공유수면 매립권리 양수도대가의 부가가치세 과세표준 해당 여부

요지

공유수면 매립용역 제공에 대한 부가가치세 과세표준은 해당 매립공사에 든 총사업비로서, 공유수면 매립권리 등의 양수도 가액이 총사업비에 포함되지 아니하는 경우 해당 매립권리 등의 양수도 가액은 과세표준에 해당하지 아니하는 것임

답변내용

○○․●● 관광레저형 기업도시(◇◇지구)(이하 ⁠“◇◇지구”)의 공유수면 매립면허를 취득한 신청법인이 ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따라 국토해양부장관 및 문화체육관광부장관으로부터 공유수면의 개발 및 매립공사에 대한 실시계획의 승인을 득한 후 ◇◇지구 공유수면 매립용역을 제공하는 경우 해당 공유수면 매립용역에 대한 부가가치세 과세표준은 같은 법 시행령 제51조 제4항 및 같은 법 시행규칙 제32조 제2항 제5호에 따라 산정된 해당 공유수면 매립공사에 소요된 총사업비로서 관계기관으로부터 확인된 것을 의미하는 것이며,
신청법인이 ◇◇지구의 공유수면 매립과 관련하여 ◆◆◆◆◆공사와 매립권리․의무(이하 ⁠“매립권리 등”)에 대한 양도․양수 협약을 체결하여 매립권리 등을 양도․양수하면서 지급한 대가는 해당 총사업비에 해당하지 아니하므로 ⁠「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것입니다.

 ○□□□□□□□□□□ 주식회사(이하 ⁠“신청법인”)는 상대적으로 소외되거나 낙후된 지역인 ■■■도 △△군 ▲▲면 ▽▽리, ▼▼리, ○○리 일원에 ⁠「기업도시개발특별법」(이하 ⁠“기업도시법”)에 따라 ○○․●● 관광레저형 기업도시(◇◇지구)(이하 ⁠“◇◇지구”)의 개발을 사업목적으로 하여 설립(’07.6.1)되었고

  - ■■■도와 공동으로 기업도시법 제4조에 따라 ◇◇지구의 개발구역 지정 및 개발계획을 국토교통부장관 및 문화체육관광부장관(이하 ⁠“국토부 장관 등”)에 제출(’07.12.26)하여

  - 계획을 승인(’10.1.14)받고 기업도시법 제10조에 따라 해당 개발사업의 사업시행자로 지정되었으며

  - 기업도시법에 따른 실시계획 승인에 따라 신청법인은 개발지역 부지조성 공사를 착공(’13.2)하고 ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」(이하 ⁠“공유수면법”)에 따른 실시계획 승인(’16.7.14)에 따라 ◇◇지구 공유수면 매립공사를 착공(’16.7)하여 ’16년 12월에 준공 예정에 있음

 ○ ◇◇지구 개발사업에 필요한 토지는 육지부 26%와 공유수면 74%로 구성되어 있어 해당 개발사업을 시행하기 위해서는 공유수면법에 따라 공유수면을 매립하여 토지를 조성해야하며

  -공유수면을 매립하기 위해서는 공유수면법 제28조에 따라 반드시 공유수면 매립면허(이하 ⁠“매립면허”)를 소지하여야 하고

  - ◇◇지구 매립면허는 신청법인이 해당 개발사업 시행자로 선정되기 이전부터 ◆◆◆◆◆공사[(구)□□□□공사, 이하 ⁠“◆◆◆공사”]가 농림수산부장관으로부터 승인받아 취득하고 있었음

 ○ 신청법인은 ◆◆◆공사가 ◇◇지구의 사업을 시행한 후 ◆◆◆공사가 취득할 매립지를 신청법인의 개발사업에 사용하기 위해

  -◆◆◆공사와 매립권리․의무(이하 ⁠“매립권리 등”)에 대한 양도․양수 협약을 체결하여(’10.8.25) ◇◇지구의 매립권리 등에 대한 양도․양수 승인을 득한 바(’12.11.21)

  - 신청법인은 기업도시법 제33조 제8항에 따라 공유수면법 제28조에 따른 ◇◇지구의 매립면허를 취득하게 되었으며

  - 해당 매립공사의 총사업비에는 ◆◆◆공사에 지급하였거나 지급할 매립권리 등의 양도․양수 가액(이하 ⁠“매립권리 등의 양수도 대가”)은 포함되어 있지 않으며 세부 내역은 아래와 같음

 ○ ◇◇지구의 공유수면은 신청법인이 기업도시법에 따라 개발계획을 제출하기 이전에는 ◆◆◆공사가 농림축산식품부의 △△△△기금을 재원으로 위탁받아 조성할 공유수면으로써

