요지

 ⁠「조세특례제한법 시행령」제66조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도소득세 감면대상 토지에 해당하지 않음
- 환지처분 이전에 농지외의 토지로 환지예정지로 지정되어 교부받는 환지청산금이라 하더라도 환지처분 공고일의 다음날이 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거‧상업‧공업지역으로 편입된 후 3년이 지난 경우에는 자경농지에 대한 양도소득세의 감면이 배제되는 것임

회신

 ⁠「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 지나서 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 ⁠「조세특례제한법」 제69조제1항 단서에서 정한 날까지 발생한 소득에 대하여 양도소득세액을 감면하는 것이나 환지청산금의 양도일 현재 환지처분되는 토지가 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」제3조 제4항에 따라 설치된 도농 복합형태의 시의 읍·면 지역 및「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다)에 있는 농지로서「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거‧상업‧공업지역으로 편입된 날부터 3년이 경과한 경우에는 해당 환지청산금에 대하여「조세특례제한법」제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따른 감면을 적용하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○’16.12.20. □□시 △△동 ○○○○번지가 도시개발사업 구역지정 및 개발계획 수립 고시(환지방식)

○’17.06.12. 도시개발사업 시행자 지정 고시

○’19.01.24. 도시개발사업 용도 지역 결정(주거‧상업‧공업지역 편입일)

○’20.01.15. 환지예정지 지정 및 효력발생일 공고

○’24.12.13. 환지처분 공고

   * 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 가목 내지 다목에 해당하지 않는 경우로 전제함

2. 질의내용

○ 양도일 현재 특별시‧광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」제3조제4항에 따라 설치된 도농 복합형태의 시의 읍‧면지역 및 ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍‧면지역은 제외한다)에 있는 농지 중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거‧상업‧공업지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지로서

- 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지로 지정되어 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금이 자경농지에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령

□ 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면요건 등】

 ① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

  1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

  2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

  3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

 ③ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란 ⁠「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다.

 ④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

  1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

   가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

   나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

   다. ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

  2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

 ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

□소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. ~ 8. 생략

9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

출처 : 국세청 2025. 04. 22. 기준-2025-법규재산-0034 | 국세법령정보시스템