요지
「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조 제1항에 따른 1세대1주택 비과세를 적용할 때 「조세특례제한법」 제98조의3 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것임
회신
「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조 제1항에 따른 1세대1주택 비과세를 적용할 때 「조세특례제한법」 제98조의3 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.
1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- ’03.2.11 갑, 경기도 의왕시 내손동 소재 아파트 취득
- ’10.2.11 갑, 인천 중구 하늘도시 소재 미분양아파트 선착순 계약
(전용면적 : 84㎡, 조특령 제98조의3에 해당하는 미분양주택 확인)
- ’12.8.29 미분양아파트 사용승인
- ’12.11.9 등기접수
○ 질의내용
미분양아파트 보유하고 다른 주택 양도할 경우 1세대1주택 비과세 여부
2. 관련법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 제98조의3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】
① 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(「소득세법」 제104조의2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간
2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간
② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.
1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택
2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택
③ 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
④ 제1항 및 제2항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제2항 및 제104조제1항제3호의 규정에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.
1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표1(같은 조 제2항 단서에 해당하는 경우에는 표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액
2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율
⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 조세특례제한법시행령 제98조의3 【미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】
① 법 제98조의3제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다. 다만, 수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 연면적이 149제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 149제곱미터) 이내인 주택에 한정한다.
1. 「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2009년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2009년 2월 12일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택
2. 「주택법」 제16조에 따른 사업계획승인(「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과 「주택법」 제38조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(2009년 2월 12일 이후 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 도래하는 주택에 한정한다)
3. 주택건설사업자(20호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택을 포함한다)
4. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 "주택도시보증공사"라 한다)가 같은 법 시행령 제22조제1항제1호가목에 따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택
5. 주택의 시공자가 해당 주택의 공사대금으로 받은 주택으로서 해당 시공자가 공급하는 주택
6. 「법인세법 시행령」 제92조의2제2항제1호의5에 따른 기업구조조정부동산투자회사등이 취득한 주택으로서 해당 기업구조조정부동산투자회사등이 공급하는 주택
7. 주택 외의 시설과 주택을 동일건축물로 건설·공급하는 건축주가 2004년 3월 30일 전에 「건축법」 제11조에 따라 건축허가를 신청하여 건설한 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택에 한정한다)으로서 해당 건축주가 공급하는 주택
8.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자가 「법인세법 시행령」 제92조의2제2항제1호의7에 따라 취득한 주택으로서 해당 신탁업자가 공급하는 주택
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 주택은 제외한다.
1. 매매계약일 현재 입주한 사실이 있는 주택
2. 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간(이하 이 조에서 "미분양주택 취득기간"이라 한다) 중에 사업주체(제1항제3호에 따른 주택건설사업자, 같은 항 제4호에 따른 주택도시보증공사, 같은 항 제5호에 따른 시공자, 같은 항 제6호에 따른 기업구조조정부동산투자회사등, 같은 항 제7호에 따른 건축주 및 같은 항 제8호에 따른 신탁업자를 포함한다. 이하 제3호, 제6항·제8항 및 제10항에서 같다)와 매매계약을 체결한 매매계약자가 해당 계약을 해제하고 매매계약자 또는 그 배우자(매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 매매계약을 체결하였던 주택을 다시 매매계약하여 취득한 주택
3. 미분양주택 취득기간 중에 해당 사업주체로부터 당초 매매계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 매매계약하여 취득한 주택
③ 법 제98조의3제1항에서 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
④ 법 제98조의3제1항에서 수도권과밀억제권역에 해당하는지 여부는 매매계약일 현재를 기준으로 판단한다.
⑤ 법 제98조의3에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 시장·군수·구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법 제98조의3제2항의 주택에 대하여는 시장·군수·구청장에게 제출한 건축착공신고서 사본과 사용검사 또는 사용승인(임시사용승인을 포함한다) 사실을 확인할 수 있는 서류를 제출하여야 한다.
