요지

구공장의 공장시설 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있는 구공장을 공장으로 임대한 경우 ⁠「조세특례제한법」 제63조의 세액감면을 적용받을 수 있는 것임

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귀 과세기준자문의 신청의 경우, 기존해석사례(기획재정부 조세특례제도과-371, 2017.04.05.)를 참조하시기 바랍니다.

○ 기획재정부 조세특례제도과-371, 2017.04.05
｢조세특례제한법｣ 제63조에 따른 세액감면은 수도권과밀억제권역에서 공장시설을 갖추고 2년 이상 계속하여 조업한 중소기업이 수도권과밀억제권역 밖으로 공장시설을 전부 이전한 후 이전일로부터 1년 이내에 구공장의 공장시설 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있는 구공장을 임대한 경우에도 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○납세자는 서울시에서 2년이상 계속하여 공장시설을 갖추고 스프 제조업을 영위하는 중소기업으로서 ’12.2월 충북 충주 산업단지내로 공장시설을 전부 이전하여 계속 운영중임

 ○지방이전 후 구 공장은 매각하지 아니하고 제조/인쇄업을 영위하는 타인에게 공장용도로 임대하였으며,「수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면」을 적용받지 못하고 있다가 ’17.3월 종합소득세를 경정청구함

2. 질의내용

○수도권과밀억제권역 내의 공장시설 전부를 그 권역 밖으로 이전하였으나 구공장은 양도하지 아니하고 공장으로 임대

  -다른 감면요건은 모두 충족한 상태에서 구 공장을 공장용도 임대한 경우에도 ｢조세특례제한법｣ 제63조의 세액감면이 적용되는 것인지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○조세특례제한법 제63조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

 ①수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전 ⁠(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2017년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일 이후 해당 공장에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 ②제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

  1.공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  2.대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 경우

  3.제1항에 따라 감면을 받는 기간에 수도권과밀억제권역에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 경우

 ③제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.

 ④제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

 ⑤제1항을 적용받으려는 중소기업은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.

 ⑥제1항에 따라 감면을 적용받은 기업이 ⁠「중소기업기본법」에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다.

○조세특례제한법 시행령 제60조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

 ①법 제63조제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(「대기환경보전법」,「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 ⁠「소음·진동관리법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

  1.당해 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

  2.수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지·건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권과밀억제권역 밖에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것

 ②법 제63조제1항에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 표에 따른 지역을 말한다.

 ③법 제63조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 공장의 이전일 이후 법 제63조제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조제2항제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다.

 ④법 제63조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우"란 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다.

 ⑤법 제63조제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑥법 제63조제5항에서 "대통령령으로 정하는 분류"란 한국표준산업분류상의 세분류를 말한다.

 ⑦법 제63조제6항에서 "「중소기업기본법」에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 제2조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

○조세특례제한법 기본통칙 63-0…1【 공장시설 전부이전의 범위 】

  법 제63조 및 제63조의2 제1항 제2호의 규정에서 ¨공장시설의 전부이전¨은 서로 다른 여러 종류의 제품 중 한 제품만을 생산하는 독립된 공장시설을 완전히 이전하고 당해 공장건물을 사무실이나 창고 등으로 사용하는 경우에는 동 부분에 한하여 공장시설을 전부 이전한 것으로 본다.

○기획재정부 조세특례제도과-371, 2017.04.05

  ｢조세특례제한법｣ 제63조에 따른 세액감면은 수도권과밀억제권역에서 공장시설을 갖추고 2년 이상 계속하여 조업한 중소기업이 수도권과밀억제권역 밖으로 공장시설을 전부 이전한 후 이전일로부터 1년 이내에 구공장의 공장시설 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있는 구공장을 임대한 경우에도 적용하는 것입니다.

