요지

합병등기일이 속하는 사업연도에 합병법인 및 피합병법인의 고용증대세액공제 관련, 증가한 상시근로자 수 계산방법 등

회신

[질의내용]
○(질의1)합병등기일이 속하는 사업연도에 합병법인 및 피합병법인의 고용증대세액공제 관련, 증가한 상시근로자 수 계산방법

․[피합병법인]직전 과세연도는 승계한 상시근로자에 대한 피합병법인의 해당 과세연도(‘의제사업연도’) 상시근로자 수(월할계산○)를 차감하고, 해당 과세연도는 승계한 상시근로자 모두 과세연도개시일에 승계시킨 것으로 보아 상시근로자수 계산
․[합병법인]직전 과세연도는 승계한 상시근로자에 대한 피합병법인의 해당 과세연도(‘의제사업연도’) 상시근로자 수(월할계산○)를 가산하고, 해당 과세연도는 승계한 상시근로자 모두 과세연도개시일에 승계한 것으로 보아 상시근로자수 계산

․[피합병법인]직전 과세연도는 승계한 상시근로자 수(월할계산×)를 차감하고, 해당 과세연도는 승계한 상시근로자 모두 과세연도개시일에 승계시킨 것으로 보아 상시근로자수 계산
․[합병법인]직전 과세연도는 승계한 상시근로자 수(월할계산×)를 가산하고, 해당 과세연도는 승계한 상시근로자 모두 과세연도개시일에 승계한 것으로 보아 상시근로자수 계산

․[피합병법인]직전 과세연도는 승계한 상시근로자에 대한 직전 과세연도 상시근로자 수(월할계산○)를 차감하고, 해당 과세연도는 승계한 상시근로자가 의제사업연도 개시일부터 근무한 경우 과세연도개시일에 승계시킨 것으로 보아 상시근로자수 계산하고, 의제사업연도 개시일이 지나 근무(입사)한 경우 해당 근무일에 승계시킨 것으로 보아 상시근로자 수 계산
․[합병법인]직전 과세연도는 승계한 상시근로자에 대한 피합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수(월할계산○)를 가산하고, 해당 과세연도는 승계한 상시근로자가 의제사업연도 개시일부터 근무한 경우 과세연도개시일에 승계한 것으로 보아 상시근로자수 계산하고, 의제사업연도 개시일이 지나 근무(입사)한 경우 해당 근무일에 승계한 것으로 보아 상시근로자 수 계산

․[피합병법인 및 합병법인]직전 과세연도 및 당해 과세연도에 상시근로자 수는 피합병법인에 근무한 근로자를 합병법인에 근무한 것으로 간주하여 상시근로자 수를 계산

○(질의2)합병등기일이 속하는 사업연도(‘의제사업연도’)에 피합병법인의 고용증대세액공제(‘1차연도분’) 적용 여부
의제사업연도에 고용증대세액공제(1차연도분) 적용 불가
의제사업연도에 의제상시근로자 수가 증가한 경우 고용증대세액공제(1차년도분) 적용 가능
○(질의3)합병등기일이 속하는 사업연도(‘의제사업연도’)에 피합병법인의 2차․3차연도분 고용증대세액공제 적용 여부
피합병법인은 의제사업연도 2차․3차연도분 고용증대세액공제 적용 불가
의제사업연도에 의제상시근로자 수가 감소하지 않은 경우 피합병법인은 2차․3차연도분 고용증대세액공제 적용 가능
[회신]
질의 1에 대하여는 제4안이 타당하고, 질의2 및 질의3에 대하여는 제1안이 타당함

1. 사실관계

 ○질의법인은 ’19.9.25. 개업하여 ’21.12.31. 합병법인 ㈜슬로우라이프와의 흡수합병(적격합병)으로 소멸된 피합병법인임

 -질의법인은 ’19년부터 ⁠「조세특례제한법」제29조의7 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(이하 ⁠‘고용증대세액공제’)를 적용하였으며

 -합병등기일 현재 근무 중인 근로자는 전원 합병법인에게 승계함

2. 질의요지

○(질의1)합병등기일이 속하는 사업연도에 합병법인 및 피합병법인의 고용증대세액공제 관련, 증가한 상시근로자 수 계산방법

 ○(질의2)합병등기일이 속하는 사업연도(‘의제사업연도’)에 피합병법인의 고용증대세액공제(‘1차연도분’) 적용 여부

 ○(질의3)합병등기일이 속하는 사업연도(‘의제사업연도’)에 피합병법인의 2차․3차연도분 고용증대세액공제 적용 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제29조의7 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1.청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

  가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

  나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑤제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간에 대하여 제2항을 적용한다. 다만, 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 대해서는 제2항 후단을 적용하지 아니한다.

⑥ 제5항을 적용받은 내국인이 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소하지 아니한 경우에는 제1항 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 2년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 3년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

⑧ 제1항, 제2항 및 제5항부터 제7항까지의 규정을 적용할 때 청년등상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제26조의 7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

⑦ 법 제29조의7제1항 및 제2항을 적용할 때 상시근로자 수, 청년등 상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.

 1. 상시근로자 수:

 2. 청년등 상시근로자 수:

⑨ 제7항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 제23조제13항을 준용한다.

⑩ 법 제29조의7제1항에 따라 세액공제를 받으려는 자는 과세표준 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

⑦법 제26조제1항제2호가목에 따른 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수는 근로계약 체결일 현재 산업수요맞춤형고등학교등을 졸업한 날부터 2년 이상 경과하지 아니한 상시근로자 수(해당 과세연도의 상시근로자 수에서 직전 과세연도의 상시근로자 수를 뺀 수를 한도로 한다)로 한다.

⑧법 제26조제1항제2호나목에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수는 다음 각 호에 따라 계산한 수로 한다.

 1. 청년근로자 수: 근로계약 체결일 현재 15세 이상 29세 이하인 상시근로자 수(해당 과세연도의 상시근로자 수에서 직전 과세연도의 상시근로자 수와 제7항에 따른 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수를 뺀 수를 한도로 한다)로 한다. 다만, 그 청년근로자가 제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다.

    (중략)

⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

 1. 창업(법 제6조제10항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 0

 2.법 제6조제10항제1호(합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.

  가. 해당 과세연도에 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우

  나. 제11조제1항에 따른 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우

○ 법인세법 제44조의3 【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1항제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. ⁠(중략)

 1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)

 2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제

 3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의4【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

①합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.

   (중략)

②합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다.

○ 법인세법 제8조【사업연도의의제】

② 내국법인이 사업연도 중에 합병 또는 분할에 따라 해산한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 합병등기일 또는 분할등기일까지의 기간을 그 해산한 법인의 1사업연도로 본다.

출처 : 국세청 2024. 02. 07. 서면-2022-법규법인-0589 | 국세법령정보시스템