요지

1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지 신축한 주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우 조특법 §97의2 적용 가능

답변내용

 ⁠(질의1)「조세특례제한법 시행령」제97조의2제1항에 따른 거주자가1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간중에 신축된 같은 항 각 호에 따른 국민주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는「조세특례제한법」제97조의2에 따라 양도소득세를 감면하는 것입니다.
 ⁠(질의3,4) 거주자가 양도하는 주택이「조세특례제한법」제97조의2에 따른 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면 특례와 같은 법 제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 모두 적용받을 수 있는 경우 같은 법 제127조제7항에 따라 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용받을 수 있는 것이며, 이 경우 같은 법 제97조의2 및 제99조의3은 같은 법 제133조에 따른 감면한도를 적용받지 않는 것입니다.
 ⁠(질의2,5) 거주자가 2001년 5월 23일부터 2002년 12월 31일까지의 기간 중에 자기가 신축하여 사용승인 또는 사용검사를 받은 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함) 165제곱미터 이하의 서울특별시 소재 주택을 2003년 1월 1일 이후 양도하는 경우에는 양도 당시 실지거래가액이 6억원을 초과하여도「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 대상에 해당하는 것입니다.
또한,「조세특례제한법」제97조의2에 따른 신축임대주택과 같은 법 제99조의3에 따른 신축주택을 보유하는 거주자가 같은 법 제99조의3에 따른 신축주택을 양도하는 경우로서 해당 신축주택이「소득세법」제89조제1항제3호 및「소득세법 시행령」제156조에 따른 1세대1주택이면서 고가주택에 해당하는 경우에는「소득세법」제95조제3항 및「소득세법 시행령」제160조에 따라 과세대상 양도소득금액을 산정한 후「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 1995.3. ⁠“김AA”(이하 ⁠“신청인”)는 서울특별시 동작구 사당동 소재 주택을 취득함

 ○ 2001.10.28. 상기 주택을 멸실하고 아래와 같이 지상 6층의 건물을 신축하고 사용승인을 받음

  - 1, 2층 : 근린생활시설

  - 3, 4층 : 다세대주택으로 구분등기(301호, 302호, 401호, 402호) 하였으며, 301호～402호 각각의 전용면적은 60㎡ 이하임

  - 5, 6층 : 복층(501호)으로 전용면적은 144.46㎡(전체면적 : 155.28㎡)임

 ○ 2001.10.15. 신청인은 301호～402호에 대해 지방자치단체에 임대사업자 등록을 하고, 2001.10.23. 관할세무서에 사업자등록을 함

  - 301호～402호는 신축 후 바로 임대를 개시하였고, 501호는 신청인이 거주함

 ○ 2017.9. 신청인은 상기 건축물을 28억원에 매도함

  * 일괄 양도가액을 각 호수별 기준시가 비율로 안분할 경우 501호 주택은 9억원을 초과함

2. 질의내용

 (질의1) 301호～402호에 대해「조세특례제한법」제97조의2(신축임대주택 양도소득세 감면특례) 적용 여부

 (질의2) 301호～402호에 대해「조세특례제한법」제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 적용 여부

 (질의3) 301호～402호에 대해「조세특례제한법」제97조의2 및 제99조의3이 모두 적용가능한 경우 선택하여 감면신청을 할 수 있는지 여부

 (질의4)「조세특례제한법」제97조의2 및 제99조의3은 감면한도가 있는지 여부

 (질의5) 501호에 대해 1세대1주택 비과세 적용 가능 여부 및「조세특례제한법」제99조의3 적용 가능 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제97조의2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】

 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 이 조에서 ⁠“신축임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는「민간임대주택에 관한 특별법」또는「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택

  가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택

  나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는「민간임대주택에 관한 특별법」또는「공공주택 특별법」에 따른 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우만 해당한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다)

  가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택

  나. 제1호나목에 해당하는 주택

 ② 신축임대주택에 관하여는 제97조제2항부터 제4항까지의 규정을 준용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】

 ① 법 제97조의2제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 거주자”란 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의2제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다.

 ② 신축임대주택의 주택임대사항의 신고ㆍ세액감면의 신청ㆍ임대기간의 계산등에 관하여는 제97조제2항 내지 제6항의 규정을 준용한다. 다만, 제97조제4항의 규정을 준용함에 있어서 법 제97조의2제1항제2호의 규정에 의한 매입임대주택의 경우에는 제97조제4항 각호에 규정된 서류외에 매매계약서 사본과 계약금 지급일을 입증할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

 ① ⁠(생략)

 ② ⁠「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

 ①～④ ⁠(생략)

 ⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 ⁠“주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

  1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

  2. 삭제

  3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

  3의2. 삭제

  4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

  5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

 (이 하 생 략)

○ 조세특례제한법 제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택,「공공주택 특별법」제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신청을 하여야 한다.

 ③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이「소득세법」제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

  2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

 ② ⁠「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 ⁠“대통령령으로 정하는 지역”이란 서울특별시, 과천시 및「택지개발촉진법」제3조에 따라 택지개발지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

 (이 하 생 략)

○ 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

    2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

  2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

    신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

 (이 하 생 략)

○ 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)

 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

   2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

 (이 하 생 략)

○ 조세특례제한법 부칙 제6762호(2002.12.11.)

  제1조 ⁠(시행일)

  이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의2제3항제1호 단서, 제94조제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다.

  제2조 ⁠(일반적 적용례)

  ② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

  제29조 ⁠(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치)

  ① 이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

  ② 제99조의3제1항제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】(2001.12.31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것)

  다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1.～2. ⁠(생략)

  3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(거주용건물의 연면적・가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

 (이 하 생 략)

○ 소득세법 시행령 제156조【고급주택의 범위】(2001.12.31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전의 것)

  법 제89조제3호에서 ⁠“거주용건물의 연면적・가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

  1. ⁠(생략)

  2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

 (이 하 생 략)

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】

 ①～⑥ ⁠(생략)

 ⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.

 (이 하 생 략)

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ①～② ⁠(생략)

 ③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 (이 하 생 략)

○ 소득세법 시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

 ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

  1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

  2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

 ② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. ⁠“민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 ⁠“준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

  2. ⁠“민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

  가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

  나. ⁠「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

  3. ⁠“민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

 (이 하 생 략)

출처 : 국세청 2017. 12. 28. 사전-2017-법령해석재산-0643[법령해석과-3750] | 국세법령정보시스템