  -신청법인이 기업도시법에 따른 개발계획을 승인받았기 때문에 ◆◆◆공사는 정부를 대신하여 직접 매립공사를 수행하지 아니하고 신청법인에 매립권리 등을 양도한 것이며

  -◆◆◆공사는 그에 대한 대가를 당사로부터 수취하여 매립지의 소유권이 귀속될 △△△△기금에 전액 귀속시킬 예정으로 본건 신청서 제출일 현재 신청법인이 지급한 계약금 등 일부 금액은 △△△△기금에 귀속되어 있음

 ○한편, 신청법인은 ◆◆◆공사로부터 ◇◇지구 매립권리 등을 1,153억원 상당의 대금으로 양수하였지만

  -매립면허 취득자는 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비에 상당하는 매립지만을 취득할 수 있도록 공유수면법 제46조 제1항에서 규정하고 있는 바

  -매립공사 이후 신청법인이 소유권을 취득할 수 있는 매립지는 총사업비에 상당하는 매립지만이 국한되어기업도시법에 따른 전체 매립지에 대한 개발계획에 차질이 있게 되어

  -기업도시법 개정건의를 통해 개발사업 시행자가 총사업비와 매립권리 등 양수도 가격을 합한 금액의 범위에서 해당 매립지의 소유권을 취득하도록 기업도시법 제33조 제7항을 신설하여 시행하고 있음(’13.6.4)

2. 질의내용

 ○ 공유수면 매립공사용역의 부가가치세법상 과세표준이 ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따른 매립공사 총사업비인지 아니면 총사업비와 매립권리 등 양수도 대가를 합한 금액인지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

 ○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

 ○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

   2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

   6. 외상거래, 할부거래 등 그 밖에 재화 또는 용역을 공급하는 경우 : 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액

 ○ 부가가치세법 시행령 제61조 【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】

  ① 법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

   4. ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따라 매립용역을 제공하는 경우 : ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따라 산정한 해당 매립공사에 든 총사업비

 ○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "공유수면"이란 다음 각 목의 것을 말한다.

    가. 바다: ⁠「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」 제6조제1항제4호에 따른 해안선으로부터 ⁠「배타적경제수역법」에 따른 배타적 경제수역 외측 한계까지의 사이

    나. 바닷가: ⁠「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」 제6조제1항제4호에 따른 해안선으로부터 지적공부(地籍公簿)에 등록된 지역까지의 사이

    다. 하천ㆍ호소(湖沼)ㆍ구거(溝渠), 그 밖에 공공용으로 사용되는 수면 또는 수류(水流)로서 국유인 것

   2. "포락지"란 지적공부에 등록된 토지가 물에 침식되어 수면 밑으로 잠긴 토지를 말한다.

   3. "간석지"란 만조수위선(滿潮水位線)과 간조수위선(干潮水位線) 사이를 말한다.

   4. "공유수면매립"이란 공유수면에 흙, 모래, 돌, 그 밖의 물건을 인위적으로 채워 넣어 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다.

 ○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제28조 【매립면허】

  ① 공유수면을 매립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매립목적을 구체적으로 밝혀 다음 각 호의 구분에 따라 해양수산부장관, 시ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 "매립면허관청"이라 한다)로부터 공유수면 매립면허(이하 "매립면허"라 한다)를 받아야 한다.

   1. 「항만법」 제3조제1항 각 호에 따른 항만구역의 공유수면 매립 : 해양수산부장관

   2. 면적이 10만 제곱미터 이상인 공유수면 매립 : 해양수산부장관

   3. 제1호 및 제2호에 따른 공유수면을 제외한 공유수면 매립 : 시ㆍ도지사 또는 특별자치도지사

  ② 매립예정지가 제1항제1호에 따른 공유수면과 같은 항 제3호에 따른 공유수면에 걸쳐 있으면 해양수산부장관의 매립면허를 받아야 한다.

  ③ 제1항제3호에 따른 공유수면의 매립으로서 매립예정지가 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ도ㆍ특별자치도의 관할 지역에 걸쳐 있으면 관계 시ㆍ도지사 또는 특별자치도지사의 협의에 의하여 결정되는 시ㆍ도지사 또는 특별자치도지사의 면허를 받아야 한다. 다만, 협의가 성립되지 아니할 때에는 해양수산부장관이 지정하는 시ㆍ도지사 또는 특별자치도지사의 매립면허를 받아야 한다.

  ④ 매립면허관청은 제1항에 따라 매립면허를 하려는 경우에는 미리 관계 중앙행정기관의 장 및 시ㆍ도지사 또는 특별자치도지사와 협의하여야 한다.

