요지

중소기업 유예기간이 종료되어 ｢단계적 인하 공제율을 적용받고 있는 법인｣이 상호출자제한기업집단의 소속회사 편입 통지(유예기간 배제사유)를 받은 경우, 해당 공제율을 계속 적용받을 수 있는지?
➠ 일반 공제율(중견 8%, 일반 0%~2%)이 아니라, 단계적 인하 공제율(3년간 15%, 2년간 10%)을 계속 적용함이 타당

답변내용

｢조세특례제한법｣ 제10조 제1항 제3호 나목의 세액공제 방식을 선택한 내국법인이 같은 목 2)에 따른 공제율을 적용받는 기간 중에 공정거래위원회로부터 상호출자제한기업집단에 속하는 회사가 되었음을 통지받음으로써 같은 법 시행령 제2조 제2항 제3호에 해당되는 경우,
해당 내국법인의 법인세에서 공제하는 일반연구인력개발비에 대한 세액공제 금액은 해당 과세연도에 발생한 일반연구인력개발비에 같은 법 제10조 제1항 제3호 나목 2)에 따른 비율을 곱하여 계산하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○신청법인은 중소기업으로 설립되어 반도체 및 전자부품 검사장비의 부품 제조를 영위하는 법인으로, ’17년 중 조특령§2①(3)에 따른 중소기업의 독립성 요건 중 ｢중소기업 기본법 시행령(이하 ⁠‘중기령’)§3①(2)다목(‘관계기업 합산 매출요건’)｣을 위배함에 따라 ’17년부터 중소기업에서 제외되었으며

  - 조특령§2②에 따라 ’17년~’20년까지 중소기업 유예기간을 적용받았음

 ○한편, ’23.10. 상호출자제한기업집단인 A법인이 신청법인의 주식 45.xx%를 취득함으로써 신청법인의 최대주주가 됨에 따라

  - ’23.12. 공정거래위원회로부터 신청법인이 상호출자제한기업집단에 속하는 회사가 되었음을 통지받았으며(그 외 기업으로 분류, 중견×), 중소기업 유예기간 전･후 공제받은(을) R&D 공제율은 아래와 같음

2. 질의요지

 ○중소기업 유예기간이 종료됨으로써 ｢단계적으로 축소되는 R&D 공제율(조특법§10①(3)나2), 3년간 15%, 2년간 10%)을 적용받는 법인｣이 상호출자제한기업집단의 소속회사 편입 통지를 받은 경우,

  - 단계적으로 축소되는 R&D 공제율을 계속 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

 1. 연구ㆍ인력개발비 중 미래 유망성 및 산업 경쟁력 등을 고려하여 지원할 필요성이 있다고 인정되는 기술로서 대통령령으로 정하는 기술(이하 "신성장ㆍ원천기술"이라 한다)을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

  가. 기업유형에 따른 비율

   1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

   2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

  나. 해당 과세연도의 수입금액(｢법인세법｣ 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 신성장ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

 2. 연구ㆍ인력개발비 중 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단, 바이오의약품 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 분야와 관련된 기술로서 국가안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 국민경제 전반에 중대한 영향을 미치는 대통령령으로 정하는 기술(이하 "국가전략기술"이라 한다)을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "국가전략기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 국가전략기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

  가. 기업유형에 따른 비율

   1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 40

   2) 그 밖의 경우: 100분의 30

  나. 해당 과세연도의 수입금액에서 국가전략기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율(100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10으로 한다)

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

  가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

  나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

   1) 중소기업인 경우: 100분의 25

   2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

    가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

    나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

   3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

   4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

　 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구･인력개발비에 대한 세액공제】

⑧ 법 제10조제1항제3호나목2)에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우"란 제2조제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

 1. 매출액이 업종별로 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

 2. 삭제

 3. ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업"으로 본다.

 4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

 3. 제1항제3호(｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조【상호출자제한기업집단 등의 지정 등】

① 공정거래위원회는 대통령령으로 정하는 바에 따라 산정한 자산총액이 5조원 이상인 기업집단을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시대상기업집단으로 지정하고, 지정된 공시대상기업집단 중 자산총액이 국내총생산액의 1천분의 5에 해당하는 금액 이상인 기업집단을 대통령령으로 정하는 바에 따라 상호출자제한기업집단으로 지정한다. 이 경우 공정거래위원회는 지정된 기업집단에 속하는 국내 회사와 그 회사를 지배하는 동일인의 특수관계인인 공익법인에 지정 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 통지하여야 한다.

○ 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

① ｢중소기업기본법｣(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

  가. 삭제

  나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 ｢국제조세조정에 관한 법률 시행령｣ 제2조제3항을 준용한다.

   1) ~ 2) 생략

  다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

출처 : 국세청 2024. 03. 06. 사전-2023-법규법인-0863 | 국세법령정보시스템