재건축 전 상가 장기보유특별공제 보유기간 산정

요지

상가와 그 부수토지의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은「소득세법」제95조제2항 표1에 따른 보유기간별 공제율을 적용하여 계산하며, 이 경우 보유기간은 상가와 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지로 하는 것임

답변내용

상가를 소유한 거주자가 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업을 시행하는 정비조합에 상가와 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택과 그 부수토지를 1세대1주택인 상태에서 양도하는 경우 상가와 그 부수토지의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은「소득세법」제95조제2항 표1에 따른 보유기간별 공제율을 적용하여 계산하며, 이 경우 보유기간은 상가와 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지로 하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 1985. 서울 00동 건물 108.72㎡(상가), 토지 122.58㎡ 취득(이하 ⁠“상가”)

 ○2002.3. 사업계획승인일(이하 ⁠「도시 및 주거환경정비법」상 ⁠“관리처분계획인가일”)

  -재건축사업에 따라 ⁠“서울 00동 00동 00호”(건물 135.82㎡, 대지 64.51㎡)(이하 ⁠“쟁점주택”)를 배정 받음

 ○ 2006.12. 쟁점주택 사용승인

 ○ 2017.8. 쟁점주택 양도(양도가액 1,800백만원, 1세대1주택)

2. 질의내용

 ○ 아파트 단지 내 상가와 그 부수토지를 보유하던 중 재건축사업에 따라 정비조합에 상가와 부수토지를 제공하고 아파트를 분양받아 1세대 1주택인 상태에서 양도하는 경우 장기보유특별공제 방법

  - 상가와 그 부수토지 취득 시부터 사업계획승인일(=관리처분계획인가일)까지의 기간도 주택으로 간주하여 소득세법 제95조제2항 [표2]를 적용 할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권 ⁠(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익 ⁠(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택 ⁠(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ⁠「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. ⁠(단서 생략)

  1.∼5. ⁠(생략)

 ②∼⑦ ⁠(생략)

 ⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.

  1. 거주하거나 보유하는 중에 소실·무너짐·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

○ 소득세법 시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 게산】

 ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기 양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

 1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

 2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

 ② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다.

○ 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

 ①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함 한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

  1. 청산금을 납부한 경우

   [양도가액 - ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 ⁠“관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) + ⁠[기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 ⁠“관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

  2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

   가.[양도가액 - ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

   나.[기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비] × ⁠[(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

 ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

  1. 청산금을 납부한 경우

    [관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 ⁠“청산금납부분 양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 ⁠“기존건물분양도차익”이라 한다)

  2. 청산금을 지급받는 경우

   제1항제2호에 따른 가액

 ③ ∼ ④ ⁠(생략)

 ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

  1. 제1항제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별 공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간

  2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

  가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간:관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

  나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간:기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

 ⑥～⑧ ⁠(이하생략)

출처 : 국세청 2018. 04. 19. 사전-2017-법령해석재산-0692[법령해석과-1051] | 국세법령정보시스템