합병법인의 피합병법인 결손금 공제 한도 및 요건

요지

합병법인의 과세표준을 계산할 때,「법인세법」제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 승계사업과 승계 이외 사업의 각 사업연도 소득금액을 통산한 금액에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 한도로 공제하는 것임

회신

 ⁠(질의1ㆍ2ㆍ3과 관련) 내국법인이 다른 내국법인을 합병함에 있어 합병당사법인간에「법인세법시행령」제156조제2항에 따른 동일사업을 영위하지 아니하는 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 이월결손금을 승계함에 있어 각 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것이며,
합병법인의 합병등기일 현재「법인세법」제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(같은법제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 같은법시행령제81조제1항에서 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다.)의 범위에서는 공제하지 아니합니다.
또한, 같은법제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 것입니다.
 ⁠(질의4와 관련) 합병법인의 과세표준을 계산할 때,「법인세법」제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 승계사업과 승계 이외 사업의 각 사업연도 소득금액을 통산한 금액에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 한도로 공제하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○당사는 비상장법인으로 주택건설 및 분양공급업, 부동산 매매 및 임대업 등을 주된 사업으로 하고 있음

 ○A법인은 종합건설업체로서 국내외에서 건축, 토목, 터널, 주택 및 개발사업 등을 주요 영업으로 하는 동시에 부동산 매매 및 임대업 등을 영위하고 있음

  - 사업부문은 아파트, 연립주택 등 건축사업을 수행하는 건설부문, 지방자치단체 및 공공기관 등을 대상으로 하여 도로, 터널, 공단부지, 지하철 등 사회간접자본을 구축하는 토목부문,

  - 해외 정부 등을 대상으로 하수관로, 터널, 고속도로 등 공사를 영위하는 해외부문,

  - 시회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 국가를 대신하여 도로, 항만, 철도, 학교 등 시회기반시설을 건설 및 운영하는 민간투자부문으로 나누어져 있음

 ○A법인은 세무상 이월결손금을 보유하고 있으며, 향후 당사 또는 관계법인과 합병을 추진할 예정임

 ○ 피합병법인(예정) A법인은 종합건설업을 영위하고 있으며, 주된 이월결손금은 도급공사업(토목공사부문)에서 발생됨

2. 질의내용

 ○(질의1) 합병이전 관계법인으로부터 택지개발촉진법 상 전매행위 제한에 해당하지 않는 택지를 전매하여 주택신축 판매업을 시행함으로써 발생된 이익의 범위내에서 피합병법인 A법인의 기존 이월결손금 공제 가능여부

 ○ ⁠(질의2) 합병이후 발생한 신규주택신축 판매업에서 발생된 이익으로 피합병법인 A법인의 합병이전 이월결손금 전액 공제가능 여부

 ○ ⁠(질의3) (질의2)에서 만약 이월결손금 공제가 불가능하다면,

  - 주택신축 공사업의 손익을 구분경리(건축부분과 토목부문)하여 토목공사부문에서 발생된 이익으로 피합병법인 A법인의 이월결손금을 공제하고,

  - 건축부문의 이익을 합병등기일 기준으로 합병법인의 건축부문과 적정기준(순자산가액 비율 등)에 의하여 안분하여 피합병법인 A법인의 이월결손금을 공제할 수 있는지

  - 또는 건축부문의 이익에 대하여는 피합병법인 A법인의 이월결손금을 공제할 수 없는지 여부

 ○ ⁠(질의4) 피합병법인 A법인의 주된 결손금이 도급공사업(토목공사 등)에서 발생된 경우 ｢법인세법｣ 제45조에 따라 합병법인의 과세표준 계산 시 공제하는 피합병법인 A법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위

3. 관련 법령

○ 법인세법 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다.

④ 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조제2항제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

○ 법인세법시행령 제80조의4【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

○ 법인세법시행령 제81조【합병에 따른 이월결손금 등의 승계】

① 법 제45조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자산가액 비율"이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다.

② 법 제45조제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 "승계결손금의 범위액"이라 한다)으로 한다.

③ 합병법인은 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다.

1. 법 제59조제1항제1호에 따른 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것으로 한정한다)의 경우에는 합병법인이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용

2. 법 제59조제1항제3호에 따른 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병법인이 다음 각 목의 구분에 따라 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 공제

가. 이월된 외국납부세액공제 미공제액: 승계받은 사업에서 발생한 국외원천소득을 해당 사업연도의 과세표준으로 나눈 금액에 해당 사업연도의 세액을 곱한 금액의 범위에서 공제

나. 「조세특례제한법」 제132조에 따른 법인세 최저한세액(이하 이 조에서 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하여 공제받지 못한 금액으로서 같은 법 제144조에 따라 이월된 미공제액: 승계받은 사업부문에 대하여 「조세특례제한법」 제132조를 적용하여 계산한 법인세 최저한세액의 범위에서 공제. 이 경우 공제하는 금액은 합병법인의 법인세 최저한세액을 초과할 수 없다.

다. 가목 및 나목 외에 납부할 세액이 없어 공제받지 못한 금액으로서 「조세특례제한법」 제144조에 따라 이월된 미공제액: 승계받은 사업부문에 대하여 계산한 법인세 산출세액의 범위에서 공제

④ 피합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제, 익금산입 및 법인세 가산에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의 판정과 적용에 관하여는 제80조의2제6항 및 제80조의4제8항을 준용한다.

