요지
경영참여형 사모집합투자기구(PEF)가「조세특례제한법」제100조의15에 따른 동업기업과세특례를 적용받은 경우, 주권상장법인의 주식 및 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식을 양도하는 경우 양도소득세 과세대상 여부는 동업자를 기준으로 판단하는 것입니다.
회신
귀 서면질의의 경우, 경영참여형 사모집합투자기구(PEF)가「조세특례제한법」제100조의15에 따른 동업기업과세특례를 적용받은 경우, 주권상장법인의 주식 및 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식을 양도하는 경우 양도소득세 과세대상 여부는 동업자를 기준으로 판단하는 것입니다.
1. 질의내용 요약
○ 사실관계
-甲은「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제249조의23에따른 “창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구인 창업·벤처 PEF(A)설립
-2018.02.22. 창업·벤처 PEF(A) 설립등기 완료 후「조세특례제한법」제100조의15에 따른 동업 기업과세특례신청.
- 거주자인 수동적 동업자의 출자(320억원)가 있을 예정이며, 주권상장법인에 총 펀드규모 535억원 중 20% 및 「조세특례제한법」제14조제1항제4호에 따른 벤처기업에 50%를 거래할 계획임.
○ 질의내용
창업·벤처 PEF가「조세특례제한법」제100조의15에 따른 동업기업과세특례 적용을 받은 후, 상장주식 및 벤처기업에 출자한 주식 등을 양도하고 동업자에게 소득의 분배가 이루어지는 경우 양도차익에 대한 양도소득세 과세 대상 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
나. 지상권
다. 전세권과 등기된 부동산임차권
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득
가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등 1) 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등
2) 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, 「상법」 제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환·이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환·이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.
나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)
나. 이용권·회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물 이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식등을 포함한다)
다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 "과점주주"라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우에 해당 주식등
1) 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)의 가액
2) 해당 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.
라. 대통령령으로 정하는 사업을 하는 법인으로서 자산총액 중 다목1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등
5. 대통령령으로 정하는 파생상품등의 거래 또는 행위로 발생하는 소득(제16조제1항제13호 및 제17조제1항제10호에 따른 파생상품의 거래 또는 행위로부터의 이익은 제외한다)
② 제1항제3호 및 제4호에 모두 해당되는 경우에는 제4호를 적용한다.
○ 조세특례제한법 제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」 제94조제1항제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.
1. 중소기업창업투자회사 또는 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
2. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
2의2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
2의3. 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분
5. 창업기획자에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
6. 소재·부품전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
7. 「증권거래세법」 제3조제1호나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(「소득세법」 제104조제1항제11호가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)
② 삭제
③ 삭제
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득에 대해서는 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세를 원천징수한다.
1. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
1의2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
1의3. 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
2. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
3. 「산업발전법」(법률 제9584호 산업발전법 전부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제15조에 따라 등록된 기업구조조정조합이 같은 법 제14조제4항에 따른 구조조정대상기업에 출자하여 얻는 배당소득
4. 소재·부품전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
⑤ 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 농식품투자조합, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합 또는 소재·부품전문투자조합에 귀속되는 소득으로서 「소득세법」 제16조제1항 각 호 및 같은 법 제17조제1항제5호의 소득에 대해서는 「소득세법」과 「법인세법」에도 불구하고 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다.
⑥ 제4항 및 제5항에 따른 소득의 경우에는 「소득세법」 제16조제2항 및 같은 법 제17조제3항 본문에도 불구하고 총수입금액에서 해당 조합이 지출한 비용(그 총수입금액에 대응되는 것으로 한정한다)을 뺀 금액을 이자소득금액 또는 배당소득금액으로 한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정은 2020년 12월 31일까지 발생하는 소득에 대해서만 적용한다.
⑧ 제1항제1호는 2009년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용하고, 제1항제2호·제2호의2·제2호의3 및 제3호부터 제7호까지의 규정은 2020년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용한다.
○ 조세특례제한법 제100조14【용어의 뜻】 이 절에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "동업기업"이란 2명 이상이 금전이나 그 밖의 재산 또는 노무 등을 출자하여 공동사업을 경영하면서 발생한 이익 또는 손실을 배분받기 위하여 설립한 단체를 말한다.
2. "동업자"란 동업기업의 출자자인 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인을 말한다.
3. "배분"이란 동업기업의 소득금액 또는 결손금 등을 각 과세연도의 종료일에 자산의 실제 분배 여부에 관계없이 동업자의 소득금액 또는 결손금 등으로 귀속시키는 것을 말한다.
