장기임대주택 보유 시 1세대1주택 비과세 및 일시적 2주택 특례 적용

요지

장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 거주주택에 대해서 같은 영 제155조제1항에 따른 일시적 2주택 비과세 특례가 적용되는 것이며, 양도하는 거주주택이 직전거주주택보유주택인 경우 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다

회신

1. 귀 질의 1), 2)의 경우, ⁠「소득세법시행령」제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제20항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(이하 ⁠‘거주주택’이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것입니다. 또한 장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 거주주택에 대해서 같은 영 제155조제1항에 따른 일시적 2주택 비과세 특례가 적용되는 것입니다.
2. 귀 질의 3)①의 경우, 양도하는 거주주택이 장기임대주택으로 등록한 사실이 있고 해당 장기임대주택 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말함. 이하 ⁠“직전거주주택”)이 있는 거주주택(이하 ⁠“직전거주주택보유주택”)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것이며, 직전거주주택보유주택은「소득세법 시행령」제155조제20항제1호에 따라 장기임대주택으로 등록한 날 이후에 2년 이상 거주하여야 하는 것입니다.
3. 귀 질의 3)②의 경우,「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 동 시행령 제161조제4항에 따라 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조 제2항 표1을 적용하고, 제2항 제2호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법제95조 제2항 표2를 적용하는 것이며,「소득세법시행령」제167조의3제1항제2호 가목 및 다목에 따른 장기임대주택을 6년이상 임대 후 양도하는 경우에는 같은 조 제2항의 보유기간별 공제율에 해당주택의 임대기간에 따라「조세특례제한법」제97조의4 제1항 후단의 표에 있는 추가공제율을 더한 공제율을 적용하는 것입니다

1. 관련 참고자료

○ 사실관계

 - 2016.10.10. 甲은 ⁠‘고양시 일산서구’ 소재 A아파트 325백만원에 취득

 - 2019.02.01. 甲은 ⁠‘고양시 일산동구’ 소재 B아파트 350백만원에 취득 예정

 - 2019.07.01. 甲은 ⁠‘고양시 일산서구’ 소재 C아파트 380백만원에 취득 및 민간임대주택으로 등록 예정(구청 및 세무서)

○ 질의내용

 질의1) C아파트를 민간임대주택 등록하고 A아파트를 2022.1.31. 까지 양도시 일시적 2주택으로 비과세 특례규정 적용 여부

질의2) A아파트 양도 후, B아파트에 2년 이상 거주하고 B아파트를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 적용 여부

질의3) A아파트 양도 후 B아파트를 2025.7.1. 양도하고 C아파트를 임대사업 폐업 후 2030.6.30. 530백만원에 양도하는 경우

① 1세대 1주택 비과세 적용기간 및 2년 거주요건 해당 여부

② 과세대상 기간 중 양도차익에 대한 장기보유특별공제, ⁠「조세특례제한법」제97조의4 및 기본세율 적용 여부

2. 질의내용에 대한 자료 가 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른

주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

(중간생략)

제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

(이하생략)

○ 소득세법 시행령 제161조 【직전거주주택보유주택 등에 대한 양도소득금액 등의 계산】

① 제154조제10항에 따른 1세대 1주택 및 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택(이하 이 조에서 "직전거주주택보유주택등"이라 한다)의 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 직전거주주택보유주택등이 제156조제1항에 따른 고가주택인 경우 해당 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다.

1. 직전거주주택 양도일 이전 보유기간분 양도소득금액

2. 직전거주주택 양도일 이후 보유기간분 양도소득금액

③ 제1항 및 제2항에 따라 계산한 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액이 법 제95조제1항에 따른 양도소득금액을 초과하는 경우에는 각각 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

④ 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조 제2항 표1을 적용하고, 제2항제2호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조제2항 표2를 적용한다.

○ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조제3항ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면

  나. 수도권중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 지역

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

  가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

  나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택규모에 해당하는 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

  다.「민간임대주택에 관한 특별법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다.

  라. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택[미분양주택(「주택법」 제54조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장ㆍ군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

　(이하생략)

나. 유사사례(법원, 심판, 심사, 예규)

○ 부동산거래관리과-316 , 2012.06.11

「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제19항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(이하 ⁠‘거주주택’이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것입니다. 한편, 장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 거주주택에 대해서 같은 영 제155조제1항에 따른 일시적 2주택 비과세 특례가 적용되는 것입니다.