  ⑤ 매립면허관청은 매립기본계획의 내용에 적합한 범위에서 매립면허를 하여야 한다.

  ⑥ 매립면허관청은 매립기본계획에 반영된 매립예정지를 분할하여 면허할 수 없다. 다만, 국가ㆍ지방자치단체 또는 ⁠「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사가 매립하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  ⑦ 「항만법」 제3조제1항 각 호에 따른 항만구역의 공유수면 및 「어촌ㆍ어항법」 제2조제3호가목에 따른 국가어항 구역의 공유수면은 국가나 지방자치단체만 매립할 수 있다. 다만, 매립 목적ㆍ규모 또는 입지 여건 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  ⑧ 매립면허관청은 동일한 위치의 공유수면에 대하여 면허의 신청이 경합된 경우에는 대통령령으로 정하는 우선순위에 따라 면허를 할 수 있다.

 ○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제35조 【국가 등이 시행하는 매립】

  ① 제28조에도 불구하고 국가나 지방자치단체가 공유수면을 매립하려는 경우 또는 ⁠「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사가 ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 산업단지개발사업을 위하여 공유수면을 매립하려는 경우에는 미리 매립면허관청과 협의하거나 매립면허관청의 승인을 받아야 한다.

  ② 제1항에 따라 협의하거나 승인을 받은 자는 제3항에 따른 준공검사를 받기 전에는 매립에 관한 권리를 양도할 수 없다. 다만, 국가나 지방자치단체에 매립에 관한 권리를 양도하는 경우에는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 매립면허관청에 신고한 후 양도할 수 있으며, 매립면허관청(해양수산부장관은 제외한다)은 그 신고를 수리(受理)하기 전에 해양수산부장관과 미리 협의하여야 한다.

 ○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제46조 【매립지의 소유권 취득 등】

  ① 매립면허취득자가 제45조제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자는 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 취득한다.

   1. 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공용으로 사용하기 위하여 필요한 매립지 : 국가 또는 지방자치단체

   2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가 중 매립공사로 새로 설치된 공용시설 또는 공공시설 용지에 포함된 바닷가의 면적은 제외한다)의 매립지 : 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 매립면허취득자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다.

   3. 제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지 : 매립면허취득자

   4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따라 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지(이하 "잔여매립지"라 한다) : 국가

 ○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제47조 【잔여매립지의 매수청구 등】

  ① 매립면허취득자는 준공검사를 받은 날부터 1년 이내에 제46조제1항에 따라 국가가 취득한 잔여매립지의 매수를 청구할 수 있으며, 국가는 공용 또는 공공용으로 사용할 경우를 제외하고는 그 청구를 거절하지 못한다. 이 경우 매수청구자가 ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지개발사업의 시행자일 때에는 ⁠「국유재산법」 제44조에도 불구하고 해당 잔여매립지의 매각 가격은 대통령령으로 정할 수 있다.

 ○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 시행령 제51조 【매립지의 소유권취득 및 총사업비】

  ④ 법 제46조제1항제3호에서 "조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액"이란 해당 매립공사의 준공검사 신청일을 기준으로 하여 해당 매립공사와 관련된 다음 각 호의 비용을 합산한 금액을 말한다.

   1. 조사비 : 매립공사의 시행을 위한 측량비, 그 밖의 조사비로서 순공사비에 포함되지 아니한 비용을 말하며, ⁠「엔지니어링산업 진흥법」 제31조에 따른 엔지니어링사업의 대가 기준에 따라 계산한다.

   2. 설계비 : 매립공사의 시행을 위한 설계에 든 비용을 말하며, ⁠「엔지니어링산업 진흥법」 제31조에 따른 엔지니어링사업의 대가기준에 따라 계산한다.

   3. 순공사비 : 매립공사의 시행을 위한 재료비ㆍ노무비, 경비, 일반관리비 및 이윤의 합계액을 말하며, ⁠「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제9조에 따른 예정가격 결정기준과 정부표준품셈 및 단가(정부고시가격이 있는 경우 그 가격을 말한다)에 따라 계산한다.

   4. 보상비 : 매립공사의 시행을 위하여 실제 든 보상비 및 손실방지시설의 설치비를 말한다.

   5. 부대비(附帶費) : 다음 각 목의 비용의 합계액을 말한다.