○서울고등법원2005누14563, 2006.02.15. ⇒ 국세청 상고 포기

  원고가 구 공장시설의 철거, 폐쇄의 요건을 갖추었는지 여부에 관하여 보건대, 앞에서 인정한 바와 같이 원고는 이 사건 사업장에서 플라스틱 원료 제조업을 운영하다가 그 공장기계설비를 모두 해체, 철거하여 수도권 외의 신공장으로 이전함으로써 이 사건 사업장에서는 더 이상 종전 공장시설에 따른 플라스틱 원료 제조업의 조업이 불가능하게 되었고, 비록 원고가 위 공장 이전 후 1년 이내에 이 사건 사업장을 다른 사람에게 양도하지 못하고 이 사건 사업장의 공장건물과 부지를 최○환에게 임대하여 위 최○환이 이 사건 사업장에서 기계수리 가동되는 사정은 있으나, 원고는 최○환에게 이 사건 사업장의 공장건물과 부지를 단지 임대하여 주었을 뿐 최○환이 임차한 공장건물과 부지를 어떠한 사업목적으로 사용하는지 여부에 관하여는 원고가 개입할 성질의 것이 아니고(임차인이 구 공장건물에서 여전히 공업에 종사할지 아니면 창고업, 판매업 등의 다른 사업을 할지는 우연한 사정이다. 임대인이 임차인의 운영하려는 업종을 알고 임대차계약을 체결하는 경우가 많기는 하겠지만, 반드시 그러한 것은 아닐 경우에 그로 인하여 임대인에게 불이익을 지워서는 안 될 것이다), 나아가 최○환이 원고로부터 임차한 이 사건 사업장내 공장건물과 부지에 자신의 독자적인 공장기계설비를 새롭게 갖추고 기계수리 및 제작업을 운영하는 것은 원고가 종전에 운영하던 플라스틱 원료 제조업과는 동일성이 인정되지 않는 전혀 새로운 공장시설에 해당하는 점, 나아가 원고가 이 사건 사업장 내의 공장건물 자체를 철거한 것은 아니지만, 위 시행령에서 세액감면을 받기 위하여 철거, 폐쇄될 것으로 요구하는 ⁠‘공장시설’이란 일반적으로 영업을 목적으로 물품의 제조, 가공, 수선 등의 목적에 사용할 수 있도록 한 공장의 생산시설과 설비를 의미하는 것으로 공장건물 자체까지 포함되는 것은 아니므로, 원고가 공장건물 자체를 철거하지 않았다고 하더라도 위 시행령상의 구 공장시설 철거, 폐쇄 요건을 갖추지 못하였다고 할 수 없는 점, 한편 위 시행령 제46조 제1항 제1호에서 구 공장시설의 철고, 폐쇄 요건과 대등한 요건으로 규정하고 있는 1년 이내 구 궁장 양도요건에서 세액가면을 받고자 하는 구 공장시설의 소유자로서는 이를 이전 후 1년 이내에 다른 사람에게 양도하기만 하면 되지, 그 양수인이 여전히 공장을 운영하는지 여부 혹은 공장시설의 철거, 폐쇄로 조업이 불가능한지의 여부는 따질 필요가 없으므로, 임대의 경우에도 동일한 해석 하여야 하는 점, 수도권 안의 공장시설을 수도권 외의 지역으로 전부 이전한 중소기업이 수도권 안의 구 공장을 타인에게 공장용으로 임대하는 경우에는 법 제46조의 규정에 의한 세액감면을 적용하지 아니한다는 국세청 예규(법인 46012 -1835 1996.6.25., 46012-1462 1998.6.3.)가 있기는 하나, 위 예규는 과세관청의 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고, 법인이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아닐 뿐만 아니라(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 등 참조), 법에 규정되어 있지 아니한 세액감면을 받기 위한 새로운 요건을 부가하여 과세관청으로 하여금 자의적인 판단이 가능하도록 하고 있어 그 효력을 인정하기 어려운 점 등의 사정을 고려하면, 원고가 이 사건 사업장에서 여전히 공장을 운영하면서도 부당하게 다른 사람을 내세워 세액감면을 받으려고 하는 등의 특별한 사정이 없는 한, 원고는 수도권 안의 이 사건 사업장을 수도권 외의 지역으로 이전하면서 구 공장시설을 철거, 폐쇄하여 그 공장시설에 의한 조업이 불가능하게 되었다고 볼 것이다.

○조심2015중4129, 2016.07.06 ⁠(조세심판관합동회의)

  구공장에서 세액감면을 받기 위하여 철거, 폐쇄될 것으로 요구하는 ⁠‘공장시설’이란 일반적으로 영업을 목적으로 물품의 제조, 가공, 수선 등의 목적에 사용할 수 있도록 한 공장의 생산시설과 설비를 의미하는 것으로 공장건물 자체까지 포함되는 것은 아닌 것으로 보아 공장 용도로 임대하는 경우에도 세액감면의 적용대상으로 판단함

출처 : 국세청 2017. 04. 10. 기준-2017-법령해석소득-0007[법령해석과-963] | 국세법령정보시스템