요지

임직원이 주식매수선택권을 행사함으로써 발생하는 근로소득은 소득을 지급하는 자가 원천징수하는 것이며, 해당 임직원은 2인 이상으로부터 근로소득이 발생하는 경우로써, 주된 근무지와 종된 근무지를 정하고 종된 근무지의 원천징수의무자로부터 근로소득원천징수영수증을 발급받아 해당 과세기간의 다음 연도 2월 분의 근로소득을 받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하는 경우, 주된 근무지의 원천징수의무자는 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 더한 금액에 대하여 소득세를 원천징수 하는 것임

회신

(질의1)소득세법 제127조에 따라 제1항에 따라 해당 임직원이 주식매수선택권을 행사함으로써 발생하는 근로소득은 소득을 지급하는 자가 원천징수하는 것입니다.
(질의2)해당 임직원은 2인 이상으로부터 근로소득이 발생하는 경우로써, 소득세법 제137조의2 및 제143조에 따라 주된 근무지와 종된 근무지를 정하고 종된 근무지의 원천징수의무자로부터 제143조 제2항에 따른 근로소득원천징수영수증을 발급받아 해당 과세기간의 다음 연도 2월 분의 근로소득을 받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하는 경우, 주된 근무지의 원천징수의무자는 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 더한 금액에 대하여 제137조에 따라 소득세를 원천징수 하는 것입니다.

1.사실관계

○신청법인은 설립 이후부터 상법 제340조의2에 근거하여 계열사로 전출한 신청법인의 임직원 12명에게 ’21.3월~ ’21.11월까지 2회에 걸쳐 주식매수선택권을 부여한 상황이며, 현재 신청법인에 근무하고 있지 않은 임직원들에 대한 것임

 ○주식매수선택권의 행사기간은 ’23.3.10.부터 순차적으로 개시되며, ’24.11.3.에 최종적으로 종료되어 신청법인은 주식매수선택권 행사시 신주를 발행하여 주식을 지급할 예정임

2.질의내용

○(질의1)지배회사가 임직원들에게 주식매수선택권을 부여한 후, 해당 임직원들이 종속회사의 근무기간 중에 행사함으로써 발생하는 소득의 원천징수의무를 가지는 자가 누구인지?

○(질의2)주식매수선택권 행사로 발생하는 근로소득의 원천징수 및 연말정산의 주체와 방법은?

3.관련법령

○소득세법 제127조【원천징수의무】

  ①국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

     4.근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

     가.외국기관 또는 우리나라에 주둔하는 국제연합군(미군은 제외한다)으로부터 받는 근로소득

     나.국외에 있는 비거주자 또는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.
1)제120조 제1항 및 제2항에 따른 비거주자의 국내사업장과 ｢법인세법｣ 제94조 제1항 및 제2항에 따른 외국법인의 국내사업장의 국내원천소득금액을 계산할 때 필요경비 또는 손금으로 계상되는 소득
2)국외에 있는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득 중 제156조의7에 따라 소득세가 원천징수되는 파견근로자의 소득

○소득세법 제137조【근로소득세액의 연말정산】

①원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세를 원천징수한다.

○소득세법 제137조의2【2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람에 대한 근로소득세액의 연말정산】

  ①2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람(일용근로자는 제외한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 근무지와 종된 근무지를 정하고 종된 근무지의 원천징수의무자로부터 제143조 제2항에 따른 근로소득 원천징수영수증을 발급받아 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하는 경우 주된 근무지의 원천징수의무자는 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 더한 금액에 대하여 제137조에 따라 소득세를 원천징수한다.

  ②제1항에 따라 근로소득 원천징수영수증을 발급하는 종된 근무지의 원천징수의무자는 해당 근무지에서 지급하는 해당 과세기간의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 계산한 종합소득산출세액에서 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액을 공제한 금액을 원천징수한다.

○소득세법 제143조【근로소득에 대한 원천징수영수증의 발급】

  ①근로소득을 지급하는 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월 말일까지 그 근로소득의 금액과 그 밖에 필요한 사항을 적은 기획재정부령으로 정하는 원천징수영수증을 근로소득자에게 발급하여야 한다. 다만, 해당 과세기간 중도에 퇴직한 사람에게는 퇴직한 날이 속하는 달의 근로소득의 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 발급하여야 하며, 일용근로자에 대하여는 근로소득의 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 발급하여야 한다.

  ②제1항에도 불구하고 2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람(일용근로자는 제외한다)이 제137조의2에 따른 연말정산을 적용받기 위하여 제1항에 따른 원천징수영수증의 발급을 종된 근무지의 원천징수의무자에게 요청한 경우 그 종된 근무지의 원천징수의무자는 이를 지체 없이 발급하여야 한다.

4.관련예규

 ○서면인터넷방문상담2팀-142(2005.1.20.)

   2인 이상으로부터 근로소득을 받는 자는 소득세법 제142조 및 같은 법 시행령 제199조의 규정에 따라「근무지(변동) 신고서」를 제출하여야 하고, 종된 근무지 원천징수 의무자는 소득세법 제137조 제3항에 따라 소득세를 원천징수하는 때에는 종된 근무지에서 지급하는 당해 연도의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 계산한 종합소득 산출세액에서 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수하는 것이며, 주된 근무지의 원천징수의무자는 소득세법 제137조 제1항 및 같은 법 시행령 제199조 제4항에 따라 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 합계한 금액에 대하여 연말정산을 하는 것입니다.

   따라서「근무지(변동) 신고서」를 제출한 외국인근로자가 조세특례제한법 제18조의 2 제2항의 규정을 적용 받고자 하는 때에는 같은 법 시행령 제16조의 2에 의하여 주된 근무지의 원천징수의무자에게「외국인근로자단일 세율적용신청서」를 제출하는 것입니다.

출처 : 국세청 2024. 02. 05. 서면-2023-원천-3550 | 국세법령정보시스템