농협경제지주 조사료 종자 도매업 부가가치세 면제 여부

요지

농협경제지주가 농림축산식품부의 농림사업시행지침(조사료생산기반확충사업)에 의거 조사료 재배용 종자를 수입하여 지역조합 등에 공급하는 사업이 한국표준산업분류상 도매업에 속하는 경우에는 부가가치세가 면제되지 아니함

답변내용

「농업협동조합법」에 따라 설립된 농협경제지주 주식회사의 지점법인이 농림축산식품부의 농림사업시행지침(조사료생산기반확충사업)에 의거 조사료 재배용 종자를 수입하여 지역조합 등에 공급하는 사업이 같은 법 제134조제1항제3호 및 제5호에 규정된 사업에 해당하는 경우「조세특례제한법」제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조제7항제5호, 같은 조 제8항에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 해당 사업이 한국표준산업분류상 도매업에 속하는 경우에는「조세특례제한법 시행규칙」제48조제1항 및【별표 10】에 따라 부가가치세가 면제되지 아니하는 것임

 ○ 농협경제지주 주식회사(축산경제)(이하 ⁠“신청법인”)는 농협경제지주 주식회사(이하 ⁠“농협경제지주”)의 지점법인으로

  - 농협경제지주는 구「농업협동조합법」제134조의2제1항에 근거하여 2012.3.2. 농협중앙회로부터 물적분할 되었으며, 농협중앙회가 지분 100%를 소유하고 있는 비금융지주회사임

 ○ 신청법인은 조사료 재배용 종자를 해외에서 수입하여 지역조합 등을 통해 농업인에게 공급할 예정으로

  - 해당 조사료 재배용 종자 공급업무는 농림축산식품부의 농림사업시행지지침(조사료생산기반확충사업)에 의거 농협경제지주에서 그 업무를 위탁‧보조사업으로 대행하고 있으며

  - 해당 종자는「부가가치세법」제26조제1항제1호 및 같은 법 시행령 제34조에 따른 면세품목(호밀, 귀리, 옥수수, 수수)과 과세품목(이탈리안라이그라스, 수단그라스, 목초종자)으로 구성됨

 ○ 현재는 정부업무대행단체가 아닌 법인이 농협중앙회와 대행계약을 체결하여 지역조합 등에 조사료 재배용 종자를 공급하면서

  - 부가법상 면세품목에 대하여는 계산서를, 과세품목에 대하여는 세금계산서를 발급하고 있음

2. 질의내용

 ○「농업협동조합법」에 따라 설립된 농협경제지주(주)의 지점법인이 농림축산식품부의 조사료생산기반확충사업을 위탁‧보조사업으로 대행함에 있어

  -「부가가치세법」상 과세품목인 조사료 재배용 종자를 지역조합 등에 공급시 부가가치세가 면제되는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

 ○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

   6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 ○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

  ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

   5.「농업협동조합법」에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다)

  ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은「부가가치세법 시행령」제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

   1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업

   2.「부가가치세법 시행령」제3조제2항에 규정된 사업

   3. 부동산임대업

   4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업

   5. 수상오락서비스업

   6. 유원지·테마파크운영업

   7. 주차장운영업 및 자동차견인업

 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제 등】

  ① 영 제106조제8항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

   [별표10] 정부업무대행단체의 면세사업

 ○ 농업협동조합법 제134조【사업】

  ① 중앙회는 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다. 다만, 제2호 및 제3호의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 경제사업과 관련된 사업은 농협경제지주회사 및 그 자회사가 수행하고, 제4호의2의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 금융사업과 관련된 사업은 농협금융지주회사 및 그 자회사가 수행한다.

   3. 축산경제사업

    가. 회원을 위한 구매ㆍ판매ㆍ제조ㆍ가공 등의 사업

   5. 국가나 공공단체가 위탁하거나 보조하는 사업

 ○ 농업협동조합법 제161조의4【농협경제지주회사의 사업】

  ① 농협경제지주회사 및 그 자회사는 다음 각 호의 업무를 수행한다.

   1. 제134조제1항제2호 및 제3호의 사업

   2. 제134조제1항제5호부터 제9호까지의 사업 중 경제사업과 관련된 사업 및 그 부대사업

   3. 해당 자회사의 경영관리에 관한 업무

   4. 국가, 공공단체, 조합 및 중앙회가 위탁하거나 보조하는 사업

   5. 국가, 공공단체, 중앙회 및 금융기관으로부터의 자금차입

   6. 조합등의 경제사업 활성화에 필요한 자금지원

   7. 다른 법령에서 농협경제지주회사 및 그 자회사의 사업으로 정하는 사업

   8. 그 밖에 경제사업 활성화를 위하여 농협경제지주회사 및 그 자회사의 정관으로 정하는 사업

  ② 농협경제지주회사 및 그 자회사가 제1항제1호 및 제2호의 사업 중 대통령령으로 정하는 사업을 수행하는 경우에는 농협경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 본다.

 ○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것

 ○ 부가가치세법 시행령 제34조【면세하는 미가공식료품 등의 범위】

  ① 법 제26조제1항제1호에 따른 가공되지 아니한 식료품(이하 이 조에서 "미가공식료품"이라 한다)은 다음 각 호의 것으로서 가공되지 아니하거나 탈곡·정미·정맥·제분·정육·건조·냉동·염장·포장이나 그 밖에 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하는 것으로 한다. 이 경우 다음 각 호에 따른 미가공식료품의 범위에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

   1. 곡류

 ○ 부가가치세법 시행규칙 제24조【면세하는 미가공식료품의 범위】

  ① 영 제34조제1항 및 제2항(영 제49조제1항 본문에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 미가공식료품의 범위는 별표 1의 면세하는 미가공식료품 분류표에 따른다.

  [별표 1] 면세하는 미가공식료품 분류표

 ○ 조세특례제한법 제2조【정의】

  ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다.

 ○ 한국표준산업분류 제10차 개정 ⁠(2017.1.13.)

출처 : 국세청 2017. 11. 15. 사전-2017-법령해석부가-0736[법령해석과-3293] | 국세법령정보시스템