○ 법인세법시행규칙 제77조【합병법인 및 분할신설법인등의 구분경리】

① 법 제113조제3항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리함에 있어서 자산·부채 및 손익의 구분계산은 다음 각 호에 따른다.

1. 고정자산과 부채는 용도에 따라 각 사업별로 구분하되, 용도가 분명하지 아니한 차입금은 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산

2. 현금·예금등 당좌자산 및 투자자산은 자금의 원천에 따라 각 사업별로 구분하되, 그 구분이 분명하지 아니한 경우에는 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산

3. 제1호 및 제2호외의 자산 및 잉여금 등은 용도·발생원천 또는 기업회계기준에 따라 계산

4. 각 사업에 속하는 익금과 손금은 각 각 독립된 계정과목에 의하여 구분하여 기록하되, 각 사업에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 구분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 고정자산의 양도손익은 합병등기일 전에 고정자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다.

② 합병법인은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 방법으로 구분경리할 수 있다. 이 경우 합병법인은 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 사업연도가 종료할 때(연결모법인의 경우에는 합병 후 5년간을 말한다)까지 계속 적용하여야 한다.

1. 피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 회계처리에 의하여 구분계산. 이 경우 피합병법인으로부터 승계받은 사업장의 자산·부채 및 손익은 이를 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것으로 한다.

2. 본점등에서 발생한 익금과 손금등 각 사업장에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 안분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 고정자산의 양도손익은 합병등기일 전에 고정자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 합병등기일이후 새로이 사업장을 설치하거나 기존 사업장을 통합한 경우에는 그 주된 사업내용에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업장, 기타의 사업장 또는 공통사업장으로 구분. 이 경우 주된 사업내용을 판정하기 곤란한 경우에는 다음 각목에 의한다.

가. 새로이 사업장을 설치한 경우에는 합병법인의 사업장으로 보아 구분경리

나. 기존 사업장을 통합한 경우에는 통합한 날이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 각 사업장별 수입금액(수입금액이 없는 사업장이 있는 경우에는 각 사업장별 자산총액을 말한다)이 많은 법인의 사업장으로 보아 구분경리

4. 관련 사례

○ 서면-2016-법인-4675(2016.11.09, 법인세과-2840)

귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바람

※ 법인세과-840(2011.10.28.)

내국법인이 2개 이상의 다른 내국법인을 합병함에 있어 합병당사법인간에「법인세법시행령」제156조제2항에 따른 동일사업을 영위하지 아니하는 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 이월결손금을 승계함에 있어 각 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것임

※ 서면-2015-법인-0275(2015.8.12.)

질의1) 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우「법인세법」제113조 제3항에 따라 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있는 것이나, 동일사업을 영위하는 법인의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 같은 법 시행규칙 제75조의2에서 정하는 경우 외에는 같은 법 시행령 제156조제2항에 따라 한국표준산업분류에 따른 세세분류에 따르는 것으로 귀 질의의 경우는 동일사업을 하는 법인 간에 합병으로 볼 수 없는 것임

질의2) 귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바람

* 서이46012-11445(2003.8.1.)

합병법인이「법인세법시행규칙」제77조 제2항의 규정에 의하여 피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 손익 등을 구분경리함에 있어서 동항 제2호 및 같은법시행규칙 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 수입금액 또는 매출액에 따른 안분계산방법에 의하여 구분경리하는 경우에 피합병법인으로부터 승계받은 사업장에서 기타의 사업장으로 대체되는 반제품 등의 가격은 독립된 사업자간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용하는 시가에 의함

○ 서면-2015-법령해석법인-0025(2015.12.24, 법령해석과-3478)

귀 서면질의의 경우, 합병법인의 합병등기일 현재「법인세법」제13조 제1호의 결손금은 같은 법 제45조에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 포함한 합병법인의 모든 사업에서 발생한 소득금액을 통산한 금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 제외한 합병법인의 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제하는 것임

○ 법인세과-840(2011.10.28.)

내국법인이 2개 이상의 다른 내국법인을 합병함에 있어 합병당사법인간에「법인세법시행령」제156조제2항에 따른 동일사업을 영위하지 아니하는 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 이월결손금을 승계함에 있어 각 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것임

○ 법인세과-506(2011.7.25)

1.「법인세법」제44조의2제1항(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)의 시가라 함은 같은 법 시행령 제89조제1항 및 제2항에 의한 가액을 말하는 것임

2. 내국법인이「법인세법」제44조제3항(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 같은 법 제44조의2제3항의 규정이 적용되지 않는 것임

3.「법인세법」제45조제2항(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)의 규정을 적용함에 있어서 합병법인이 피합병법인으로부터 2이상의 사업을 승계받은 경우 피합병법인으로부터 승계받은 결손금은 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 통산하여 계산한 소득금액의 범위안에서 합병법인의 각사업연도 과세표준 계산시 공제하는 것임

4. 법인이 특수관계자에게 비상장주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에는「법인세법」제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는 것이며, 이 경우 시가라 같은 법 시행령 제89조 제1항 및 제2항에 의한 가액을 말하는 것임

출처 : 국세청 2016. 12. 29. 서면-2016-법인-5371[법인세과-5371] | 국세법령정보시스템