비영리법인의 기금사업 용역 부가가치세 면제 가능성

요지

｢수산자원관리법｣ 제55조의2에 따라 설립된 비영리법인이 출연기관 및 협력재단과 체결한 ⁠‘◎◎기금 사업 수행 협약’에 따라 협력재단에 용역을 제공하면서 협력재단으로부터 사업수행에 필요한 사업비를 지급받고 남은 금액을 반납하는 경우 해당 용역은 부가가치세가 면제되는 것임.

회신

｢수산자원관리법｣ 제55조의2에 따라 설립된 비영리법인이 출연기관 및 협력재단과 체결한 ⁠‘◎◎기금 사업 수행 협약’에 따라 협력재단에 용역을 제공하면서 협력재단으로부터 사업수행에 필요한 사업비를 지급받고 남은 금액을 반납하는 경우 해당 용역은 ｢부가가치세법｣ 제26조제1항제18호 및 같은 법 시행령 제45조제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.

 질의요지

○ ｢수산자원관리법｣ 제55조의2에 따라 설립된 비영리법인이 ◎◎기금 사업 용역을 수행하고 사업비를 지급받는 경우 부가가치세 면제 여부

 사실관계

 ○ ☆☆공단(이하 ⁠“질의법인”)은 2010.11.18. ｢수산자원관리법｣ 제55조의2에 따라 설립된 비영리법인으로서

  - □□공사, ◇◇협력재단(이하 ⁠“협력재단”), 질의법인 3자간에 ⁠‘◎◎기금 사업 수행 협약’(이하 ⁠“본건 협약”)을 체결함

 ○ 질의법인은 본건 사업의 수행기관으로서 협력재단에 ⁠‘△△ 환경 조성 및 △△ 시설지원 사업’ 관련 용역을 제공하고 협력재단으로부터 사업비를 지급받으며,

  - 사업기간 종료 후 사업비를 정산(질의법인이 수취하는 수수료는 없음)하고 남은 잔액은 협력재단에 반납함

 ○ 본건 협약의 주요 내용은 다음과 같음

 관련 법령

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

  1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】

  법 제16조제1항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 ⁠“공익법인 등”이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호바목에 따른 지정기부금단체 등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인 등에 해당하는 것으로 본다.

  1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

  2. ｢초·중등교육법｣ 및 ｢고등교육법｣에 의한 학교, ｢유아교육법｣에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업

  3. ｢사회복지사업법｣의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

  4. ｢의료법｣에 따른 의료법인이 운영하는 사업

  8. ｢법인세법｣ 제24조제3항에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업

  9. ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 각 목에 의한 지정기부금단체등 및 ｢소득세법 시행령｣ 제80조제1항제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

  10. ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제34조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

 ① 영 제45조제1호에서 ⁠“기획재정부령으로 정하는 사업”이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

○ 수산자원관리법 제55조의2【한국수산자원공단】

 ① 정부는 수산자원을 보호·육성하고 어장관리 및 기술을 연구·개발·보급하는 등 수산자원관리 사업을 원활히 수행하기 위하여 한국수산자원공단(이하 ⁠“공단”이라 한다)을 설립·운영한다.

 ② 공단은 법인으로 한다.

 ③ 공단은 다음 각 호의 사업을 수행한다. 다만, 취수시설(｢수도법｣ 제3조제7호 및 제8호에 따른 광역상수도 및 지방상수도의 취수시설을 말한다)로부터 상류로 유하거리(流下距離) 20킬로미터 이내에서 내수면 수산자원조성사업을 하는 경우에는 관계 부처의 장과 협의하여야 한다.

  1. 인공어초·바다숲·바다목장의 조성과 수산종자의 방류 등 수산자원조성사업

  2. 수산자원조성사업과 관련되는 기술개발, 대상해역 적지조사, 생태환경조사, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업

  3. 수산자원의 관리를 위한 총허용어획량 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업

  4. 수산자원관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업(제3조제5호에 따른 ｢내수면어업법｣의 내수면 수산자원조성사업을 포함한다)

  5. 그 밖에 수산자원관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업

 ④ 공단의 설립과 운영에 드는 자금은 다음 각 호의 재원으로 충당한다.

