비영리 재단법인의 시스템 운영 업무대행 부가가치세 과세 여부

요지

비영리 재단법인이 지자체와 체결한 시스템운영 업무대행 협약에 따라 시스템 운영비, 위탁수수료 등을 사업비로 지급받고 관련 업무를 대행하는 경우 용역의 공급에 해당하여 부가가치세가 과세되는 것이며 지자체에 세금계산서를 발급하는 것임

답변내용

｢민법｣에 따라 지방자치단체의 허가를 받아 설립된 비영리 재단법인(이하 ⁠“법인”)이 지방자치단체와 체결한 ⁠‘청년정책 지원시스템 운영 업무대행 협약’에 따라 시스템 운영비, 인건비, 위탁수수료 등을 사업비로 지급받고 관련 업무를 수행하는 경우 해당 사업비는 업무대행 용역의 대가로서 ｢부가가치세법｣ 제11조에 따라 부가가치세가 과세되는 것이며 업무대행에 대한 대가를 사업종료 후 정산을 통하여 확정하기로 한 경우 같은 법 제16조 및 같은 법 시행령 제29조제2항제1호에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 하여 법인이 같은 법 제32조에 따라 지방자치단체에 세금계산서를 발급하는 것임

1. 사실관계

 ○ 신청법인은 AA도민에게 직업알선 및 직업정보 제공, 다양한 직업훈련과 창업의 기회 제공 등을 목적으로 경기도가 전액 출연하여 ｢민법｣에 따라 설립한 재단법인으로

  - ’20.2월 지자체와 ⁠‘청년정책 지원시스템 운영 업무대행 협약’(이하 ⁠“본건협약”)을 체결하여 관련 업무를 대행함

 ○ 본건협약에 따르면 사업기간은 착수일로부터 ’20.12.31.까지이며 신청법인의 업무대행 범위는 다음과 같음

  - 청년정책(청년기본소득, 경기청년 국민연금) 지원을 위한 신청접수 및 선정 시스템 운영관리, 클라우드 운영관리, 사업안내, 행정지원‧상담 인력운영 등(이하 ⁠“본건사업”)

 ○ 지자체는 필요한 경우 사업비의 집행 여부 및 사업추진 현황등에 대하여 신청법인을 지도‧감독할 수 있고

  - 신청법인이 사업과 관련하여 발생하는 사건‧사고에 대하여 민‧형사상의 모든 책임을 지며(단, 신청법인 귀책 없음을 입증하는 경우는 제외) 신청법인 귀책으로 지자체가 제3자에게 손해배상한 경우에는 신청법인이 지자체에 배상하여야 하는 것으로 약정함

 ○ 사업비 000백만원은 다음과 같이 구분되며 신청법인은 사업종료 후 60일 내에 사업결과 및 정산내역을 지자체에 제출하고 정산 잔액을 관계법령 및 규정에 따라 지자체에 반납하여야 함

2. 질의내용

 ○ 지자체와 업무대행 협약을 체결하여 청년정책 지원시스템 운영을 대행하고 지자체로부터 위탁수수료를 포함한 사업비를 지급받는 경우 부가가치세 과세 여부 및 공급시기, 세금계산서 발급방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

  ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

   1. 역무의 제공이 완료되는 때

   2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

  ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

  ② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

   1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우:역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

   1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행규칙 제34조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  ① 영 제45조제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

○ 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】

  학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

○ 경기도 일자리재단 설립 및 운영 조례 제1조(목적)

  이 조례는 경기도민에게 양질의 직업소개 및 직업지도·직업에 대한 정보의 제공을 통하여 직업능력을 개발하고, 다양한 직업교육훈련 및 창업의 기회를 체계적으로 제공하여 경기도민의 고용증진·복리증진 및 지역경제의 발전을 도모하기 위하여 경기도 일자리재단의 설립 및 운영에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

○ 경기도 일자리재단 설립 및 운영 조례 제3조(사업 등)

  ① 재단은 경기도민의 직업능력 개발과 직업교육 훈련 및 창업의 기회 제공을 위해 다음 각 호의 사업을 수행한다.

   1. 경기도 공공 일자리 지원정책 개발 및 연구

   2. 취업 및 창업 지원을 위한 상담·알선·교육·정보·훈련 제공

   3. 일자리 관련 기관·단체 등과의 협력 네트워크 구축

   4. 여성·노인·장애인 등 취약계층과 일반 구직자 등 대상별 취업 지원

   5. 노동자 직업능력 개발사업

   6. 여성 취업·창업 지원 및 역량개발을 위한 교육, 정보제공

   7. 일자리 창출과 노동시장 개선에 관한 연구

   8. 국가 전략 직종 기술훈련 교육 및 취업 지원에 관한 사업

   9. 근로 여건 개선 등 재직자 고용유지 지원 사업

   10. ｢전자정부법｣ 제36조제1항에 따라 행정정보의 공동이용을 통한 일자리지원사업통합접수시스템 운영

출처 : 국세청 2020. 12. 14. 사전-2020-법령해석부가-1144[법령해석과-4087] | 국세법령정보시스템