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가축분뇨공공처리시설을 운영하는 ‘갑’이 ‘을’에게 가축분뇨의 수집·운반에 관한 사항을, ‘병’에게 가축분뇨의 처리에 관한 사항을 각각 위탁한 경우로서 ‘을’이 ‘병’에게 처리비를 선지급한 후 ‘갑’으로부터 수집·운반 및 처리비 전액을 일괄 수령하는 경우 ‘을’은 ‘갑’에게 수집·운반비를 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급하는 것임
가축분뇨공공처리시설을 운영하는 ‘갑’이 ‘을’에게 가축분뇨의 수집․운반에 관한 사항을, ‘병’에게 가축분뇨의 처리에 관한 사항을 각각 위탁한 경우로서 ‘을’이 ‘병’에게 처리비를 선지급한 후 ‘갑’으로부터 수집․운반 및 처리비 전액을 일괄 수령하는 경우「부가가치세법」제32조에 따라 ‘을’은 ‘갑’에게 수집․운반비를 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급하는 것입니다.
1. 사실관계
○ 당사(‘을’)는 가축분뇨공공처리시설을 운영하는 회사(‘갑’)로부터 가축분뇨 처리 과정 중에 발생하는 슬러지 폐기물을 ‘갑’으로부터 위탁받아 수집 운반업을 하고 있음
- 당사는 ‘갑’으로부터 대금을 수령하기 전에 최종처리자(‘병’)에게 처리비를 지급하고 있음
-‘병’으로부터 폐기물 수집운반 및 처리비 전액을 ‘갑’이 ‘을’에게 지급해도 된다는 동의서를 받아 매달 ‘갑’으로부터 폐기물 수집운반 및 처리비 전액을 일괄 지급받음
2. 질의내용
○ 당사는 ‘병’에게 처리비를 선 지급할 때 매입세금계산서를 수취하고 있으며 ‘갑’으로부터 대금을 수령하면서 매출세금계산서를 교부하고 있는데 3자간 계약에 따라 당사는 세금계산서를 ‘갑’과 ‘병’에게 수수하는 것이 정당한지 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액
○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액
2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가
4. 제10조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
5. 제10조제3항에 따라 재화를 공급하는 것으로 보는 경우: 해당 재화의 취득가액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 가액
6. 외상거래, 할부거래 등 그 밖에 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액
○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】
① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
○ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는의료보건 용역의 범위】
법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.
12. 「폐기물관리법」 제25조에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역
출처 : 국세청 2016. 11. 27. 서면-2016-부가-5358[부가가치세과-2407] | 국세법령정보시스템