소득세법 시행령 대주주 범위 개정 적용시점과 판단 기준

요지

「소득세법 시행령(2016.2.17. 개정된 것)」제157조제4항 및 제5항에서 규정한 대주주의 범위는 2016.4.1.이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로, 2016.3.31.이전에 주식등을 양도한 경우에는 2016.2.17. 개정되기 전의 규정에 따르는 것임

회신

1. ⁠「소득세법 시행령(2016.2.17. 개정된 것)」제157조제4항 및 제5항에서 규정한 대주주의 범위는 2016.4.1.이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로, 2016.3.31.이전에 주식등을 양도한 경우에는 2016.2.17. 개정되기 전의 규정에 따르는 것입니다.
2. 주권상장법인의 주식등을 2016.4.1.이후 양도할 때에 ⁠「소득세법」제94조제1항제3호 가 목에서 규정한 대주주인지 여부는 2016.2.17개정되고 2016.4.1부터 시행되는 ⁠「소득세법 시행령」제157조제4항 및 제5항의 규정을 적용하는 것입니다.
3. 위 1과 2를 적용할 때, 소유주식의 비율은 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 비율을 적용하는 것입니다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전사업연도 종료일 현재에는 대주주에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 대주주에 해당하게 되는 경우에 그 취득일 이후부터는 대주주에 해당하는 것입니다.
4. 위 1과 2를 적용할 때, 시가총액은 양도일이 속하는 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액을 적용하는 것입니다. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액을 따르는 것입니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

(코스피, 사업연도:1.1.～12.31. 지분:지분율, 시총:시가총액) ⁠(%, 억원)

○ 질의내용

 1. 위 사실관계 1부터 4까지, 6부터 8까지는 3월에 매도한 주식

 2. 위 사실관계 5의 4월에 매도한 주식

 이 각각 대주주요건에 해당하여 양도소득세 과세대상인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. ~ 2. 생략

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

(이하 이 조 생략)

○ 소득세법 시행령(2016.02.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제157조【증권예탁증권 및 대주주의 범위】

① ~ ③ 생략

④법 제94조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

⑤ 제4항제1호 및 제2호에도 불구하고 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.

1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 2이상이거나 시가총액이 20억원 이상인 경우

2. 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우

3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조제1항에 따라 거래되는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 40억원 이상인 경우

⑥제4항제2호에 따른 시가총액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.

2. 제1호외의 주식등의 경우에는 제165조제4항의 규정에 의한 평가액

⑦ 제4항 및 제6항을 적용할 때 피합병법인의 주주가 합병에 따라 합병법인의 신주를 교부받아 그 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도에 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 관하여는 해당 피합병법인의 합병등기일 현재 주식보유 현황에 따른다.

⑧ 제4항 및 제6항을 적용할 때 분할법인의 주주가 분할에 따라 분할신설법인의 신주를 교부받아 그 주식을 설립등기일이 속하는 사업연도에 양도하거나 분할법인의 주식을 분할등기일이 속하는 사업연도에 분할등기일 이후 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 관하여는 해당 분할 전 법인의 분할등기일 현재의 주식보유 현황에 따른다.

⑨ ~ ⑩ 생략

○ 소득세법 시행령 부칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ⁠(중략) 제157조제4항(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등에 해당하는 경우는 제외한다)ㆍ제5항의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행하고, ⁠(중략) 제157조제4항(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등에 해당하는 경우에 한정한다), 제211조 제7항부터 제12항까지 및 제211조의2의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 시행하며, ⁠(이하 이 조 생략)

제2조(일반적 적용례) ① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

제23조(증권예탁증권 및 대주주의 범위에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 주식등을 양도한 경우 대주주의 범위는 제157조제4항 및 제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

○ 소득세법 시행령 (2016.02.17. 개정되기 전의 것) 제157조【증권예탁증권 및 대주주의 범위】

① ~　③ 생략

④ 법 제94조제1항제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조제1항에 따라 거래되는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조제1항에 따라 거래되는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

⑤ 삭제

⑥제4항제2호에 따른 시가총액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.

2. 제1호외의 주식등의 경우에는 제165조제4항의 규정에 의한 평가액

⑦ 제4항 및 제6항을 적용할 때 피합병법인의 주주가 합병에 따라 합병법인의 신주를 교부받아 그 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도에 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 관하여는 해당 피합병법인의 합병등기일 현재 주식보유 현황에 따른다.

⑧ 제4항 및 제6항을 적용할 때 분할법인의 주주가 분할에 따라 분할신설법인의 신주를 교부받아 그 주식을 설립등기일이 속하는 사업연도에 양도하거나 분할법인의 주식을 분할등기일이 속하는 사업연도에 분할등기일 이후 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 관하여는 해당 분할 전 법인의 분할등기일 현재의 주식보유 현황에 따른다.

⑨ ~ ⑩ 생략

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 상속증여세과-58(2013. 04. 20)

귀 질의의 경우「소득세법 시행령」제157조 제4항의 대주주를 판단함에 있어 같은 항 제2호에서 규정하는 ⁠‘당해 법인의 주식 등의 시가총액’은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인 및 특수관계자가 소유하고 있는 주식 등의 시가총액을 말하며, 동 시가총액은 같은 조 제6항 제1호에 따라 평가하는 것임(이하 생략)

○ 서면4팀-334(2006.02.17)

「소득세법 시행령」 제157조 제4항에서 규정하는 대주주를 판단함에 있어 동항 제2호에서 규정하는 ⁠‘당해 법인의 주식 등의 시가총액’이라 함은 ⁠‘주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재’ 법인의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인 및 그와 「국세기본법 시행령」 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자가 소유하고 있는 주식 등의 시가총액을 말하는 것임.

(현재 주식 보유현황)

기준일 보유주식수 지분율 1주당시가 시가총액

2004.12.31. 300,000주 2.3％ 10,000원 3,000,000,000원

2005.12.5. 300,000주 2.3％ 23,000원 6,900,000,000원

○ 서면인터넷방문상담4팀-1477(2005.08.22)

증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인 및 그와 「국세기본법 시행령」 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(기타 주주)가 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 당해 법인의 주식의 합계액이 100분의 3(코스닥상장법인의 주식 등 및 「증권거래법 시행령」 제84조의 27 제5항의 규정에 따라 거래되는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식 등의 경우에는 100분의 5)에 미달하더라도 당해 사업연도 중 주식을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호의 규정에 따라 그 취득일 이후부터 당해 사업연도 종료일까지 대주주로 보는 것입니다(서일46014-10603, 2001.12.12. 같은 뜻). 귀 사례의 경우 모두 이에 해당하는 것입니다.

○ 대법원2012두7400 ⁠(2013.02.15) ☞ 2005년 양도한 사례

위 규정의 입법 취지와 내용에 비추어 보면, ⁠‘직전 사업연도 종료일 현재에는 100분의 3 이상을 소유하였다가 그 종료일 후에 100분의 3에 미달하여 소유하게 된 경우에 그 이후의 주식 양도로 인한 소득’을 양도소득세 과세대상에서 제외하는 취지로 위 규정을 해석할 수는 없다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조). 이와 마찬가지로 직전 사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하여 소유하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되어 위 규정에서 정한 대주주에 해당하게 된 경우에는 그 이후 다시 주식보유율이 100분의 3에 미달하게 되었다 하더라도 그 이후 당해 사업연도의 주식 양도로 인한 소득을 양도소득세 과세대상에서 제외할 수 없다고 해석하여야 한다.

출처 : 국세청 2016. 08. 11. 서면-2016-부동산-3038[부동산납세과-1216] | 국세법령정보시스템