4. "동업자군(群)별 동업기업 소득금액 또는 결손금"이란 동업자를 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인의 네 개의 군(이하 "동업자군"이라 한다)으로 구분하여 각 군별로 동업기업을 각각 하나의 거주자, 비거주자, 내국법인 또는 외국법인으로 보아 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 계산한 해당 과세연도의 소득금액 또는 결손금을 말한다.
5. "동업자군별 손익배분비율"이란 동업자군별로 해당 군에 속하는 동업자들의 손익배분비율을 합한 비율을 말한다.
6. "동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금"이란 동업자군별 동업기업 소득금액 또는 결손금에 동업자군별 손익배분비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
7. "지분가액"이란 동업자가 보유하는 동업기업 지분의 세무상 장부가액으로서 동업기업 지분의 양도 또는 동업기업 자산의 분배시 과세소득의 계산 등의 기초가 되는 가액을 말한다.
8. "분배"란 동업기업의 자산이 동업자에게 실제로 이전되는 것을 말한다.
○ 조세특례제한법 제100조15【적용범위】
① 이 절에서 규정하는 과세특례(이 절에서 "동업기업과세특례"라 한다)는 동업기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체가 제100조의17에 따라 적용신청을 한 경우 해당 동업기업 및 그 동업자에 대하여 적용한다. 다만, 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업의 동업자는 동업기업의 자격으로 동업기업과세특례를 적용받을 수 없으며, 제5호에 따른 외국단체의 경우 국내사업장을 하나의 동업기업으로 보아 해당 국내사업장과 실질적으로 관련되거나 해당 국내사업장에 귀속하는 소득으로 한정하여 동업기업과세특례를 적용한다.
1. 「민법」에 따른 조합
2. 「상법」에 따른 합자조합 및 익명조합(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항제5호 및 제6호의 투자합자조합 및 투자익명조합은 제외한다)
3. 「상법」에 따른 합명회사 및 합자회사(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항제4호의 투자합자회사 중 같은 조 제19항제1호의 경영참여형 사모집합투자기구가 아닌 것은 제외한다)
4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 단체와 유사하거나 인적 용역을 주로 제공하는 단체로서 대통령령으로 정하는 것
5. 「법인세법」 제1조제3호의 외국법인 또는 「소득세법」 제2조제3항에 따른 비거주자로 보는 법인 아닌 단체 중 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 단체와 유사한 단체로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국단체
② 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업과 그 동업자에 대해서는 각 세법의 규정에 우선하여 이 절의 규정을 적용한다.
○ 조세특례제한법 제100조16【동업기업 및 동업자의 납세의무】
① 동업기업에 대해서는 「소득세법」 제2조제1항 및 「법인세법」 제2조제1항·제2항에도 불구하고 「소득세법」 제3조 및 「법인세법」 제3조제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다.
② 동업자는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다.
③ 내국법인이 동업기업과세특례를 적용받는 경우 해당 내국법인(이하 "동업기업 전환법인"이라 한다)은 「법인세법」 제79조제1항의 "해산에 의한 청산소득"의 금액에 준하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 과세표준에 「법인세법」 제55조제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세(이하 "준청산소득에 대한 법인세"라 한다)로 납부할 의무가 있다.
④ 동업기업 전환법인은 동업기업과세특례를 적용받는 최초 사업연도의 직전 사업연도 종료일 이후 3개월이 되는 날까지 대통령으로 정하는 바에 따라 준청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.
⑤ 동업기업 전환법인은 준청산소득에 대한 법인세의 세액을 제4항의 신고기한부터 3년의 기간 동안 균분한 금액 이상 납부하여야 한다.
○ 조세특례제한법 제100조18【동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분】
① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. 다만, 동업기업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자로서 대통령령으로 정하는 동업자(이하 이 절에서 "수동적동업자"라 한다)에게는 결손금을 배분하지 아니하되, 해당 과세연도의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 그 수동적동업자에게 소득금액을 배분할 때 배분되지 않은 결손금을 그 배분대상 소득금액에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제하고 배분한다.
② 제1항에 따라 각 동업자에게 배분되는 결손금은 동업기업의 해당 과세연도의 종료일 현재 해당 동업자의 지분가액을 한도로 한다. 이 경우 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일 이후 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 배분한다.
③ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금으로 보아 계산한다. 다만, 수동적동업자(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항제1호에 따른 경영참여형 사모집합투자기구의 수동적동업자 중 우리나라와 조세조약이 체결된 국가에서 설립된 연금·기금 등으로서 배분받는 소득이 해당 국가에서 과세되지 아니하는 대통령령으로 정하는 수동적동업자는 제외한다)의 경우에는 배분받은 소득금액을 「소득세법」 제17조제1항, 제119조제2호 및 「법인세법」 제93조제2호에 따른 소득으로 본다.