⑥ 사업주체는 기획재정부령으로 정하는 미분양주택 현황(2009년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니한 것에 한정한다)을 2009년 4월 30일까지 시장·군수·구청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제1항제2호·제3호(2009년 2월 12일 이후 공급하는 것에 한정한다)·제4호·제5호(2009년 2월 12일 이후 대물변제 받은 것에 한정한다)·제6호 및 제8호에 해당하는 미분양주택 현황의 경우에는 사업주체와 최초로 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 체결한 날이 속하는 달의 말일부터 1개월 이내에 제출하여야 한다.
⑦ 시장·군수·구청장은 제6항에 따라 제출받은 미분양주택 현황을 관리하여야 하며, 그 현황을 제출일이 속하는 분기의 말일부터 1개월 이내에 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑧ 사업주체는 제1항에 따른 미분양주택의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장·군수·구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 미분양주택확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.
⑨ 제8항에 따라 매매계약서에 미분양주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장·군수·구청장은 제7항에 따른 미분양주택 현황 및 사업계획승인신청서류 등에 따라 미분양주택임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 미분양주택확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.
⑩ 시장·군수·구청장과 사업주체는 각각 기획재정부령으로 정하는 미분양주택확인대장을 2010년 4월 30일까지 정보처리장치·전산테이프 또는 디스켓·디스크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 "전자매체"라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑪ 제10항에 따른 전자매체 자료를 제출받은 주택 소재지 관할세무서장은 해당 자료를 기록·보관하여야 한다.
⑫ 미분양주택 확인 절차 등 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
○ 서면-2015-부동산-0066(2015.03.26)
「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조 제1항에 따른 1세대1주택 비과세를 적용할 때 「조세특례제한법」 제98조의3 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.
○ 부동산거래관리과-154, 2011.02.18.
「소득세법」 제89조제1항제3호에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용할 때 「조세특례제한법」 제98조의3제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.
○ 부동산거래관리과-80, 2013.02.15
「조세특례제한법」제98조의3 및 같은 법 시행령 제98조의3의 규정을 적용함에 있어 해당 사업주체가 미분양주택 확인 날인을 받지 못한 경우〔미분양주택취득기간(거주자의 경우 2009.2.12.~ 2010.2.11. 비거주자인 경우 2009.3.16.〜 2010.2.11.) 경과 후에 미분양주택 확인 날인을 받는 경우 포함〕 또는 미분양주택현황을 제출하지 않은 경우에도 미분양주택취득기간 중에 해당 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 확인되는 경우에는 같은 조에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는 것입니다.
○ 부동산거래관리과-0536, 2011.06.30.
조세특례제한법 제98조의 5 및 같은 법 시행령 제98조의 4의 규정을 적용함에 있어 사업주체 등이 미분양주택 확인 날인을 받지 못한 경우(미분양주택취득기간(2010.5.14.~2011.4.30.) 경과 후에 미분양주택 확인 날인을 받는 경우 포함) 또는 미분양주택현황을 제출하지 않은 경우에도 2010.2.11. 현재 미분양주택임이 확인되고, 미분양주택취득기간 중에 사업주체 등과 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 확인되는 경우 같은 조에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는 것입니다(같은 뜻 : 부동산거래관리과-195,2011.03.07, 부동산거래관리과-295,2010.02.24; 재산세과-1629, 2009.08.07.).
○ 부동산거래관리과-295, 2010.02.24.
「조세특례제한법」 제98조의3에 따른 미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 사업주체는 같은 법 시행령제98조의3제1항에 따른 미분양주택의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장・군수・구청장으로부터 미분양주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 하는 것입니다. 이와 관련하여 2010.2.12. 이후에 미분양주택임을 확인하는 날인을 받은 경우에도 과세특례가 적용되는 것이나, 거주자가 2009.2.12(비거주자는 2009.3.16)부터 2010.2.11.까지의 기간 중에 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였는지는 사실판단할 사항입니다
출처 :
국세청 2016. 06. 14. 서면-2016-부동산-3620[부동산납세과-871] | 국세법령정보시스템
