요지

종전연결모법인이 쟁점 의제연결사업연도에 투자한 금액은 임시투자세액공제 가능함

회신

귀 서면질의 신청의 사실관계와 같이「법인세법」제76조의8제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인(이하 ⁠‘종전연결모법인’)이 2023년 중 주식의 포괄적 이전(｢조세특례제한법｣ 제38조에 따라 과세이연을 받는 경우만 해당)으로 다른 연결모법인의 연결자법인이 됨에 따라 ｢법인세법｣ 제76조의8제6항제2호 및 같은 법 시행령 제120조의12제6항제1호에 따라 ⁠“교환등을 한 날이 속하는 종전연결모법인의 연결사업연도 개시일부터 교환등을 한 날까지의 기간”을 ⁠“1 연결사업연도”로 의제(이하 ⁠‘쟁점 의제연결사업연도’)하여 연결납세방식을 적용하는 경우, 종전연결모법인이 쟁점 의제연결사업연도에 투자한 금액은 ｢조세특례제한법｣ 제24조제1항 각 호 외의 부분 단서를 적용할 때 ⁠“2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자하는 경우”에 해당하는 것임

1. 사실관계

○ 질의법인은 ’00.6.26. 설립되어 종합 정보보호서비스 및 컴퓨터시스템 통합자문 등을 주업으로 하고 있음

 ○질의법인은 ’22사업연도까지 질의법인을 모법인으로 하여 연결납세방식을 적용하여 왔으나(사업연도·연결사업연도: 1.1.∼12.31.)

  - ’23.6.19. 주식의 포괄적 이전으로 새로운 연결모법인인 갑법인이 설립됨에 따라 지배구조가 변경됨

 ○ 질의법인과 갑법인은 ’23사업연도에「법인세법」 제76조의8 제6항 제2호 및 같은 법 시행령 제120조의12 제6항 제1호·제2호에 따라 다음과 같이 연결납세방식을 적용받게 되었음

2. 질의내용

○ 2023.1.1.∼2023.6.19. 투자금액에 대해 임시투자세액공제가 가능한지 여부

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】

 ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자하는 경우에는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 공제한다.

  1. 공제대상 자산

   가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

   나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

  2. 공제금액

   가. 기본공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

    1) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우: 100분의 3(중견기업은 100분의 6, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액

    2) 국가전략기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)에 2024년 12월 31일까지 투자하는 경우: 100분의 15(중소기업은 100분의 25)에 상당하는 금액

   나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3(국가전략기술사업화시설의 경우에는 100분의 4)에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

  3. 임시 투자 세액공제금액

   가. 기본공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액의 100분의 3(중견기업은 100분의 7, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

     1) 신성장사업화시설에 투자하는 경우: 100분의 6(중견기업은 100분의 10, 중소기업은 100분의 18)에 상당하는 금액

     2) 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우: 제2호가목2)에 따른 금액

   나. 추가공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

○ 조세특례제한법 제2조【정의】

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "내국인"이란 ⁠「소득세법」에 따른 거주자 및 ⁠「법인세법」에 따른 내국법인을 말한다.

  2. "과세연도"란 ⁠「소득세법」에 따른 과세기간 또는 ⁠「법인세법」에 따른 사업연도를 말한다.

○ 법인세법 제2조 【정의】

  5. "사업연도"란 법인의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다.

  6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.

  7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

  11. "연결사업연도"란 연결집단의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다.

○ 법인세법 제6조 【사업연도】

 ① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.

 ② ∼ ④ ⁠(생략)

 ⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다.

○ 법인세법 시행령 제4조 【사업연도의 개시일】

 ① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

  1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제2조제2호다목에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각 목의 날로 한다. ⁠(이하생략)

○ 법인세법 제8조【사업연도의 의제】

 ① 내국법인이 사업연도 중에 해산(합병 또는 분할에 따른 해산과 제78조 각 호에 따른 조직변경은 제외한다)한 경우에는 다음 각 호의 기간을 각각 1사업연도로 본다.

  1. 그 사업연도 개시일부터 해산등기일(파산으로 인하여 해산한 경우에는 파산등기일을 말하며, 법인으로 보는 단체의 경우에는 해산일을 말한다. 이하 같다)까지의 기간

  2. 해산등기일 다음 날부터 그 사업연도 종료일까지의 기간

 ② 내국법인이 사업연도 중에 합병 또는 분할에 따라 해산한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 합병등기일 또는 분할등기일까지의 기간을 그 해산한 법인의 1사업연도로 본다.

 ③ 내국법인이 사업연도 중에 제78조 각 호에 따른 조직변경을 한 경우에는 조직변경 전의 사업연도가 계속되는 것으로 본다.

 ④ 청산 중인 내국법인의 사업연도는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 각각 1사업연도로 본다.

  1. 잔여재산가액이 사업연도 중에 확정된 경우: 그 사업연도 개시일부터 잔여재산가액 확정일까지의 기간

  2. 「상법」 제229조, 제285조, 제287조의40, 제519조 또는 제610조에 따라 사업을 계속하는 경우: 다음 각 목의 기간

   가. 그 사업연도 개시일부터 계속등기일(계속등기를 하지 아니한 경우에는 사실상의 사업 계속일을 말한다. 이하 같다)까지의 기간

   나. 계속등기일 다음 날부터 그 사업연도 종료일까지의 기간

 ⑤ 내국법인이 사업연도 중에 연결납세방식을 적용받는 경우에는 그 사업연도 개시일부터 연결사업연도 개시일 전날까지의 기간을 1사업연도로 본다.