  1. 정부의 출연금

  2. 정부의 보조금

  3. 정부, 지방자치단체 또는 민간의 용역 수행에 따른 수입금

  4. 그 밖의 수입금

○ 자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법 제18조의2【농어촌상생협력기금의 설치 등】

 ① 협정의 이행으로 피해를 입거나 입을 우려가 있는 농어업등·농어촌의 지속가능한 발전 및 민간기업등과 농어촌·농어업인 등 간의 상생협력 촉진을 위한 사업 등을 체계적으로 지원하기 위하여 농어촌상생협력기금(이하 "상생기금"이라 한다)을 설치한다.

 ② 상생기금은 ｢대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률｣ 제20조제1항에 따른 대·중소기업·농어업협력재단(이하 ⁠“재단”이라 한다) 내에 상생기금 운영위원회와 상생기금 운영본부를 설치하여 별도 회계로 관리·운용하여야 한다.

 ③ 상생기금은 정부 외의 자가 출연하는 현금이나 물품, 그 밖의 재산 등으로 조성한다.

 ④ 상생기금의 조성액 목표는 매년 1천억원으로 하고, 상생기금 조성액이 부족한 경우 정부는 그 부족분을 충당하기 위하여 필요한 조치를 하여 그 결과를 국회 농림축산식품해양수산위원회에 보고하여야 한다.

 ⑤ 제3항에 따라 출연하는 자는 그 용도와 사업을 지정하여 출연할 수 있다. 이 경우 재단은 그 지정된 용도와 사업에 정부 외의 자가 출연하는 현금이나 물품, 그 밖의 재산 등을 사용하여야 한다.

 ⑥ 상생기금은 다음 각 호의 용도에 사용하되, 재단은 상생기금이 지역 간 형평을 고려하여 사용되도록 노력하여야 한다.

  2. 의료서비스 확충, 문화생활의 증진 등 농어촌주민의 복지 증진에 관한 사업

  3. 정주 여건의 개선, 마을공동체 활성화, 경관 개선 등 농어촌 지역 개발 및 활성화 사업

  4. 농수산물 생산, 유통, 판매 등의 분야에서 민간기업등과 농어촌·농어업인등 간 서로의 이익을 증진하기 위하여 하는 공동 협력 사업

○ 대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제20조【대·중소기업·농어업협력재단의 설립】

 ① 정부는 대·중소기업 상생협력을 촉진하기 위하여 대·중소기업·농어업협력재단(이하 ⁠“재단”이라 한다)을 설립한다.

 ② 재단은 다음 각 호의 사업을 한다.

  6. 제20조의5에 따른 대·중소기업상생협력기금의 관리·운용

○ 대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제20조의5【대·중소기업·농어업협력기금의 설치 등】

 ① 대·중소기업 간의 지속가능한 발전, 상생협력 촉진 및 동반성장을 통한 국민경제의 지속성장 기반을 마련하기 위하여 재단에 대·중소기업상생협력기금(이하 ⁠“상생협력기금”이라 한다)을 설치한다.

 ② 재단은 상생협력기금을 다른 회계와 구분하여 별도 회계로 관리ㆍ운용하여야 한다.

 ③ 상생협력기금은 내국법인 출연금 등으로 조성한다.

 ④ 제3항에 따라 출연하는 자는 그 용도와 사업을 지정할 수 있다. 이 경우 재단은 그 지정된 용도와 사업에 출연금 등을 사용하여야 한다.

○ 어촌특화발전 지원 특별법 제28조의2【어촌특화지원센터의 지정】

 ① 해양수산부장관은 어촌특화에 필요한 업무를 지원하기 위하여 전문기관 또는 단체를 어촌특화지원센터(이하 ⁠“지원센터”라 한다)로 지정할 수 있다.

 ② 지원센터는 다음 각 호의 업무를 수행한다.

  1. 어촌특화사업과 관련된 창업 및 경영컨설팅 지원

  2. 어촌특화사업 관련 기술의 연구개발 지원

  3. 어촌특화사업 시행자의 사업추진현황 및 경영실태 관리

  4. 그 밖에 어촌특화사업 육성 및 지원을 위하여 해양수산부령으로 정하는 업무

○ 어촌특화발전 지원 특별법 시행규칙 제5조의2【어촌특화지원센터의 지정 신청 등】

 ② 법 제28조의2제2항제4호에서 ⁠“해양수산부령이 정하는 업무”란 다음 각 호의 업무를 말한다.

  1. 어촌특화사업으로 생산된 제품의 판매·유통 및 홍보 지원

출처 : 국세청 2023. 06. 27. 서면-2023-법규부가-1226[법규과-1678] | 국세법령정보시스템