○ 서면-2017-부동산-0609, 2017.10.25

1. 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항제2호 각 목에 따른 장기임대주택(이하 ⁠“장기임대주택”)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제20항 각 호의 요건을 모두 충족하고 해당 1주택(이하 ⁠“거주주택”)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항(1세대1주택 비과세)을 적용하는 것입니다.

2. 양도하는 거주주택이 장기임대주택으로 등록한 사실이 있고 해당 장기임대주택 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말함. 이하 ⁠“직전거주주택”)이 있는 거주주택(이하 ⁠“직전거주주택보유주택”)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것이며, 이 때 직전거주주택보유주택은 「소득세법 시행령」제155조제20항제1호에 따라 장기임대주택으로 등록한 날 이후에 2년 이상 거주하여야 하는 것입니다.

3. 위 1. 또는 2.를 적용받는 거주주택의 양도가액이 9억원을 초과하는 경우 해당 거주주택의 양도차익은 같은 영 제160조에 따라 계산하는 것입니다.

○ 서면법규과-1309, 2014.12.12

1.「소득세법 시행령」제155조 제19항을 적용함에 있어 거주주택의 거주기간은 보유기간 중 거주기간을 통산하는 것입니다.(다만, 직전거주주택보유주택의 경우에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택사업자로 등록한 날 이후의 거주기간으로 계산함)

2. 이때, 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간에 따르는 것이나, 실제 거주한 기간이 주민등록표와 다른 경우에는 실제 거주한 기간에 따르는 것이며, 실제 거주여부는 사실 판단할 사항입니다.

3. 거주자가 A․B․C주택을 보유하고 A․C주택이 각각「소득세법 시행령」제155조 제19항 각 호에 따른 거주주택(이하 ⁠“A주택”이라 함)과 장기임대주택(이하 ⁠“C주택”이라 함)에 해당하는 경우로서 A주택을 양도하는 경우 같은 항에 따른 거주주택 비과세 특례가 적용되지 않는 것이나, A주택을 양도하기 전에 B주택을 취득하여 같은 조 제1항의 요건을 갖춘 경우 일시적 2주택에 따른 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다.

4. C주택을 보유한 상태에서 A주택을 양도한 경우 B주택(A주택과 B주택 모두 양도하고 다른 주택(이하 ⁠“D주택”이라 함)을 취득한 경우에는 D주택)이 같은 조 제19항 각 호에 따른 거주주택 요건을 갖춘 경우로서 B주택(D주택)을 양도하는 경우 같은 항에 따른 거주주택 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다.

5. 거주주택인 A․B(D)주택을 모두 양도하고 같은 조 제20항의 임대기간요건을 충족한 C주택 1채만을 보유하다가 양도하는 경우 같은 조 제19항을 적용받은 거주주택 중 가장 마지막에 양도한 거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 1세대1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 것이며, C주택의 양도에 따른 양도소득금액 및 장기보유특별공제액은 같은 령 제161조 제1항, 제4항에 따라 계산하는 것입니다.

○ 부동산납세과-652, 2017.8.29.

1. 귀 질의 1)의 경우, ⁠「임대주택법」제2조제3호에 따른 매입임대주택 1호 이상을 ⁠「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자등록을 한 날부터 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 ⁠「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항의 보유기간별 공제율에 해당주택의 임대기간에 따라 ⁠「조세특례제한법」제97조의 4제1항 후단의 표에 있는 추가공제율을 더한 공제율을 적용하는 것입니다.

2. 귀 질의 2)의 경우, ⁠「소득세법」제95조제1항의 장기보유 특별공제액은 같은 조 제2항에 따라 계산하는 것으로 이 때 보유기간은 해당자산의 취득일부터 양도일까지로 하는 것입니다.

3. 귀 질의 3)의 경우, 자산의 양도차익을 계산할 때 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 「소득세법 시행령」제176조의 2 제3항에 따라 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 순차적으로 적용하는 것이며 이 때 환산가액이란 같은 조 제2항각호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말하는 것입니다.

4. 귀 질의 4)는 법령해석사항이 아니므로 회신드릴 수 없습니다.

출처 : 국세청 2018. 01. 06. 서면-2017-부동산-2544[부동산납세과-27] | 국세법령정보시스템