요지

쟁점 차액보전금을 2010.1.1. 전에 발생한 이월결손금 보전에 충당하는 경우, 쟁점 차액보전금이 익금불산입 가능함

회신

○ 기획재정부 법인세제과-40, 2025.1.24.
〔질의내용〕
○ 쟁점 차액보전금을 2010.1.1. 전에 발생한 이월결손금 보전에 충당하는 경우, 쟁점 차액보전금이 익금불산입 대상인지 여부(법인법§18(6)적용여부)
(1안) 익금불산입 불가능(∵차액보전금은 법인법§18(6)의 자산수증이익이 아님)
(2안) 익금불산입 가능(∵국고보조금에 해당하므로 법인법§18(6)의 자산수증이익임)
〔회신〕
귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 끝.

1. 사실관계

 ○질의법인은 AA-BB 간 고속도로 민간투자시설사업의 사업시행자로 AABB고속도로를 건설하여 국가에 기부채납하고, 그 대가로 2002.XX.XX.부터 30년 동안 사업시설에 대한 관리운영권을 부여받아 고속도로를 운영하고 있음

 ○’19.XX.XX. 국토교통부와 질의법인은 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따라 수립된 민간투자사업 기본계획에 의거하여 사업시행조건을 변경하기 위하여 최종 변경실시협약을 체결하였음

 ○｢최종 변경실시협약(’19.XX.XX.)｣은, AABB고속도로의 통행료를 인하하고 국토교통부가 한국도로공사를 통해 통행료 인하로 인한 통행료 수입 감소분을 질의법인에게 보전하는 내용을 정하고 있음

 ○최종 변경실시협약에 따라 국토교통부와 한국도로공사 및 질의법인은 ｢통행료 인하를 위한 한국도로공사의 차액보전금 지급(이하 ⁠‘쟁점 차액보전금’)｣과 관련하여 차액보전 협약을 체결함

 ○질의법인은 최종 변경실시협약에 따라 통행료를 인하하는 한편, 차액보전 협약(’19.XX.XX.)에 따라 쟁점 차액보전금은 국토교통부 대신 한국도로공사가 선투입하며

  -한국도로공사는 그 대가로 질의법인의 민자사업 종료(’32.XX.XX.) 이후 유료도로관리권을 설정받음으로써, 해당 고속도로의 통행료를 징수하여 투자금을 회수할 예정임

2. 질의요지

 ○차액보전금을 ’10.1.1. 전에 발생한 이월결손금 보전에 충당하는 경우, 차액보전금이 익금불산입 대상인지 여부(법인법§18(6)적용여부)

3. 관련 법령

○ 법인세법 제18조【평가이익 등의 익금불산입】

 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

 6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액(제36조에 따른 국고보조금등은 제외한다)과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액

○ 舊 법인세법 제18조【평가이익 등의 익금불산입】

  * 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것

다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

 6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액

○ 법인세법 시행령 제16조【이월결손금】

① 법 제18조제6호에서 "대통령령으로 정하는 이월결손금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 1. 법 제14조제2항에 따른 결손금(법 제44조의3제2항 및 제46조의3제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조제1항제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

 2. 법 제60조에 따라 신고된 각 사업연도의 과세표준에 포함되지 아니하였으나 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 결손금중 법 제14조제2항에 따른 결손금에 해당하는 것

  가. ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금으로서 법원이 확인한 것

  나. ｢기업구조조정 촉진법｣에 의한 기업개선계획의 이행을 위한 약정이 체결된 법인으로서 금융채권자협의회가 의결한 결손금

② 제1항에 따른 이월결손금의 계산에 관해서는 제10조제2항 및 제3항을 준용한다.

○ 법인세법 기본통칙 18-16…1【이월결손금의 보전에 충당한 채무면제이익등의 익금불산입】

채무면제이익 등을 소멸한 이월결손금에 보전한 경우에도 이를 익금에 산입하지 아니한다. 이 경우 ⁠“소멸한 이월결손금”이라 함은 법 제14조 제2항의 결손금으로서 법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 공제시한이 경과됨으로써 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액을 말한다.

○ 법인세법 제36조【국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】

① 내국법인이 ｢보조금 관리에 관한 법률｣, ｢지방재정법｣, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 취득하거나 개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득하거나 개량하고 이에 대한 국고보조금등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등 상당액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

○ 법인세법 시행령 제64조【국고보조금 등의 손금산입】

⑥ 법 제36조제1항에서 "대통령령으로 정하는 법률"이란 다음 각 호의 법률을 말한다.

 3. ⁠「사회기반시설에 대한 민간투자법」

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제26조【사회기반시설의 관리운영권】

① 주무관청은 제4조제1호 또는 제2호에 따른 방식으로 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 제22조에 따라 준공확인을 받은 경우에는 제25조제1항에 따라 무상으로 사용ㆍ수익할 수 있는 기간 동안 해당 시설을 유지ㆍ관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권(이하 "관리운영권"이라 한다)을 그 사업시행자에게 설정할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제53조【재정지원】

국가 또는 지방자치단체는 귀속시설사업을 원활하게 시행하기 위하여 필요하면 대통령령으로 정하는 경우에 한정하여 사업시행자에게 보조금을 지급하거나 장기대부를 할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령 제37조【재정지원】

① 국가나 지방자치단체는 법 제53조에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 심의위원회의 심의를 거쳐 시설의 건설 또는 운영기간 중 예산의 범위에서 사업시행자에게 보조금을 지급하거나 장기대부를 할 수 있다. 다만, 지방자치단체의 예산으로 보조금을 지급하거나 장기대부를 하는 경우 또는 국가의 보조금이 300억원 미만인 지방자치단체의 사업인 경우에는 심의위원회의 심의를 거치지 아니한다.

 2. 사용료를 적정 수준으로 유지하기 위하여 불가피한 경우

○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. "보조금"이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(「국가재정법」 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

출처 : 국세청 2025. 02. 06. 서면-2023-법규법인-2990 | 국세법령정보시스템