환매 농지 양도 시 취득가액·필요경비 산정 기준

요지

「조세특례제한법」제70조의2를 적용받는 경우에는 같은 조 제2항에 따라 양도소득세를 계산하는 것이며, 적용받지 않는 경우에는 ⁠「소득세법」제97조 및 ⁠「소득세법시행령」제163조에 따라 계산하는 것임

회신

1. ⁠「조세특례제한법」제70조의2를 적용받지 않는 경우 취득시기는 ⁠「소득세법」제98조 및 ⁠「소득세법시행령」제162조에 따라 취득시기를 판정하는 것입니다.
2.「조세특례제한법」제70조의2제2항에 따라 양도소득세를 계산하는 경우 환매한 농지의 취득가액은 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 취득 당시의 취득가액이며, 환매시 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따라 당초 매매가액과 환매가액의 차액은 ⁠「소득세법」제97조 및「소득세법시행령」제163조에 따른 필요경비에 해당하지 않는 것입니다.

※ 관련참고자료

1. 사실관계

- 1986. 00월 강원 평창 대관령 소재 A 토지 취득

- 2009. 00월 한국농어촌공사에 양도^*
*「조세특례제한법」제70조의2에 따른 양도

- 2019. 00월 A토지 환매수하여 제3자에 양도 예정

2. 질의내용

1) 환매한 농지를 제3자에게 양도시 환급신청을 하지 않은 경우 취득가액 및 취득시기

2)「조세특례제한법」제70조의2에 따라 양도차익 계산하는 경우 환매시 추가 부담한 가액이 필요경비에 해당하는 지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제70조의2【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

① 「농지법」 제2조에 따른 농업인(이하 이 조에서 "농업인"이라 한다)이 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 직접 경작한 농지 및 그 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 후 같은 법 제24조의3제3항에 따라 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지등을 같은 법 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 환매한 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 해당 농지등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다.

② 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 해당 농지등을 다시 양도하는 경우 그 농지등에 대한 양도소득세액은 「소득세법」 제95조제4항, 제97조제1항제1호, 제98조 및 제104조제2항에도 불구하고 다음 각 호의 취득가액 및 취득시기를 적용하여 계산한다.

1. 취득가액: 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지등 취득 당시의 취득가액

2. 취득시기: 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지등의 취득일

③ 제1항에 따라 환급받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급신청을 하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항을 적용함에 있어 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면의 적용방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법시행령 제67조2【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제70조의2제3항에 따라 환급을 받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 농지등을 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 매매계약서 사본

2. 해당 농지등을 한국농어촌공사로부터 환매한 환매계약서 사본

② 제1항에 따라 환급신청서를 제출받은 납세지 관할 세무서장이 환급을 하는 경우에 관하여는 「국세기본법」 제51조를 준용한다. 이 경우 같은 법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

③ 법 제70조의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 직접 농지등을 경작한 것으로 보아 제66조를 적용한다.

④ 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령」 제19조의6제2항에 따라 농지등의 일부에 대하여 환매를 신청한 경우 제2항에 따른 환급세액은 환매한 농지등에 대하여 납부한 양도소득세에 상당하는 금액으로 한다.

○ 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(이하생략)

○ 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제1호가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(「법인세법」 제16조제1항제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

② 제1항제1호에 따라 제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

2의2. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의2. ⁠「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3. ⁠「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

④ 삭제

⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다. 1998.4.1, 2000.12.29, 2005.2.19, 2007.2.28, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.2.18, 2018.2.13>

1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가. ⁠「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용

마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조제1항제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

(이하생략)

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의6【농지등의 환매】

① 법 제24조의3제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매(還買)를 요구하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

② 환매권자가 제1항에 따라 환매신청을 하는 경우에는 매도한 농지등의 전부에 대하여 환매를 신청하여야 한다. 다만, 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 있는 농지등은 제외하고 환매를 신청할 수 있다.

③ 제2항 본문에도 불구하고 환매권자는 제2항 단서에 따라 수용된 농지등을 제외한 면적 중에서 매도 당시의 매도가격(제2항 단서에 따라 수용된 농지등을 제외한 면적의 매도가격을 말한다)의 100분의 50 이상에 해당하는 면적에 대하여 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 환매를 신청할 수 있다.

④ 공사가 법 제24조의3제3항에 따라 매입한 농지등을 환매하는 경우 그 환매가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 농지: 다음 각 목의 금액 중 낮은 금액. 다만, 제3항에 따른 환매의 경우에는 가목에 따른 금액으로 한다.

가. ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 평가한 금액

나. 농지 매입가격과 농지 매입가격에 환매일까지 농림축산식품부장관이 농업 정책자금의 이자율 등을 고려하여 정하는 이자율을 적용하여 산출한 금액을 합산한 금액

2. 농지에 딸린 농업용시설: 해당 농업용시설의 매입가격

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법규재산2014-0529, 2014.12.02.

[ 요 지 ]

「조세특례제한법」제70조의2 따라 농업인이 한국농어촌공사에 양도한 후 임차하여 직접 경작한 후 환매한 농지를 양도하는 경우 농지의 취득시기는 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지의 취득일로 하는 것임

[ 답 변 ]

「농지법」제2조에 따른 농업인이「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」제24조의3제1항에 따라 직접 경작한 농지를 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사에 양도한 후 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지를 같은 법 제24조의제3항에 따른 임차기간 내에 환매하고, 환매한 농지를 다시 양도하는 경우 그 농지에 대하여「소득세법」제95조에 따른 양도소득금액을 계산할 때 취득시기는 같은 조 제98조에도 불구하고「조세특례제한법」제70조의2제2항에 따라 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지의 취득일로 하는 것입니다. 또한, 환매한 농지를 다시 양도하는 경우 임차 기간 내에 경작한 기간은「조세특례제한법 시행령」제67조의제3항에 따라 해당 농업인이 직접 농지를 경작한 것으로 보는 것입니다.

○ 서면-2015-법령해석재산-2089, 2015.12.11.

[ 요 지 ]

농업인이 직접 경작한 농지를 한국농어촌공사에 양도한 후 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지를 임차기간 내에 환매하고 납부한 양도소득세가 없어 양도소득세를 환급받지 아니한 농업인이 환매한 농지를 다시 양도하는 경우 취득가액, 취득시기는 한국농어촌공사에 양도하기 전 금액, 취득일로 하는 것임.

[ 답 변 ]

「농지법」제2조에 따른 농업인이「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」제24조의3제1항에 따라 직접 경작한 농지를 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사에 양도한 후 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지를 같은 법 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 환매하고 납부한 양도소득세가 없어 양도소득세를 환급받지 아니한 농업인이 환매한 농지를 다시 양도하는 경우로서 그 농지에 대하여「소득세법」제95조에 따른 양도소득금액 및 같은 법 제104조의 양도소득세 세율을 계산할 때 취득가액은 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지 등 취득 당시 같은 법 제97조 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액으로 하고, 세율적용시 취득시기는「조세특례제한법」제70조의2제2항에 따라 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지의 취득일로 하는 것입니다. 또한, 환매한 농지를 다시 양도하는 경우 임차기간 내에 경작한 기간은 같은 법 시행령 제67조의2제3항에 따라 해당 농업인이 직접 농지를 경작한 것으로 보는 것임

출처 : 국세청 2019. 10. 31. 서면-2019-부동산-1653[부동산납세과-1129] | 국세법령정보시스템