사업양수도 후 일방적 APA로 영업권 평가액 변동 시 정산차액의 손익귀속

요지

사업양수도 거래 이후 사업양도인의 국조법상 일방적 APA 결과에 따라 상증법상 영업권 등의 평가액이 증가하여 사업양수도 계약에 따른 정산차액을 수수하는 경우, 그 정산차액을 정산일이 속하는 사업연도의 익금에 산입함

회신

귀 서면질의 신청 사실관계와 같이 사업양수도 거래의 당사자인 내국법인들이 사업양수도 거래 이후 사업양도인의 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제14조제2항 단서에 따른 일방적 사전승인 결과에 따라 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제59조에 의한 영업권 등의 평가액이 증가하여 사업양수도 계약에 따른 정산차액을 수수한 경우, 사업양도인은 그 정산차액을 정산일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 사업양수인은 영업권 등을 정산일이 속하는 사업연도에 자산으로 인식하는 것입니다.
다만, 사업양수도 계약상 정산조건이 존재하는지 및 사업양수도인이 수수한 정산차액이 영업권에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○ 2023.12.31. 질의법인(사업양수인)과 A법인(사업양도인)은 사업양수도 계약을 체결하고, 사업양도인의 사업에 대한 권리 및 의무를 양수함

   - 해당 계약서에는 거래가액이 추후 변동될 경우 그 변동액이 최종 확정된 직후 사후 정산^*하는 규정이 포함되어 있으며

    * 사후정산 규정에 해당하는지 여부는 사실판단사항이나, 본건의 경우 사후 정산 규정에 해당하는 것으로 전제

   - 거래가액은 자산, 부채, 영업권 등에 대하여 상증세법의 규정을 준용하여 평가한 가액을 세무사 시가로 확정하여 거래를 종결함

 ○ 한편, 사업양도인이 ’22년 신청한 ⁠“일방적 정상가격 산출방법 사전승인”(이하 ⁠“일방적 APA“) 결과가 ’24.7월 통보되어

   - 사업양도인의 ’19~’23 사업연도 법인세 과세소득이 증가하게 되었고 이에 따라 영업권 등 평가액도 증가함

   - 질의법인은 사업양수도 계약서의 사후정산 규정에 따라 증가한 영업권 등 차액을 ’24.8월 중 사업양도인에게 추가 지급하였음

2. 질의내용

 ○ 사업양수도 거래 이후 일방적 APA로 인해 상증법에 따라 평가한 영업권의 평가액이 변동된 경우, 추가 수수하는 영업권 차액의 손익귀속시기(사업양도인) 및 영업권의 자산 인식시기(사업양수인)

3. 관련법령

○법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

 ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

 ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○법인세법 시행령 제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

 ① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

    (…중략…)

  3. 상품 등외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날[｢한국은행법｣에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 ⁠“외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

    (이하 생략)

○법인세법 시행령 제71조【임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도】

 ⑦ 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)･｢조세특례제한법｣ 및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다.

○법인세법 시행규칙 제36조【기타 손익의 귀속사업연도】

  영 제71조제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

○법인세법 제19조【손금의 범위】

 ①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 ⁠“손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

 ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 ③ ⁠(생략)

 ④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】

  법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 ⁠“손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

   5. 유형자산 및 무형자산에 대한 감가상각비

   5의2. 특수관계인으로부터 자산 양수를 하면서 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 자산의 가액이 시가에 미달하는 경우 다음 각 목의 금액에 대하여 제24조부터 제26조까지, 제26조의2, 제26조의3, 제27조부터 제29조까지, 제29조의2 및 제30조부터 제34조까지의 규정을 준용하여 계산한 감가상각비 상당액

    가. 실제 취득가액이 시가를 초과하는 경우에는 시가와 장부에 계상한 가액과의 차이

    나. 실제 취득가액이 시가에 미달하는 경우에는 실제 취득가액과 장부에 계상한 가액과의 차이

○법인세법 제23조【감가상각비의 손금불산입】

 ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산 ⁠(이하 이 조에서 ⁠“감가상각자산”이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 ⁠“상각범위액”이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

○법인세법 시행령 제24조【감가상각자산의 범위】

 ① 법 제23조 제1항에서 ⁠“건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산”이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 ⁠“감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산

   가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인 등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권

○법인세법 시행규칙 제12조【감가상각자산의 범위】

 ① 영 제24조 제1항 제2호 가목에 따른 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

  1. 사업의 양도·양수 과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래처 등 영업상의 이점 등을 고려하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

  2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금·입회금 등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등

○법인세법 기본통칙 19-19…46【특수관계자간 사업양수도시 취득한 영업권상각액의 손금산입】

  법인이 특수관계자로부터 영업권을 양수하면서 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 가액이 시가에 미달하는 경우에는 영 제19조 제5호의2의 규정을 적용한다.

○법인세법 기본통칙 40-71…13【잠정거래가액과 확정거래가액과의 차액의 귀속시기】

  정부에 물품을 공급함에 있어서 그 가액을 사후에 확정하는 조건으로 물품을 공급한 법인이 잠정가액을 기준으로 해당 사업연도의 소득금액을 계산하여 신고한 후에 그 가액이 확정된 경우의 정산차액은 그 가액이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

○국제조세조정에 관한 법률 제2조【정의】

 ①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. ⁠“국제거래”란 거래 당사자 중 어느 한쪽이나 거래 당사자 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매·임대차, 용역의 제공, 금전의 대차(貸借), 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다.

  5. ⁠“정상가격”이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용하거나 적용할 것으로 판단되는 가격을 말한다.

  10. ⁠“상호합의절차”란 조세조약의 적용 및 해석이나 부당한 과세처분 또는 과세소득의 조정에 대하여 우리나라의 권한 있는 당국과 체약상대국의 권한 있는 당국 간에 협의를 통하여 해결하는 절차를 말한다.