④ 동업기업과 관련된 다음 각 호의 금액은 각 과세연도의 종료일에 동업자 간의 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분한다. 다만, 제4호의 금액은 내국법인 및 외국법인인 동업자에게만 배분한다.
1. 「법인세법」 및 이 법에 따른 세액공제 및 세액감면금액
2. 동업기업에서 발생한 소득에 대하여 「법인세법」 제73조에 따라 원천징수된 세액
3. 「법인세법」 제76조에 따른 가산세 및 이 법 제100조의25에 따른 가산세
4. 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세
⑤ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세를 신고·납부할 때 제4항에 따라 배분받은 금액 중 같은 항 제1호 및 제2호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에서 공제하고, 같은 항 제3호 및 제4호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에 가산한다.
⑥ 손익배분비율의 결정, 동업기업 소득금액 및 결손금 등의 계산 및 배분, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제249조의23【창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구 등에 대한 특례】
① 이 조에서 "창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 이 조에서 "창업·벤처기업등"이라 한다)의 성장기반 조성 및 건전한 발전을 위하여 제2항에서 정하는 바에 따라 투자·운용하여 그 수익을 투자자에게 배분하는 것을 목적으로 하는 경영참여형 사모집합투자기구를 말한다. 다만, 「중소기업창업 지원법」 제2조제4호에 따른 중소기업창업투자회사가 업무집행사원인 경영참여형 사모집합투자기구의 경우는 제외한다.
1. 「중소기업창업 지원법」 제2조제2호에 따른 창업자. 다만, 해당 창업자가 창업하거나 창업하여 사업을 개시한 중소기업이 「중소기업창업 지원법」 제3조 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종의 중소기업인 경우는 제외한다.
2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업
3. 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조에 따른 기술혁신형 중소기업 또는 같은 법 제15조의3에 따른 경영혁신형 중소기업
4. 「기술보증기금법」 제2조제1호에 따른 신기술사업자
5. 「소재·부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제2조제2호에 따른 소재·부품전문기업으로서 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업
6. 그 밖에 성장기반 조성 및 건전한 발전이 필요한 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업
② 창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구는 제249조의12에도 불구하고 그 집합투자재산을 운용할 때에는 사원이 출자한 날부터 6개월 이상의 기간으로서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 출자한 금액의 100분의 50 이상으로서 대통령령으로 정하는 비율 이상을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 운용하여야 하며, 그와 같이 운용하고 남은 재산은 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용할 수 있다.
1. 창업·벤처기업등이 발행한 증권에 대한 투자
2. 제3항에 따른 투자목적회사의 지분증권에 대한 투자
3. 그 밖에 창업·벤처기업등에 대한 자금 지원을 위하여 필요한 방법으로서 대통령령으로 정하는 방법
③ 창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구가 주주 또는 사원인 경우로서 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상인 투자목적회사는 제249조의13제1항제2호에도 불구하고 제2항제1호·제3호 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 방법으로 재산을 운용할 수 있다. 이 경우 제249조의12제4항 및 제6항(제249조의13제5항에서 준용하는 경우를 포함한다)은 적용하지 아니한다.
④ 창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구의 집합투자재산 및 제3항의 투자목적회사 재산의 투자비율의 산정방식, 그 밖에 창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구의 집합투자재산 및 제3항의 투자목적회사 재산의 운용 및 운용제한 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑤ 창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제2항에 따른 집합투자재산 운용 현황, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항에 관하여 금융위원회에 보고하여야 한다.
○ 서면-2016-법령해석재산-2852, 2017.3.28
귀 서면질의의 경우「조세특례제한법」제100조의15에 따른 동업기업과세특례를 적용받은 합명회사가 주권상장법인의 주식을 취득하여 양도하는 경우 「소득세법」제94조제1항제3호의 규정에 의한 대주주 해당여부는 당해 동업기업의 동업자를 기준으로 판단하는 것입니다.
○ 서면법규과-941, 2014.8.28
「조세특례제한법」 제100조의15에 따른 동업기업과세특례를 적용받는 합명회사가 주권상장법인의 주식을 양도함에 따라 발생하는 소득을 동업자에게 배분하는 경우 거주자인 동업자가 배분받은 소득금액은 「소득세법」 제94조에 따른 소득에 대한 수입금액으로 보는 것입니다.
○ 재재산-466, 2004.4.17
중소기업창업지원법에 의하여 1999년 7월 1일 결성한 중소기업창업투자조합이 주식을 취득하여 양도하는 경우 소득세법 제94조제1항제3호의 규정에 의한 주식양도차익 과세대상 대주주 해당여부는 당해 조합의 조합원을 기준으로 판단합니다
출처 :
국세청 2018. 09. 06. 서면-2018-부동산-1137[부동산납세과-889] | 국세법령정보시스템
