요지
「조세특례제한법」 제106조의2제1항에 따른 면세유의 공급과 관련하여 구입한 고정자산 및 공통경비에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있음
회신
귀 서면질의의 경우 기존해석사례(기획재정부 부가가치세제과-205, 2009.03.10 )를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 부가가치세제과-205, 2009.03.10
「조세특례제한법」 제106조의2제1항에 따른 면세유의 공급과 관련하여 구입한 고정자산 및 공통경비에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있음. 끝.
1. 사실관계
○ 수협중앙회는 농․어업 보호, 육성을 목적으로「수산업협동조합법」에 근거하여 설립된 특수법인으로 비영리법인임
○ 수협중앙회는「조세특례제한법」제106조의2 제1항 제1호 및「농축산임어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면제 적용 등에 관한 특례규정 시행령」제15조 제1항 제1호에 따라 「석유 및 석유대체연료 사업법」제2조 제7호에 따른 석유정제업자로부터 부가가치세와 개별소비세, 교통에너지환경세, 교육세 및 자동차세가 면제된 어업용면세유류를 공급받아 수협법상의 조합에게 각종 세금이 면제된 어업용 면세유류를 공급하고 있음
○ 수협중앙회는 석유정제업자로부터 어업용 면세유류를 공급받고 수협법상의 조합에게 공급하는 과정에서 '갑'회사 등이 공급하는 면세유류 운반비용 및 '을'회사 등이 공급하는 면세유류 전산시스템 기상정보료 등에 대하여 부가가치세 매입세액을 부담하고 있음
2. 질의내용
○ 수협중앙회의 어업용 면세유류의 공급과 관련하여 부담한 부가가치세 매입세액은 부가가치세법 제39조에 해당하지 아니하여 동법 제38조에 따라 매출세액에서 공제가능한지 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
○ 조세특례제한법 제106조의2 【농업ㆍ임업ㆍ어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 석유류(「석유 및 석유대체연료 사업법」에 따른 석유제품을 말한다. 이하 이 조에서 "면세유"라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일까지 공급하는 것에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 것에 대한 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 자동차 주행에 대한 자동차세(이하 이 조에서 "자동차세"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 면제한다.
1. 대통령령으로 정하는 농민, 임업에 종사하는 자 및 어민(이하 이 조에서 "농어민등"이라 한다)이 농업ㆍ임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류로서 대통령령으로 정하는 것
2. 연안을 운항하는 여객선박 (「관광진흥법」 제2조에 따른 관광사업 목적으로 사용되는 여객선박은 제외한다)에 사용할 목적으로 「한국해운조합법」에 따라 설립된 한국해운조합에 직접 공급하는 석유류
○ 기획재정부 부가가치세제과-205 , 2009.03.10
「조세특례제한법」 제106조의2제1항에 따른 면세유의 공급과 관련하여 구입한 고정자산 및 공통경비에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있음
출처 :
국세청 2016. 02. 15. 서면-2016-부가-2955[부가가치세과-295] | 국세법령정보시스템
