장기임대주택·감면대상 주택 보유 1세대의 1세대1주택 비과세 적용

요지

장기임대주택과 조특법 제99조의2제1항에 해당하는 감면대상 주택을 소유한 1세대가 ⁠「소득세법 시행령」제155조제19항 및 같은 항 각 호의 요건을 충족한 거주주택을 양도할 때에는 국내에 1개의 주택을 소유한 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것임

회신

1. 귀 질의 1의 경우, ⁠「소득세법 시행령」제155조제19항에 따른 장기임대주택(이하 ⁠“장기임대주택”)과 ⁠「조세특례제한법」제99조의2제1항에 해당하는 감면대상 주택을 소유한 1세대가 ⁠「소득세법 시행령」제155조제19항 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하“거주주택”)을 양도할 때에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다.
2. 귀 질의 2의 경우, ⁠「조세특례제한법」제99조의2제1항에 해당하는 감면대상 주택을 취득하고 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100%를 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제하는 것입니다. 이 경우, 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 납부하는 것입니다.
3. 귀 질의 3, 4의 경우, 장기임대주택을 보유한 기간 중 양도한 다른 거주주택(직전거주주택)이 있는 거주주택인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 ⁠「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것입니다.
4. 한편, 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 거주주택을 양도할 때 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 ⁠「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것이나, 그 후에 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 ⁠「소득세법 시행령」제155조제21항의 규정에 따라 양도소득세를 신고・납부하여야 하는 것입니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

  ○ 사실관계

  * 임대주택은 세무서․구청 모두 등록

 ○ 질의내용

  1. A〜D를 모두 보유한 상태에서 B아파트 관리처분인가 후 C아파트를 먼저 양도할 때 비과세 여부

  2. C 아파트를 양도한 후, A아파트를 양도할 때 양도소득세 면제 여부

  3. C와 A아파트 양도한 후, B아파트를 양도할 때 양도소득세 면제여부

  4. A, B, C를 모두 양도한 후 D다가구 주택 양도할 때 양도세 면제 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. ~ 2. 생략

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

1. ~ 3. 생략

② ~ ⑨ 생략

⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있을 것

2. 해당 주택의 보유기간 중에 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택이 있었을 것

⑪ 생략

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

① ~ 생략

제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제19항을 적용한다.

1세대가 제20항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

1. 납부할 양도소득세 계산식 거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제19항을 적용받아 납부한 세액

2. 임대기간요건 산정특례

가. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다.

나. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다) 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다)의 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

~ 생략

○ 소득세법 시행령 제161조 【직전거주주택보유주택 등에 대한 양도소득금액 등의 계산】

① 제154조제10항에 따른 1세대 1주택 및 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택(이하 이 조에서 "직전거주주택보유주택등"이라 한다)의 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 직전거주주택보유주택등이 제156조제1항에 따른 고가주택인 경우 해당 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다.

1. 직전거주주택 양도일 이전 보유기간분 양도소득금액

2. 직전거주주택 양도일 이후 보유기간분 양도소득금액

③ 제1항 및 제2항에 따라 계산한 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액이 법 제95조제1항에 따른 양도소득금액을 초과하는 경우에는 각각 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

④ 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조 제2항 표1을 적용하고, 제2항제2호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조제2항 표2를 적용한다.

○ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 생략

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① ~ ② 생략

③ 법 제99조의2제1항 전단에서 "1세대 1주택자의 주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 "감면대상기존주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 "1세대"라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은 ⁠「주택법」에 따른 주택을 말하며, ⁠「주택법」에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 "1주택"이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택

2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 매매계약을 체결하고 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다.

④ 생략

⑤ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 감면대상기존주택은 제외한다.

1. 감면대상기존주택 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액이 6억원을 초과하고 연면적(공동주택 및 오피스텔의 경우에는 전용면적을 말한다)이 85제곱미터를 초과하는 감면대상기존주택. 이 경우 양수자가 부담하는 취득세 및 그 밖의 부대비용은 포함하지 아니한다.

2. 2013년 3월 31일 이전에 체결한 매매계약을 과세특례 취득기간 중에 해제한 매매계약자 또는 그 배우자[매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 포함한다]가 과세특례 취득기간 중에 계약을 체결하여 취득한 원래 매매계약을 체결하였던 감면대상기존주택

3. 생략

⑥ 법 제99조의2제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 구분에 따른 자를 말한다.

1. 생략

2. 제3항에 해당하는 주택: 감면대상기존주택 양도자

⑦ 법 제99조의2제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

⑧ 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항 또는 제12항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑨ ~ ⑪ 생략

⑫ 감면대상기존주택 양도자는 2014년 3월 31일까지 2부의 매매계약서에 시장·군수·구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.

(이하 이 조 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액 또는 「법인세법」 제55조의2제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

○ 농어촌특별세법 제5조(과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면-2015-부동산-22360 , 2015.03.26

〔 회 신 〕

1. ⁠「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때「조세특례제한법」제99조의 2제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.

2. 귀 질의의 경우,「조세특례제한법」제99조의 2제1항에 해당하는 C주택과 「소득세법 시행령」제167조의 3제1항제2호에 따른 B주택(이하 ⁠“장기임대주택”이라 함), 같은 령 제155조제19항 각 호의 요건을 모두 충족한 A거주주택(이하 ⁠“거주주택”이라 함)을 소유한 1세대 3주택자가 A거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다.

3. 한편, 장기임대주택의 임대기간 요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 위2.를 적용하는 것이나, 그 후에 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 「소득세법 시행령」제155조제21항의 규정에 따라 양도소득세를 신고・납부하여야 하는 것입니다

○ 서면-2015-부동산-2342 ⁠[부동산납세과-2104] , 2015.12.22

〔 회 신 〕

1. 귀 질의 1의 경우, 우리 청의 기존해석사례(상속증여세과-4, 2013.03.27)를 참고하시기 바랍니다.

2. 1세대가 양도하는 1개의 주택이 ⁠「임대주택법」제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고, 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(이하 ⁠“직전거주주택”이라 함)이 있었을 경우에는 직전거주주택 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것이며, 이때 양도소득금액의 계산은 같은 법 시행령 제161조를 따르는 것입니다.

○ 서면-2015-법령해석재산-2017 ⁠[법령해석과-3266] , 2015.12.07

〔 회 신 〕

「조세특례제한법」제99조의2 제1항에 따른 1세대1주택자의 주택을 양도하는 경우로서 해당 주택이 ⁠「소득세법」제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제156조에 따른 1세대1주택이면서 고가주택에 해당하는 경우에는 같은 법 제95조 제3항 및 같은 법 시행령 제160조를 적용한 후 ⁠「조세특례제한법」제99조의2 규정을 적용하는 것입니다.

이 경우 ⁠「농어촌특별세법」제3조 및 제5조에 따라 해당 감면세액에 100분의20을 곱하여 계산한 금액을 농어촌특별세로 납부하는 것입니다.

출처 : 국세청 2016. 03. 25. 서면-2015-부동산-2422[부동산납세과-402] | 국세법령정보시스템