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피합병법인의 결손금과 합병·분할의 손금 산입 특례

법인세제과-323[기획재정부법인세제과-323]  ·  2016. 04. 05.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 합병 등기일 현재 결손금이 있는 피합병법인과 내국법인이 요건을 갖추어 합병한 경우, 과세특례를 적용한 후 손금 산입 및 이월결손금 처리 방법은 어떻게 되는지?

S요약

합병 등기일 현재 결손금이 있는 피합병법인과 내국법인이 정해진 요건을 갖추어 합병할 때, 과세특례 적용 이후 제3항 제1호 사유가 발생하면 합병법인은 합병매수차손을 손금에 산입할 수 있으며, 특정 사유 발생 시 5년간 분할손금 산입이 가능합니다. 당초 비적격합병시 피합병법인 자산양도차익은 이월결손금으로 공제하나, 남은 이월결손금은 소멸됩니다.
#합병 #피합병법인 #결손금 #이월결손금 #손금산입 #합병매수차손
핵심 정리

R회신 내용 법인세제과-323[기획재정부법인세제과-323]  ·  2016. 04. 05.

  • 회신 주체: 기획재정부 법인세제과 / 출처: 법인세제과-323(2016-04-05)
  • 합병등기일 현재 결손금이 존재하는 피합병법인과 내국법인이 합병요건을 갖추어 합병할 경우, 법인세법 제44조의3에 따른 과세특례를 적용할 수 있습니다.
  • 과세특례 적용 이후 제3항 제1호 사유가 발생하면, 합병법인은 해당 사유가 발생한 사업연도에 합병매수차손을 손금에 산입하고 이 금액을 익금에 산입하여야 합니다.
  • 단, 시행령 제80조의3 제2항에 해당하는 경우에 제한하여, 합병등기일부터 5년 이내 분할하여 손금 산입이 가능합니다.
  • 합병 당시 비적격합병에 해당하는 경우 피합병법인의 자산양도차익은 합병 당시 존재한 이월결손금과 공제하며, 공제 후 남는 이월결손금은 소멸됩니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제13조 제1호: 결손금의 정의와 범위 규정
  • 법인세법 제44조 제2항: 합병의 요건 및 특례 규정
  • 법인세법 제44조의3 제1항~제3항: 합병 시 과세특례 및 손금·이월결손금 처리
  • 법인세법 시행령 제80조의3 제2항: 손금으로 분할 산입 요건 및 방식
  • 법인세법 시행령 제80조의4 제5항 제2호: 합병 시 손금 산입과 분할 산입 규정
사례 Q&A
1. 합병 후 피합병법인의 이월결손금은 어떻게 처리되나요?
답변
합병 당시 존재한 이월결손금은 자산양도차익과 공제 후 남은 금액은 소멸됩니다.
근거
법인세법 제44조의3 제3항 및 기획재정부 유권해석(2016-04-05)에서 공제 후 남은 이월결손금 소멸을 명시하고 있습니다.
2. 합병매수차손의 손금 산입은 어떤 요건이 있을 때 인정되나요?
답변
특정 사유가 발생한 사업연도에 한해 합병매수차손을 손금에 산입할 수 있습니다.
근거
법인세법 시행령 제80조의4 제5항 제2호 및 제44조의3 제3항은 특정 요건 하에서만 손금에 산입 가능함을 규정하고 있습니다.
3. 합병 시 손금산입 금액을 분할 처리할 수 있는 기준은 무엇인가요?
답변
시행령 제80조의3 제2항에 해당하는 경우에 한정하여 5년간 분할하여 손금산입이 가능합니다.
근거
기획재정부 유권해석 및 법인세법 시행령은 5년 분할 손금 산입의 요건을 분명히 제시하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

피합병법인의 자산에 계상된 압축기장충당금 등은 피합병법인으로부터 승계한 자산을 분할하여 분할신설법인을 설립하는 경우 분할신설법인에 승계되는 것임

회신

합병등기일 현재 「법인세법」 제13조 제1호에 따른 결손금이 존재하는 법인과 다른 내국법인이 같은 법 제44조 제2항 각호의 요건을 갖추어 합병함에 따라 같은 법 제44조의3 제1항 및 제2항에 해당하는 과세특례를 적용한 후 제3항 제1호의 사유에 해당하는 경우 합병법인은 같은 법 시행령 제80조의4 제5항 제2호를 적용함에 있어 같은 법 제44조의3 제3항 제1호의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 합병매수차손을 손금에 산입하고 동 금액을 익금에 산입하되, 같은 법 시행령 제80조의3 제2항에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 같은 법 시행령 제80조의4 제5항 제2호 가목 및 나목에 따라 분할하여 손금에 산입하는 것임 이 경우, 합병법인은 당초 비적격합병시 피합병법인의 자산양도차익을 합병 당시 존재하였던 피합병법인의 이월결손금과 공제하여 「법인세법」 제44조의3 제3항 제1호의 사유가 발생한 연도의 각 사업연도의 소득에 합산하여 법인세를 신고하여야 하고, 공제 후의 이월결손금은 소멸하는 것임

출처 : 기획재정부 2016. 04. 05. 법인세제과-323[기획재정부법인세제과-323] | 국세법령정보시스템