재 A주택 취득

 ○2009년 갑은 ⁠‘◇◇ 소재’ B주택 취득

 ○ 2021.3월 갑은 ⁠‘◇◇ 소재’ B주택 양도(과세)

 ○ 2021.5월 갑은 ⁠‘□□ △△’ 소재 A주택 양도 예정

 ○ 갑은 A주택에서 13년 거주함

2. 질의내용

 ○ 2주택을 보유한 1세대가 2021.1.1. 이후 1주택 외의 주택(B주택)을 양도 후 최종 1주택(A주택)을 양도하는 경우, 장기보유특별공제 적용 시 보유기간 및 거주기간의 기산일

3. 관련법령

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ⁠“양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ⁠“양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ② 제1항에서 ⁠“장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

표1

표2

 ③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(기산)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

 ⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

  1. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 ｢공공주택 특별법｣ 제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

  가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

  나. ｢해외이주법｣에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

  다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

  3. 1년이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

  4. 삭제

  5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

 ②～④ ⁠(생략)

 ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(｢건축법｣ 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

 ⑥～⑪ ⁠(생략)

 ⑫ 제1항을 적용할 때 취득 당시에 조정대상지역에 있는 주택으로서 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

○ 소득세법 시행령 제159조의4【장기보유특별공제】

  법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조․제155조의2․제156조의2․제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

출처 : 국세청 2021. 04. 01. 서면-2021-법령해석재산-0900[법령해석과-1164] | 국세법령정보시스템