○국제조세조정에 관한 법률 제8조【정상가격의 산출방법】

 ① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 산출방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. ⁠(후략)

  4. 거래순이익률방법 : 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 유사한 거래 중 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

○국제조세조정에 관한 법률 제14조【사전승인의 신청 및 승인】

 ① 거주자는 일정 기간의 과세연도에 대하여 일정한 정상가격 산출방법을 적용하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 정상가격 산출방법을 적용하려는 일정기간의 과세연도 중 최초의 과세연도 개시일의 전날까지 국세청장에게 사전승인을 신청할 수 있다.

 ② 국세청장은 거주자가 제1항에 따라 정상가격 산출방법에 대한 사전승인을 신청하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 체약상대국의 권한 있는 당국과의 상호합의절차를 거쳐 합의하였을 때에는 정상가격 산출방법을 사전승인할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 상호합의절차를 거치지 아니하고 정상가격 산출방법을 사전승인(이하 ⁠“일방적 사전승인”이라 한다)할 수 있다.

○국제조세조정에 관한 법률 시행령 제29조【일방적 사전승인 절차】

 ③ 국세청장은 신청인이 제1항제1호 및 제2항에 따라 일방적사전승인을 신청하는 경우에는 신청일로부터 2년 이내에 사전승인 여부를 결정해야 한다. ⁠(후략)

○국제조세조정에 관한 법률 시행령 제31조【사전승인에 따른 과세표준 및 세액 조정 신청】

 ① 법 제15조제2항에 따라 과세표준 및 세액을 조정받으려는 신청인은 기획재정부령으로 정하는 소득금액 계산특례 신청서에 제28조제6항 및 제29조제4항에 따라 국세청장이 발급한 사전승인 통지서를 첨부하여 통지서를 받은 날부터 3개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 수정신고 또는 경정청구(국세정보통신망을 활용한 청구를 포함한다)를 해야 한다.

 ② 제1항에 따른 경정청구를 받은 납세지 관할 세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 경정할 수 있다. 이 경우 경정해야 할 이유가 없을 때에는 그 사실을 경정청구를 한 자에게 통지해야 한다.

○국제조세조정에 관한 법률 제15조【사전승인 방법의 준수 등】

 ① 거주자와 국세청은 제14조에 따라 정상가격 산출방법이 승인된 경우 그 승인된 방법을 준수하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그 승인된 방법을 준수하지 아니할 수 있다.

○국제조세조정에 관한 법률 시행령 제30조【사전승인의 취소 등】

 ① 법 제15조 제1항 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  1. 제26조 제1항･제2항 또는 제32조에 따른 자료의 중요한 부분이 제출되지 않거나 거짓으로 작성된 경우

  2. 신청인이 사전승인 내용 또는 그 조건을 준수하지 않은 경우

  3. 사전승인된 정상가격 산출방법의 전제가 되는 조건이나 가정의 중요한 부분이 실현되지 않은 경우

  4. 관련 법령 또는 조세조약이 변경되어 사전승인 내용이 적절하지 않게 된 경우

○상속세 및 증여세법 제64조【무체재산권의 가액】

  무체재산권(無體財産權)의 가액은 다음 각 호에 따른 금액 중 큰 금액으로 한다.

   1. 재산의 취득가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 ｢법인세법｣상의 감가상각비를 뺀 금액

   2. 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액

○상속세 및 증여세법 시행령 제59조【무체재산권의 평가】

 ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 않되, 해당 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 해당 가액을 영원권의 평가액으로 한다.

    [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 해당 연수로 하고, 제55조 제3항 제2호 각 목에 모두 해당하는 경우에는 개인사업자로서 사업을 영위한 기간을 포함한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본×1년만기정기예금이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 율)]

 ③ 제2항을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조제1항 및 제2항을 준용하여 평가한다. 이 경우 같은 조 제1항 중 ⁠“1주당 순손익액”과 같은 조 제2항 중 ⁠“1주당 추정이익”은 ⁠“순손익액”으로 본다.

○상속세 및 증여세법 시행령 제56조【1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법】

 ① 제54조제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 다음 계산식에 따라 계산한 가액으로 한다. 이 경우 그 가액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다.

 ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제54조제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 기획재정부령으로 정하는 신용평가전문기관, ｢공인회계사법｣에 따른 회계법인 또는 ｢세무사법｣에 따른 세무법인 중 둘 이상의 신용평가전문기관, ｢공인회계사법｣에 따른 회계법인 또는 ｢세무사법｣에 따른 세무법인이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액으로 할 수 있다.

  1. 일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우에 해당할 것

  2. 법 제67조 및 제68조에 따른 상속세 과세표준 신고기한 및 증여세 과세표준 신고기한까지 1주당 추정이익의 평균가액을 신고할 것

  3. 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서작성일이 해당 과세표준 신고기한 이내일 것

  4. 1주당 추정이익의 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 같은 연도에 속할 것

 ④ 제1항에 따른 순손익액은 ｢법인세법｣ 제14조에 따른 각 사업연도소득(이하 이 조에서 ⁠“각 사업연도소득”이라 한다)에 제1호의 금액을 더한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 각 사업연도소득을 계산할 때 손금에 산입된 충당금 또는 준비금이 세법의 규정에 따라 일시 환입되는 경우에는 해당 금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도소득에 가산한다.

○상속세 및 증여세법 시행규칙 제19조【무체재산권 등의 평가】

 ① 영 제59조 제2항 산식에서 ⁠“기획재정부령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다.

출처 : 국세청 2025. 05. 29. 서면-2024-법규법인-4190 | 국세법령정보시스템