감면대상 기존주택 재개발시 입주권·신축주택 양도 특례 적용

요지

「조세특례제한법」제99조의 2에 해당하는 감면대상 기존주택이 주택재배발정비사업에 따라 조합원입주권으로 전환되어 양도하거나, 재개발 완공 후 양도하는 경우에도 과세특례는 적용하는 것이나, 당초 취득한 감면대상 기존주택에 대한 양도소득의 범위 내에서 감면하는 것이고, 비과세 규정을 적용할 때 거주자의 소유주택으로 보지 아니함

회신

1. 귀 질의 1.~3.의 경우, 기존해석사례(서면법규과-1020, 2013.09.16.; 기획재정부 재산세제과-135, 2014.02.21.; 서면법규과-461, 2014.05.02.)를 참고하시기 바랍니다.
2. 귀 질의 4.는 ⁠「소득세법 시행령」제166조에 따라 계산하는 것입니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

  - 2010.02.26. 경기 용인시 수지구 소재 A아파트 취득

  - 2013.12.31. 서울 마포구 소재 B주택 취득

    ․ B주택은 조특법 제99조의 2제1항에 해당하는 감면대상 주택으로 구청으로부터 감면대상임을 확인날인 받음

  - 2016.04.00. B주택 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분인가되었고 2020년 준공예정

 ○ 질의내용

  1. B주택이 관리처분 후 종전에 취득한 A주택을 양도할 때 비과세되는 것인지

  2. B주택이 재개발 완공되고 6억원이 넘어도 A주택을 양도할 때 비과세 되는 것인지

  3. B주택이 관리처분 후 양도하더라도 감면규정이 적용되는 것인지

  4. B주택이 재개발 완공된 후 양도할 때 양도차익 계산방법

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 생략

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.

⑤ 생략

○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

가. ⁠[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

나. ⁠[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

2. 청산금을 지급받는 경우

　제1항제2호에 따른 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2제3항제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2제3항제1호 및 제2호에서 "양도일 또는 취득일전후"는 "관리처분계획인가일 전후"로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간

2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산 한다.

⑦ 생략

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면법규과-1020(2013.09.16)

〔 회 신 〕

「조세특례제한법」 제99조의2 제1항을 적용받는 주택을 취득하여 그 주택이 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의한 관리처분계획에 따라 조합원입주권으로 전환된 경우, 「조세특례제한법」 제99조의2 제2항에 따라 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 제104조제1항제4호부터 제7호까지의 규정을 적용할 때 해당 조합원 입주권의 보유기간에 관계없이 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.

○ 기획재정부 재산세제과-135(2014.02.21)

〔 회 신 〕

「조세특례제한법 시행령」제99조의 2 제3항에 따른 감면대상기존주택을 취득한 후「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발․재건축 등으로 당해 감면대상기존주택이 신축주택으로 전환된 후 양도되는 경우에도 ⁠「조세특례제한법」제99조의 2에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는 것이나, 감면대상기존주택에 대한 양도소득 범위 내에서 양도소득세가 감면됩니다. 이 경우 정비사업조합으로부터 감면대상기존주택의 평가액 범위 내에서 2채의 신축주택을 공급받은 경우 2주택 모두 과세특례가 적용되는 것입니다.

○ 서면법규과-461(2014.05.07)

〔 회 신 〕

 ｢조세특례제한법｣ 제99조의2 제1항을 적용받는 주택(이하 ⁠“감면대상 기존주택”이라 함)이 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 의한 관리처분계획에 따라 조합원입주권으로 전환되어 양도되는 경우에도 같은법 제99조의2에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는 것이나, 당초 취득한 감면대상 기존주택에 대한 양도소득 범위 내에서 감면하는 것입니다.

출처 : 국세청 2016. 08. 23. 서면-2016-부동산-4721[부동산납세과-1294] | 국세법령정보시스템