지방공사 위탁사업 보조금 부가가치세 과세 및 공급시기

요지

위‧수탁계약에 따라 공사가 위탁기관으로부터 유형자산 취득비를 선지급받아 설비공사를 완료하고 다음연도에 정산이 확정되는 경우 공급시기는 용역의 제공이 완료되고 그 대가가 확정되는 때임

답변내용

 ⁠「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사(이하 ⁠“공사”)가 지방자치단체(이하 ⁠“위탁기관”)와 서울지하철 7호선 연장구간 운영추가협약에 따라 공기질 개선장치 설치공사 및 유형자산의 취득비를 선지급 받아 집행하는 용역의 위탁계약을 체결하고 위탁기관을 대신하여 해당 업무를 수행하는 경우 ⁠「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급에 해당하는 것으로서 공사가 해당 용역을 제공하고 받는 보조금 등의 대가는 부가가치세가 과세되는 것이며,
공사가 위탁계약에 따라 위탁기관으로부터 유형자산 취득비를 선지급 받아 설비공사를 완료하고 다음연도에 정산이 확정되는 경우 용역의 공급시기는 같은 법 시행령 제29조제2항에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때가 되는 것입니다.
다만, 공사가 같은 법 제16조에 따른 용역의 공급시기가 되기 전에 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 같은 법 제32조에 따른 세금계산서를 발급하면 같은 법 제17조제1항에 따라 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 용역의 공급시기로 보는 것입니다.

 질의요지

 ○ ⁠(질의1) 공사가 지방자치단체등 위탁기관으로부터 특정사업을 위탁받아 수행하고 보조금을 수령하는 경우 부가가치세 과세대상 여부

 ○(질의2) 공사가 서울지하철7호선 연장구간 운영을 위해 위탁기관으로부터 유형자산 취득비를 선지급 받아 집행하는 경우 부가가치세 과세대상 여부 및 공급시기, 세금계산서 선발급 여부 등

 사실관계

  ○서울**공사(이하 ⁠“공사”)는 ’12년 9월부터 서울지하철○호선 부천인천 연장구간(까치울～부평구청, 9개역)을 부천시, 인천시(인천**공사를 출자설립)(이하 ⁠“위탁기관”)로부터 수탁받아 운영하고 있으며

  - ’12년 협약체결 후 ’21사업연도까지는 공사에서 연장구간 운영을 위한 모든 분야(역무, 기술, 차량, 관제)를 운영하다가

  - 지난 ’21.3.29. ｢도시철도 ○호선 연장구간 운영권 조정을 위한 추가협약서｣를 체결하여 ’22.1.1.부터는 공사가 차량, 관제분야에 대해서만 기존 운영협약서의 운영조건으로 수탁운영하고 있음

 ○(질의➊ 관련)공사는 국가 및 서울시 등의 정책에 따라 전동차 공기질 개선장치 설치사업(이하 ⁠“쟁점①사업”) 추진 일환으로 ’22사업연도에 위탁기관으로부터 국‧시비를 지원받아

  - 공사의 명의로 공기질 개선장치 설치공사를 발주하여 시공업체와 계약을 체결하여 특정사업을 추진하고 대금을 지급하며,

  - 설치공사 완료 후 해당 자산을 위탁기관의 자산으로 계상하면서 집행 잔액은 위탁기관과 정산(반납) 예정임

 ○다만, 협약서상 위수탁사업의 경우 사업비의 3.5%(일반관리비 2%, 운영수수료 1.5%)에 해당하는 금액을 위탁기관으로부터 수취하고 있으나

  - 본건 특정사업은 운영수수료 등을 수취하지 않으며 별도의 국‧시비 등 보조금을 지원받아 추진하고 있음

 ○(질의➋ 관련)쟁점①사업 이외에 ○호선 연장구간 운영을 위해 위탁기관으로부터 유형자산 취득비*를 분기별로 선지급받아 공사에서 사업을 수행(이하 ⁠“쟁점②사업”, 쟁점①‧②사업을 합쳐 ⁠“쟁점사업들”)하고,

    * 연장구간에 투입·사용되는 구축물, 기계장치, 전동차량, 각종 설비·비품 등의 취득 및 취득부대비용과 자본적 지출을 의미

  - 다음연도 4월말까지 정산 집행 후 집행 잔액을 위탁기관과 정산하면서, 취득한 유형자산 등은 위탁기관의 자산으로 계상함

   ☞ 쟁점②사업의 경우에도 쟁점①사업과 동일하게 위탁기관으로부터 보조금을 수취하여 집행하고 있음

 관련법령

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제15조 【재화의 공급시기】

 ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

  2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

  3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

○ 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】

 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때

  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제17조 【재화 및 용역의 공급시기의 특례】

 ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

  20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. ⁠(단서 생략)

 ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

  4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호. ⁠(단서생략)

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

○ 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

 ② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

○ 부가가치세법 시행령 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

 ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "보조금"이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(「국가재정법」 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

○ 국고보조금 통합관리지침 제26조【보조사업 실적보고 및 집행잔액 반납】

 ① 중앙관서의 장은 보조사업이 완료되었을 때, 폐지의 승인을 한 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 ⁠「보조금법」제27조와 「보조금법 시행령」제12조에 따라 보조사업자 등으로부터 정산보고서 등이 포함된 실적보고서를 제출 받아야 하며 집행잔액과 보조금으로 발생한 이자, 보조사업의 수익금(교부목적에 위배되지 않는 범위 내에서 보조금으로 인해 발생한 수익금을 반환하도록 교부조건에 명시한 경우에 한한다)을 반납 받아야 한다.

○ 지방공기업법 제49조 【설립】

 ① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하 "공사"라 한다)를 설립할 수 있다. 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 도지사 및 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)는 행정안전부장관과, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 관할 특별시장ㆍ광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다.

 ② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.

 ③ 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민복리 및 지역경제에 미치는 효과, 사업성 등 지방공기업으로서의 타당성을 미리 검토하고 그 결과를 공개하여야 한다.

○ 서울교통공사 설립 및 운영에 관한 조례 제1조 【목적】
[서울특별시조례 제8017호, 2021.5.20., 일부개정]

  이 조례는 안전하고 신속한 대중교통 수단을 제공함으로써 시민의 복리증진에 기여하기 위하여 ⁠「지방공기업법」제49조에 따라 서울교통공사를 설립하고 이의 관리 및 운영에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

○ 서울교통공사 설립 및 운영에 관한 조례 제20조 【대행사업 및 경비부담】[서울특별시조례 제8017호, 2021.5.20., 일부개정]

 ① 공사는 국가, 지방자치단체 및 그 밖의 위탁사업을 시장의 승인을 받아 대행할 수 있으며, 이 경우 상호 위ㆍ수탁계약에 따른다.

 ② 공사는 제1항에 따른 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 시장의 승인을 받아 그 사업의 일부를 제3자에게 시행하게 할 수 있다.

 ③ 제1항 및 제2항에 따른 비용의 부담에 관하여는 영 제63조에 따르고 그 이외의 필요한 사항은 위탁자와 수탁자가 상호 협의하여 정하되 시장의 승인을 받아야 한다.

출처 : 국세청 2022. 12. 15. 사전-2022-법규부가-0556[법규과-3601] | 국세법령정보시스템