공장이전 특례 후 법인전환, 대표이사 변경·지분증여의 사후관리 위반 여부

요지

중소기업인 개인사업자가 공장이전에 대한 과세특례를 적용받은 후 법인으로 전환하여 사업을 계속하는 경우로서 공장 양도 후 3년 이내에 대표이사를 변경하거나 법인전환으로 취득한 대표이사 본인 주식 일부(30%)를 자녀에게 증여하는 경우에는 ⁠‘해당 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우’에 해당하지 않는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 중소기업인 개인사업자가 수도권과밀억제권역(｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따라 지정된 산업단지는 제외) 외의 지역으로 공장을 이전하고 ｢조세특례제한법｣ 제85조의8【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】(이하 ⁠“쟁점특례”라 함)를 적용받은 후 ｢조세특례제한법｣ 제32조에 따라 법인으로 전환하여 사업을 계속하는 경우로서 공장 양도 후 3년 이내에 대표이사를 변경하거나 법인전환으로 취득한 대표이사 본인 주식의 일부(30%)를 자녀에게 증여하는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제85조의8제2항에 따른 ⁠‘해당 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우’에 해당하지 않는 것입니다. 다만, 법인전환 후 타인으로 대표이사를 변경하고 주식등을 처분하는 등의 사유로 인하여 사실상 해당 공장의 양도일 현재 사업을 계속하는 것으로 볼 수 없는 경우에는 실질적으로 사업의 폐지(폐업)에 해당하는 것으로 이에 해당하는지 여부는 구체적인 사실관계를 종합적으로 고려하여 판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○ 1986.1월 : 서울에서 ⁠‘제조/인쇄’ 업종 개업^*하여 공장 운영

    * 개인사업자로 개업

○2022.7월 : 파주 공장 신축부지^* 취득

    * 기존공장 및 신축공장의 대지는 조특령§79의9⑤ 및 조특칙에서 규정하는 공장입지 기준면적 이내임을 전제

○ 2023.3월 : 서울 공장 양도

 ○ 2023.6월 : 파주 공장 신축

 ○ 예 정 : 개인사업자에서 법인사업자로 전환

   * 조특법§32에 따른 법인전환 이월과세 요건은 충족한 것으로 전제

○ 예 정 : 법인전환 후 3년 이내 대표이사 변경 또는 지분 30% 子에게 증여

2. 질의내용

 ○ 개인사업자가 수도권과밀억제권역 외 지역으로 이전하여 조특법§85의8에 따른 ⁠“중소기업의 공장이전에 대한 과세특례”를 적용받은 후 법인으로 전환한 경우로서 공장 이전 후 3년 이내에 대표이사를 변경하거나 법인전환으로 취득한 대표이사 본인 주식의 30%를 자녀에게 증여하는 경우 사후관리 위반으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제85조의8【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

 ① 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역으로 공장을 이전하거나 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따른 산업단지에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 동일한 산업단지 내 다른 공장으로 이전하는 경우 해당 공장의 대지와 건물을 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

  1. 내국법인 : 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도가 끝나는 날 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

  2. 거주자 : 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한이 끝나는 날 이후 5년이 되는 날부터 5년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

 ② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 이전하지 아니하거나 해당 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 관하여는 제33조제3항 후단을 준용한다.

 ③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제79조의9【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

 ① 법 제85조의8제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 지역”이란 수도권과밀억제권역(｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따라 지정된 산업단지는 제외한다)을 말한다.

 ② 법 제85조의8제1항제1호 전단에서 ⁠“대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

  1. 이전하기 직전 지역에 소재하는 공장(이하 이 조에서 ⁠“기존공장”이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전사업연도종료일 현재 ｢법인세법｣ 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액

  2. 기존공장의 양도가액 중 새로운 공장(이하 이 조에서 ⁠“신규공장”이라 한다)의 취득(공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

 ③ 법 제85조의8제1항제2호 전단에서 ⁠“대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세”란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 양도소득세를 말한다.

