비영리법인 코로나19 손실보상금 법인세 과세 여부

비영리의료법인 코로나19 손실보상금 법인세 과세 여부

법인세제과-343 · 2022. 08. 29.

질의 및 요약

Q질의내용

비영리 내국법인이 코로나19 전담병원 지정 등으로 받은 손실보상금이 법인세법상 수익사업 소득에 해당하는지요?

S요약

비영리 내국법인이 감염병예방법에 따라 코로나19 전담병원 등으로 지정되어 받은 손실보상금은 법인세법상 수익사업 소득에 해당하지 않아 과세 대상이 아닌 것으로 판단됩니다.

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핵심 정리

R회신 내용 법인세제과-343 · 2022. 08. 29.

회신 주체: 기획재정부 법인세제과 법인세제과-343(2022.8.29.)
감염병예방법 제70조에 따라 비영리 내국법인이 코로나19 대응을 위해 감염병관리기관 지정 또는 격리시설을 설치·운영하며 발생한 손실 등을 보상받기 위한 손실보상금은 법인세법 제4조 제3항의 '수익사업에서 생기는 소득'에 해당하지 않음이 명확히 밝혀졌습니다.
비영리내국법인이 의료업을 영위하더라도 해당 손실보상금은 수익사업으로 인한 소득이 아니므로 법인세 과세 대상이 아니라고 회신하였습니다.
이는 코로나19와 같은 공적·사회적 목적의 보상금 지급에 대한 과세 위험이 없음을 확인한 예시로 볼 수 있습니다.
감염병의 관리 및 긴급대응과 관련해 비영리 의료기관의 재정 부담을 완화하기 위한 실무상 참고가 가능합니다.

L관련 법령 해석

감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조: 감염병관리 기관 지정 또는 격리시설 설치·운영으로 인한 손실보상금의 지급 근거
법인세법 제4조 제3항: 비영리법인의 수익사업에서 생기는 소득에 대한 과세 규정

사례 Q&A

1. 비영리의료법인이 코로나19 손실보상금을 받으면 법인세를 내야 합니까?

답변

비영리의료법인이 코로나19 관련 손실보상금을 받는 경우, 해당 금액은 법인세 과세 대상이 아니라고 판단됩니다.

근거

기획재정부 유권해석에 따르면, 감염병예방법에 따른 손실보상금은 법인세법상 수익사업 소득에 해당하지 않습니다.

2. 코로나19 전담병원 손실보상금은 비영리법인 수익사업 소득입니까?

답변

코로나19 전담병원으로 지정돼 받은 손실보상금은 법인세법상 수익사업 소득으로 보지 않습니다.

근거

감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조와 법인세법 제4조 제3항 해석에 기초한 회신 내용입니다.

3. 비영리 내국법인의 손실보상금 수령 시 과세 위험이 있나요?

답변

회신에 따르면, 감염병 법령 근거 손실보상금은 비영리 내국법인의 과세 위험이 없는 것으로 나타났습니다.

근거

기획재정부 2022-08-29 회신에서, 이와 같은 손실보상금은 과세대상이 아니라는 점이 명확히 강조되었습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

의료업을 영위하는 비영리 내국법인이「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣에 따라 코로나19 관련 전담병원 등으로 지정되어 발생한 손실 등을 보상하기 위한 손실보상금은 법인세법상 수익사업에서 발생한 소득에 해당하지 않음

회신

의료업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣제70조에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은「법인세법｣제4조제3항에 따른 ⁠‘수입사업에서 생기는 소득’에 해당하지 않는 것입니다.

출처 : 기획재정부 2022. 08. 29. 법인세제과-343 | 국세법령정보시스템