요지

영농조합법인이 농업회사법인으로 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 의거하여 조직변경 시 청산소득에 대한 법인세는 과세하지 아니하는 것임

회신

｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 의하여 설립된 내국법인이 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣제18조에 따라 같은 법 제1항 각 호의 어느 하나의 농업회사법인으로 조직변경하는 경우 ｢법인세법｣ 제78조제2호에 따라 청산소득에 대한 법인세는 과세하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ***영농조합법인(이하 ⁠“질의법인”이라함)은 ’11.**월「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의해 영농조합법인으로 설립되었음

 ○질의법인은 ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 영농조합법인에서 주식회사 농업회사법인으로 ’24.*월 조직변경 하였음

❙질의법인의 조직변경 비교❙

2. 질의내용

 ○ ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따라 설립된 영농조합법인인 질의법인이 동법에 따라 상법상의 회사(농업회사법인)로 조직변경하는 경우 ｢법인세법｣ 제78조에서 규정하는 청산소득에 대한 과세특례 적용 여부

3. 관련법령

 ○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

 ①내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

  1.각 사업연도의 소득

  2.청산소득(淸算所得)

  3.제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득

  (이하 생략)

 ○ 법인세법 제8조 【사업연도의 의제】

 ①내국법인이 사업연도 중에 해산(합병 또는 분할에 따른 해산과 제78조 각 호에 따른 조직변경은 제외한다)한 경우에는 다음 각 호의 기간을 각각 1사업연도로 본다.

  1.그 사업연도 개시일부터 해산등기일(파산으로 인하여 해산한 경우에는 파산등기일을 말하며, 법인으로 보는 단체의 경우에는 해산일을 말한다. 이하 같다)까지의 기간

  2.해산등기일 다음 날부터 그 사업연도 종료일까지의 기간

 (이하 생략)

 ○ 법인세법 제78조 【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】

 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.

  1. ⁠「상법」의 규정에 따라 조직변경하는 경우

  2.특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 인하여 ⁠「상법」에 따른 회사로 조직변경하는 경우

  3.그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 ○ 법인세법 시행령 제121조【법인의 조직변경 범위】

 법 제78조제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호에 해당하는 경우를 말한다.

  1.「변호사법」에 따라 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우

  2.「관세사법」에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우

  3.「변리사법」에 따라 특허법인이 특허법인(유한)으로 조직변경하는 경우

  4.「협동조합 기본법」 제60조의2제1항에 따라 법인등이 협동조합으로 조직변경하는 경우

  5.「지방공기업법」 제80조에 따라 지방공사가 지방공단으로 조직변경하거나 지방공단이 지방공사로 조직변경하는 경우

 ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조【영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고 등】

 ①협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.

 ②협업적 수산업경영을 통하여 생산성을 높이고 수산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 어업인 또는 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조제5호에 따른 어업 관련 생산자단체(이하 "어업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영어조합법인(營漁組合法人)을 설립할 수 있다.

 ③영농조합법인 및 영어조합법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를, 특별자치시의 경우 특별자치시장을 말한다. 이하 같다)ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 신고하여야 한다. 신고한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경되는 경우 또는 해산하는 경우에도 같은 방법으로 변경신고 또는 해산신고를 하여야 한다.

 ④∼⑦ ⁠(생략)

 ⑧영농조합법인 및 영어조합법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「민법」 중 조합에 관한 규정을 준용한다.

 ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제18조【영농조합법인 및 영어조합법인의 조직변경】

 ①영농조합법인 또는 영어조합법인은 총조합원의 일치로 총회의 결의를 거쳐 다음 각 호의 어느 하나의 형태인 농업회사법인 또는 어업회사법인으로 조직을 변경할 수 있다.

  1. 합명회사

  2. 합자회사

  2의2. 유한책임회사

  3. 유한회사

  4. 주식회사

  (이하 생략)

 ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등】

 ①농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

 ②농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

 ③~⑩ ⁠(중략)

 ⑪농업회사법인 및 어업회사법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「상법」 중 회사에 관한 규정을 준용한다

출처 : 국세청 2024. 07. 26. 서면-2024-법인-0357 | 국세법령정보시스템