   (이하생략)

○ 법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】

 ① 다른 내국법인을 연결지배하는 내국법인(비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "연결가능모법인"이라 한다)과 그 다른 내국법인(청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "연결가능자법인"이라 한다)은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결가능모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 연결가능자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 각 연결법인의 사업연도는 연결사업연도와 일치하여야 한다. 이 경우 연결사업연도의 기간은 1년을 초과하지 못하며, 연결사업연도의 변경에 관하여는 제7조를 준용한다.

 ③ 제2항을 적용할 때 사업연도(이하 제76조의9 및 제76조의10에서 "본래사업연도"라 한다)가 법령 등에 규정되어 연결사업연도와 일치시킬 수 없는 연결가능자법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 내국법인인 경우에는 연결사업연도를 해당 내국법인의 사업연도로 보아 연결납세방식을 적용할 수 있다.

 ④ 연결법인의 납세지는 제9조제1항에도 불구하고 연결모법인의 납세지로 한다.

 ⑤ 삭제

 ⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병, 분할 또는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전의 경우에는 그 합병일, 분할일 또는 교환ㆍ이전일이 속하는 연결사업연도에 한정하여 제2항, 제76조의11제1항 및 제76조의12제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식을 적용할 수 있다.

  1. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 적격합병

 2. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 주식의 포괄적 교환ㆍ이전(「조세특례제한법」 제38조에 따라 과세이연을 받는 경우만 해당한다)

  3. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인의 적격분할

○ 법인세법 제76조의9【연결납세방식의 취소】

 ① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다.

  1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우

  2. 연결모법인이 연결지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우

  3. 연결모법인의 연결가능자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우

  4. 제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우

  5. 연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우

  6. 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 연결지배를 받는 경우

 ② 연결납세방식을 적용받은 각 연결법인은 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액이나 결손금을 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 익금에 산입

  2. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 손금에 산입

 ③ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다.

 ④ ∼ ⑤ ⁠(생략)

 ⑥ 제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 취소된 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 그 연결사업연도의 종료일까지의 기간과 취소된 날이 속하는 연결사업연도 종료일의 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 각각 1사업연도로 본다.

○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】

 ① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 연결지배하게 된 경우에는 연결지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.

 ② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 연결지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다.

 ③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】

 ① 연결모법인의 연결지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다.

○ 법인세법 시행령 제120조의12【연결납세방식의 적용 제외 법인등】

 ① 법 제76조의8제1항 전단 중 "비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

  4. 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)으로부터 법 제2조제10호의2에 따른 연결지배를 받는 법인

 ② ∼ ⑤ ⁠(생 략)

 ⑥ 법 제76조의8제6항제2호의 사유가 발생한 경우 주식의 포괄적 교환ㆍ이전(이하 이 항에서 "교환등"이라 한다)을 통해 다른 법인(이하 이 항에서 "변경연결모법인"이라 한다)의 연결가능자법인이 된 연결모법인(이하 이 항에서 "종전연결모법인"이라 한다)의 연결자법인은 다음 각 호에 따라 연결납세방식을 적용할 수 있다.

  1. 교환등을 한 날이 속하는 종전연결모법인의 연결사업연도 개시일부터 교환등을 한 날까지의 기간: 종전연결모법인을 연결모법인으로 하여 해당 기간을 1 연결사업연도로 의제하여 연결납세방식을 적용. 이 경우 종전연결모법인과 그 연결자법인은 해당 기간에 대한 재무제표 및 이에 관한 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호에 따른 감사인의 감사의견을 종전연결모법인 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

  2. 교환등을 한 날의 다음 날부터 변경연결모법인의 연결사업연도 종료일까지의 기간: 변경연결모법인을 연결모법인으로 하여 해당 기간을 1 연결사업연도로 의제하여 연결납세방식을 적용. 이 경우 주식의 포괄적 교환을 한 변경연결모법인의 경우에는 기존의 연결자법인은 종전대로 연결납세방식을 적용하며, 종전연결모법인과 그 연결자법인은 1 연결사업연도로 의제된 기간을 통산하여 연결납세방식을 적용한다.

  3. 제2호에 따라 연결납세방식을 적용받으려는 변경연결모법인은 교환등을 한 날부터 1개월 내에 기획재정부령으로 정하는 연결법인 변경신고서(주식의 포괄적 이전을 통해 새로 설립된 변경연결모법인의 경우에는 연결납세방식 적용신청서)를 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제120조의13 【연결납세방식의 적용 신청 등】

 ① 연결납세방식을 적용받으려는 내국법인과 해당 내국법인의 법 제76조의8제1항의 연결가능자법인(이하 이 조에서 "연결대상법인등"이라 한다)은 최초의 연결사업연도 개시일부터 10일 이내에 기획재정부령으로 정하는 연결납세방식 적용 신청서를 해당 내국법인의 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 연결납세방식 적용 신청서를 제출하는 연결대상법인등은 연결사업연도를 함께 신고하여야 한다. 이 경우 연결사업연도와 사업연도가 다른 연결대상법인등은 법 제7조제1항에 따라 사업연도의 변경을 신고한 것으로 본다.

 ③ 제1항의 신청을 받은 관할지방국세청장은 최초의 연결사업연도 개시일부터 2개월이 되는 날까지 승인 여부를 서면으로 통지하여야 하며, 그 날까지 통지하지 아니한 경우에는 승인한 것으로 본다.

출처 : 국세청 2024. 11. 18. 서면-2024-법규법인-0530 | 국세법령정보시스템