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중소기업 유예기간 적용 요건에 관한 기재부 유권해석

조세특례제도과-360[기획재정부 조세특례제도과-360]  ·  2021. 05. 07.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 중소기업이 실질적 독립성 요건 미충족 등으로 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에도 중소기업 유예기간을 적용할 수 있는지요?

S요약

중소기업이 규모 확대 등으로 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 않게 된 경우, 2015.1.1. 이후 최초 발생 시에는 유예기간을 적용할 수 있음. 이 기준은 중소기업기본법 시행령 관련 실질적 독립성 요건 미충족 상황에 한정하여 적용되는 것으로 보입니다.
#중소기업 유예기간 #실질적 독립성 #조세특례제한법 시행령 #관계기업 #평균매출액 기준 #주식 소유
핵심 정리

R회신 내용 조세특례제도과-360[기획재정부 조세특례제도과-360]  ·  2021. 05. 07.

  • 기획재정부 조세특례제도과-360(2021-05-07) 회신에 따르면, 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호다목(실질적 독립성 요건) 충족 불가로 인해 중소기업에서 제외된 경우 유예기간 적용이 가능하다고 회신하였습니다.
  • 유예기간의 적용은 ‘2015.1.1. 이후 최초로 발생’한 중소기업 요건 미충족 시에 한정되어 있으며, 이 경우 최초 해당 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업 지위를 유지할 수 있는 것으로 판단된다고 보았습니다.
  • 해당 판단 근거는 조세특례제한법 시행령 제2조 및 부칙에서 정한 절차와 요건에 기반하고 있습니다.
  • 관계기업제도에 따른 중소기업 해당 여부, 평균매출액 등 기준 변화로 다시 중소기업에 해당하다가 재차 중견기업이 된 경우에도 2015년 1월 1일 이후 최초로 규정미충족이 발생했다면 유예기간을 적용할 수 있음을 명시적으로 밝혔습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항: 중소기업이 규모 확대 등 사유로 요건을 갖추지 못하게 된 경우 최초 발생 연도 포함 3개 과세연도까지는 중소기업으로 간주(유예기간 허용), 일부 예외 조항 존재
  • 조세특례제한법 시행령 부칙 제4조: 제2조 제2항의 개정 규정은 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우부터 유예기간 적용
  • 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호다목: 실질적 독립성 요건 규정. 관계기업 소속으로 평균매출액 기준 미달 시 중소기업에서 제외
사례 Q&A
1. 2015년 이후 중소기업 실질적 독립성 요건 위반 시 유예기간 인정 여부는?
답변
2015.1.1. 이후 실질적 독립성 요건 미충족으로 중소기업에서 제외된 경우 유예기간 적용이 가능합니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 및 해당 유권해석 회신이 2015년 1월 1일 이후 최초 발생 시 유예기간 허용을 명확히 함.
2. 중소기업 규모 기준 상향 후 다시 중소기업이 되었다가 중견기업 전환 시 유예기간 인정되나요?
답변
2015년 1월 1일 이후 중소기업 미해당 사유가 최초 발생했다면 유예기간 적용이 가능합니다.
근거
조세특례제한법 시행령 부칙 제4조기획재정부 유권해석에서 최초 요건 미충족 시점 기준으로 유예기간을 판단한다고 설명합니다.
3. 실질적 독립성 요건 미충족으로 인한 중소기업 유예기간 적용 사례는?
답변
관계기업 매출합산 등으로 실질적 독립성 기준 미달유예기간 인정 사례가 존재합니다.
근거
기획재정부 조세특례제도과-360 회신은 관계기업제도 도입과 시행령 기준 변동에 따라 유예기간 적용 사례를 구체적으로 제시합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

2015.1.1. 이후 최초로 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목(실질적인 독립성)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 유예기간을 적용할 수 있음

회신

귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 끝.

1. 질의내용

 ○중소기업이었던 법인이 2012.1.1.이후 관계기업제도 시행에 따라 중견기업이 된 후 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 주된 업종별 평균매출액 등의 중소기업 규모 기준이 개정(2015.6.30.)되어 다시 중소기업이 되었으나, 평균매출액이 증가함에 따라 다시 중견기업이 된 경우 중소기업 유예기간을 적용할 수 있는지 여부

  -(1안) 유예기간을 적용할 수 없음

  -(2안) 유예기간을 적용할 수 있음

2. 사실관계

 ○A법인은 OO업을 영위하는 법인으로 B법인이 2007년부터 현재까지 A법인의 주식을 60% 이상 보유하면서 실질적 영향력을 행사하고 있음

 ○A법인은 2012.1.1. 관계기업제도 시행에 따라 A법인과 B법인의 매출을 합산함으로 인해 중소기업에 해당하지 않게 되었으며,

  -「조세특례제한법 시행령」(2015.02.03, 26070호로 개정되기 전의 것)제2조제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용하지 않았음

「중소기업기본법 시행령」 별표1에 따른 주된 업종별 평균매출액 등의 중소기업 규모 기준이 2015.6.30. 개정되면서

  -A법인의 평균매출액 규모기준이 종전 000억원에서 000억원으로 증가함에 따라 A법인은 2015∼2016 사업연도에 중소기업에 해당하게 되었으나,

  -2017 사업연도에는 관계기업 합산 매출이 평균매출액 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었음

   

2011이전

2012~2014

2015~2016

2017이후

중소기업

중소기업X

중소기업

중소기업X

 ○이후 A법인은 「조세특례제한법 시행령」(2015.2.3. 대통령령 26070호로 개정된 것) 제2조제2항에 따라 A법인이 중소기업 유예대상에 해당한다고 주장하며,

  -2017∼2018 사업연도에 대해 중소기업으로 세액을 경정하여 달라는 청구를 접수함

3. 관련법령 및 관련사례

조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】(2015.2.3. 대통령령26070호로 개정되기 전의 것)

 ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업 ⁠(~중간생략) 도서관・사적지 및 유사 여가 관련 서비스업(독서실 운영업은 제외한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1.상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3.실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

 ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

  4.창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】(2015.2.3. 대통령령26070호로 개정된 것)

 ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업 ⁠(~중간생략) 「신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법」에 따른 신·재생에너지 발전사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1.매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3.실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

 ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3.제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

  4.창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

조세특례제한법 시행령 부칙

제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제2조제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다.

중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

 ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

   가.해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

   나.자산총액이 5천억원 미만일 것

  2.소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

   가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사

   나.자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

    1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

    2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

   다.관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

출처 : 기획재정부 2021. 05. 07. 조세특례제도과-360[기획재정부 조세특례제도과-360] | 국세법령정보시스템