    가. 「엔지니어링산업 진흥법」 제31조에 따른 엔지니어링사업의 대가기준에 따른 시공감리비

    나. 「산업재해보상보험법」 제4조에 따른 보험료

    다. 천재지변으로 인한 피해액

    라. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제64조를 준용하여 산정한 물가변동에 따른 공사비 상승액. 이 경우 공사비 상승액은 제48조제6항에 따라 고시된 해당 매립공사의 시행기간(매립공사의 착수일부터 준공검사신청일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 기준으로 하되, 천재지변 또는 국가계획의 변경 등 매립면허관청이 매립면허취득자의 귀책사유가 없는 것으로 인정하는 준공연장기간 외의 기간은 산입하지 아니한다.

    마. 법령에 따른 제세공과금 및 부담금

    바. 환경영향평가비, 피해영향조사비, 제2항 및 제3항에 따른 매립지의 감정평가비 및 매립면허 부관의 이행에 드는 모든 비용

   6. 공정별 건설이자 : 제1호부터 제5호까지의 비용 합계액에 대하여 매립면허관청이 정하는 바에 따라 산정한 건설이자(이자율은 사업기간 중 ⁠「한국은행법」에 따른 한국은행이 발표하는 예금은행 정기예금 가중평균 수신금리를 적용한다). 이 경우 건설이자는 제48조제6항에 따라 고시된 해당 매립공사의 시행기간을 기준으로 하되, 천재지변 또는 국가계획의 변경 등 매립면허관청이 매립면허취득자의 귀책사유가 없는 것으로 인정하는 준공연장기간 외의 기간은 이를 산입하지 아니한다.

 ○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 시행규칙 제32조 【준공검사의 신청 등】

  ② 제1항에 따른 준공검사신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

   5. 증명서류를 포함한 총사업비 정산서류(법 제35조제1항에 따라 국가, 지방자치단체 또는 ⁠「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사가 시행하는 매립공사의 경우는 제외한다)

 ○ 기업도시개발 특별법 제33조 【「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 관한 특례】

  ① 개발사업의 시행을 위하여 개발계획에 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 매립면허를 받은 매립예정지, 매립지 또는 준공인가를 받은 매립지(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제35조에 따라 국가 등이 시행하는 매립의 협의 또는 승인을 받은 경우를 포함하며, 이하 이 조에서 "매립지"라 한다)의 매립목적의 변경이 포함된 경우로서 그 매립목적의 변경이 같은 법 제49조제1항에 따라 매립목적을 변경할 수 있는 경우에 해당되는 경우에는 실시계획이 승인된 때에 같은 법 제48조 및 법률 제5911호 공유수면매립법개정법률 부칙 제3조에도 불구하고 해당 매립지의 매립목적이 해양수산부장관의 승인을 받아 개발계획의 토지용도로 변경된 것으로 본다.

  ③ 시행자는 매립목적을 변경하여 매립지를 사용하려는 경우에는 개발계획에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

   1. 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제49조제1항 각 호의 어느 하나에 해당함을 증명하는 서류

   2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

  ④ 제1항 및 제3항에 따라 매립목적이 변경된 매립지의 재평가, 매립목적의 변경고시, 변경등기 및 재평가매립지의 소유권 취득 등에 관하여는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제49조제2항, 제4항부터 제6항까지 및 제50조에 따른다.

  ⑤ 제11조에 따라 개발계획이 승인된 경우에는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제35조제2항에도 불구하고 매립공사의 준공인가 전에 시행자에게 매립에 관한 권리를 양도할 수 있다.

  ⑥ 시행자가 제5항에 따라 매립에 관한 권리를 양도받는 경우 매립에 관한 권리의 양도·양수 가액과 ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제46조에 따라 매립지의 소유권 취득을 위한 매립지 가액은 기업도시 지정 당시 현실이용현황으로 평가하여 산정하고, 개발구역의 지정 등 개발사업으로 인한 지가변동요인을 고려하지 아니한다.

  ⑦ 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제46조제1항제3호에도 불구하고 개발사업 시행자는 직접 투입한 같은 항에 따른 총사업비와 매립에 관한 권리의 양도·양수 가액을 합한 금액의 범위에서 해당 매립지의 소유권을 취득한다. 이 경우 매립에 관한 권리의 양도인은 제4조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 한한다.

  ⑧ 시행자가 제5항에 따라 매립에 관한 권리를 양도받은 때에는 ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 매립면허를 받은 것으로 본다. 이 경우 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조제4항은 적용하지 아니한다.

  ⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정은 법률 제7310호 기업도시개발특별법 시행 전에 이미 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 매립면허를 받거나 같은 법 제35조에 따라 국가 등이 시행하는 매립의 협의 또는 승인을 받은 매립지에 대하여만 적용한다. 2011.5.30, 2013.6.4>

출처 : 국세청 2016. 09. 20. 사전-2016-법령해석부가-0372[법령해석과-2983] | 국세법령정보시스템