  1. ｢소득세법｣ 제95조제1항에 따른 양도차익

  2. 기존공장 양도가액 중 신규공장 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

 ④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도 종료일까지 신규공장을 취득하지 아니한 경우 신규공장의 취득가액은 이전(예정)명세서상의 예정가액으로 한다.

 ⑤ 법 제85조의8제1항이 적용되는 공장이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 신규공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의8제1항을 적용하지 아니한다.

  1. 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우

  2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 신규공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

 ⑥ 법 제85조의8제2항 전단에서 ⁠“대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

  1. 법 제85조의8제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

  2. 법 제85조의8제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액

 ⑦ 법 제85조의8제1항을 적용할 때 제4항에 따른 취득 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 분할납부를 적용받은 때에는 실제 취득가액을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 신규 공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.

 ⑧ 법 제85조의8제1항제1호를 적용받으려는 내국법인은 기존공장의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑨ 법 제85조의8제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받으려는 거주자는 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령으로 정하는 분할납부신청서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑩ 제4항을 적용받은 후 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 이전완료보고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑪ 법 제85조의8에서 ⁠“공장”이란 제54조제1항의 공장을 말한다.

○ 조세특례제한법 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도․양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경여하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.

 ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

 ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

 ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

  2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ① 삭제

 ② 법 제32조제1항 본문에서 ⁠“대통령령으로 정하는 사업 양도․양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

 ③ 법 제32조제1항 본문에서 ⁠“대통령령으로 정하는 소비성서비스업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 ⁠“소비성서비스업”이라 한다)을 말한다.

  1. 호텔업 및 여관업(｢관광진흥법｣에 따른 관광숙박업은 제외한다)

  2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 ｢식품위생법 시행령｣ 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, ｢관광진흥법｣에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

  3. 그 밖에 오락․유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

 ④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑤ 법 제32조제2항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

 ⑥ 법 제32조제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 ⁠“전환법인”이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도․양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조제5항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

  1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

  2. 전환법인이 ｢법인세법｣ 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

  3. 삭제

  4. 전환법인이 ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

 ⑦ 법 제32조제5항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 법 제32조제1항을 적용받은 거주자(이하 이 조에서 ⁠“해당 거주자”라 한다)가 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

  2. 해당 거주자가 ｢법인세법｣ 제44조제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

  3. 해당 거주자가 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환·이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

  4. 해당 거주자가 ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

  5. 해당 거주자가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

  6. 해당 거주자가 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우

 ⑧ 제7항제6호에 해당하는 경우에는 수증자를 해당 거주자로 보아 법 제32조제5항을 적용하되, 5년의 기간을 계산할 때 증여자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분을 보유한 기간을 포함하여 통산한다.

○ 조세특례제한법 제33조【사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례】

 ③ 제1항 및 제2항을 적용받은 내국인이 사업전환을 하지 아니하거나 전환사업 개시일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나, 감면 또는 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 다음 각 호의 구분에 따른 때에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 법인세 또는 양도소득세로 납부하여야 한다.

  1. 법인의 경우 : 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때

  2. 거주자의 경우 : 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내

○ 조세특례제한법 제2조【정의】

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. ⁠“내국인”이란 ｢소득세법｣에 따른 거주자 및 ｢법인세법｣에 따른 내국법인을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

 ① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 중소기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 ⁠“중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

  1. 매출액이 업종별로 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 ⁠“매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 ⁠“중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입․통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 ⁠“평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업”은 ⁠“매출액이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업”으로 본다.

  4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

○ 조세특례제한법 시행령 제54조【공장의 범위등】

 ① 법 제60조 및 제63조에서 ⁠“공장”이란 각각 제조장 또는 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다.

출처 : 국세청 2023. 10. 16. 서면-2023-법규재산-2110[ 법규과-2600] | 국세법령정보시스템