법인전환 이월과세·공장이전 과세특례 적용 기준

요지

법인전환 이월과세를 적용받은 거주자가 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우 과소신고가산세를 적용하는 것이고, 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례를 적용할 수 있는지 여부는 직전 공장의 사업영위 기간만으로 판단하는 것임

회신

1.「조세특례제한법」제32조 제1항 및 같은 법 시행령 제29조 제4항에 따라 이월과세적용신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하여 이월과세를 적용받은 거주자가 양도소득세 신고서 상 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고한 납부세액에 대해「국세기본법」제47조의3에 따른 과소신고가산세를 적용하는 것이며, 같은 법 제47조의4에 따른 납부불성실가산세는 적용하지 않는 것입니다.
2. ⁠「조세특례제한법」85조의 8 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례를 적용할 수 있는지 여부는 직전 공장의 사업영위 기간만으로 판단하는 것입니다.

※ 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

 - 1988.01.05. 신청인(갑)은 인천 남동구 논현동 000-0번지에서 전자부품 제조업을 개업

 - 2000.10.10. 갑은 경기도 김포시 대곶면 거물대리 000-0번지 토지․건물을 매입함

 - 2011.02.01. 갑은 인천 남동구 논현동 000-0번지 토지․건물을 매입함

 - 2012.04.30. 갑은 보유하고 있던 위 2개의 사업용 고정자산을 ⁠(주)□□□에 현물출자 하는 방법으로 법인전환

 - 2012.07. 갑은「조세특례제한법」32조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받기 위해 관할 세무서장에게 이월과세적용 신청서를 제출

 - 2015.11.09. ⁠(주)□□□은 사업장 이전을 위해 당초 현물출자받은 사업용 고정자산을 모두 양도하여 당초 이월과세한 양도소득세 납부사유 발생

 - 당초 제출한 양도소득세 신고서 상 현물출자한 부동산의 취득가액에 취득세가 중복으로 과다계상되어 있어서 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세 신청액보다 실제 납부할 세액이 늘어남

 - 당초 신고한 내역과 수정 후 금액은 아래와 같음

(단위 : 천원)

○ 질의내용

  1) 법인전환에 따른 현물출자로 양도소득세 이월과세를 신청하였으나 2015년에 사업용 고정자산을 양도함에 따라 양도소득세를 납부해야 하는데, 착오로 당초 양도소득세 신고시 과소신고하여 납부할 양도소득세가 추가로 더 납부해야 될 경우 가산세 적용 대상인지, 대상이라면 어떤 가산세인지 질의

  2) 법인전환 후 5년 이내에 사업장을 인천 남동공단에서 인천 학익동으로 이전할 경우 ⁠「조특법」85조의 8 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례가 적용되는지 질의

2. 관련법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ ⁠「국세기본법」제47조의 3【과소신고․초과환급신고 가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, ⁠「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항ㆍ제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

(이하 이 조 생략)

○ ⁠「국세기본법」제47조의 4【납부불성실․환급불성실 가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

(이하 이 조 생략)

○ 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도・양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립되는 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다.

1. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우

2. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자 하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 삭제

② 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도・양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.

 1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)

 2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, ⁠「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

 3. 그 밖에 오락・유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

 ④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

 ⑥ 법 제32조제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다.

 1. 법 제32조제5항제1호의 경우 : 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액

 2. 법 제32조제5항제2호의 경우 : 해당 법인의 유상감자액이 법인전환 당시 자본금에서 차지하는 비율을 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액에 곱한 금액

○ 「조세특례제한법」제85조의 8【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

① 10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역으로 공장을 이전하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2017년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도가 끝나는 날 이후 2년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 2개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한이 끝나는 날 이후 2년이 되는 날부터 2년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

  (이하 이 조 생략)

○ 「조세특례제한법 시행령」제79조의 9【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

① 법 제85조의 8 제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 지역”이란 수도권과밀억제권역(「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다)을 말한다. ⁠(2009. 2. 4. 신설)

② 생략

③ 법 제85조의 8 제1항 제2호 전단에서 ⁠“대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세”란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 양도소득세를 말한다. ⁠(2009. 2. 4. 신설)

1. 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 양도차익 ⁠(2009. 2. 4. 신설)

2. 기존공장 양도가액 중 신규 공장 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다) ⁠(2009. 2. 4. 신설)

  (이하 이 조 생략)

나. 유사사례(법원, 심판, 심사, 예규)

○ 기준-2015-법령해석재산-0059(2015.04.30)

「조세특례제한법」제32조 제1항 및 같은 법 시행령 제29조 제4항에 따라 이월과세적용신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하여 이월과세를 적용받은 거주자가 사업용고정자산의 취득가액을 과다신고하여 납세지관할세무서장이「소득세법」제114조에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 경정하여 양도소득세를 추가 과세한 경우 경정결정한 양도소득 산출세액 상당액은 ⁠「조세특례제한법」제32조 제1항에 따라 이월과세를 적용받을 수 있는 것입니다.

이 경우 양도소득 과세표준 과소신고분에 대해서는 ⁠「국세기본법」제47조의3에 따른 과소신고가산세를 해당 거주자에게 부과하는 것이며, 같은 법 제47조의4에 따른 납부불성실가산세는 적용하지 않는 것입니다.

○ 서면법규과-641(2014.06.25)

공단 내에서 공장을 이전하여 사업을 영위한 중소기업이 수도권과밀억제권역(산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지 제외) 외의 지역으로 이전함에 따라 조세특례제한법 제85조의8의 공장이전에 따른 양도차익에 대한 과세특례를 적용함에 있어서 10년 이상 계속하여 사업을 한 중소기업에 해당되는지 여부는 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 이전하기 직전의 공장에서 사업을 영위한 기간만으로 판단하는 것임

출처 : 국세청 2016. 02. 19. 서면-2015-부동산-2580[부동산납세과-136] | 국세법령정보시스템