일반과세자→간이과세자 전환 시 재고납부세액 양도소득세 필요경비 해당 여부

요지

일반과세자가 간이과세자로 과세유형 전환되어 납부한 재고납부세액은 양도차익 계산시 양도가액에서 공제하는 필요경비에 해당함

회신

일반과세자가 간이과세자로 변경되면서 사업용 고정자산인 건물에 대하여 ⁠「부가가치세법」제64조 및 같은 법 시행령 제112조 제3항에 따라 계산하여 납부한 재고납부세액은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 필요경비에 해당하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 2010.09.02. 갑은 서울시 ××구 ××동 22번지 ××뉴타운××× 905동 상가 106호를 분양(공급가액 81백만원) 받으면서 일반과세자로 사업자등록(부동산/임대)을 하고 매입세액 8.1백만원을 환급받았음

○ 2015.07.01. 일반과세자가 간이과세자로 과세유형 전환되었으며, 2015.11.05. 해당 상가를 매매하여 2015.11.14. 부가가치세 확정신고하면서 건물에 대한 재고납부세액 2,835천원을 가산하여 납부하였음

2. 질의내용

○ 일반과세자가 간이과세자로 과세유형 전환되면서 납부한 재고납부세액이 양도소득세 필요경비에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

 1. 취득가액

  가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

  나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

 1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

  가. 제1항제1호가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

  나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

  다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

 2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항제1호가목 단서, 같은 호 나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

  가. 제1항제1호나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

  나. 제1항제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

④ 삭제

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 삭제

⑦ 제1항제1호가목 본문을 적용할 때 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

 2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우

○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제1호가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

 1. 제89조제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

 2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

 3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

 4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(「법인세법」 제16조제1항제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

 2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

 2의2. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

 3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

 3의2. ⁠「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

 3의3. ⁠「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

 4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

  가. ⁠「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

  나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

  다. 공증비용, 인지대 및 소개비

  라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

 2. 법 제94조제1항제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

○ 소득세법 시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산등】

① 영 제163조제3항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

 1. ⁠「하천법」·「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

 2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

 3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

 4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

 5. 사방사업에 소요된 비용

 6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

② 영 제163조제5항제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 금융기관"이란 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자, ⁠「은행법」에 따른 인가를 받아 설립된 은행 및 ⁠「농업협동조합법」에 따른 농협은행을 말한다.

③ 영 제163조제11항제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 방법"이란 ⁠「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조제1항에 따라 신고(「주택법」 제80조의2에 따른 주택 거래신고를 포함한다)한 실제거래가격을 관할 세무서장이 확인하는 방법을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액등】

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

 2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

 3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

○ 소득세법 기본통칙 33-74…1 【 부가가치세에 대한 필요경비의 취급 】

⑥ 일반과세자가 간이과세자로 변경되어 「부가가치세법 시행령」제74조의 4의 규정에 의하여 재고납부세액을 납부할 경우에는 당해 재고납부세액은 재고품의 매입부대비용으로 처리한다.

○ 부가가치세법 제64조 【간이과세자로 변경되는 경우의 재고품 등 매입세액 가산】

일반과세자가 간이과세자로 변경되면 변경 당시의 재고품, 건설 중인 자산 및 감가상각자산(제38조부터 제43조까지의 규정에 따라 공제받은 경우만 해당하되, 제10조제8항제2호에 따른 사업양도에 의하여 사업양수자가 양수한 자산으로서 사업양도자가 매입세액을 공제받은 재화를 포함한다)에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제63조제2항에 따른 납부세액에 더하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제112조 【간이과세자로 변경되는 경우의 재고품등 특례】(구 부가가치세법 시행령 제74조의4)

① 법 제64조에 따라 일반과세자가 간이과세자로 변경되는 경우 간이과세자로 변경된 자는 그 변경되는 날 현재 있는 다음 각 호의 재고품, 건설 중인 자산 및 감가상각자산(법 제38조부터 제43조까지의 규정에 따라 공제받은 경우만 해당하되, 법 제10조제8항제2호 본문에 따른 사업양도에 의하여 사업양수자가 양수한 자산으로서 사업양도자가 매입세액을 공제받은 재화를 포함한다. 이하 이 조에서 "재고품등"이라 한다)을 그 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 간이과세 전환 시의 재고품등 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고(국세정보통신망에 의한 신고를 포함한다)하여야 한다.

 1. 상품

 2. 제품(반제품 및 재공품을 포함한다)

 3. 재료(부재료를 포함한다)

 4. 건설 중인 자산

 5. 감가상각자산(건물 또는 구축물의 경우에는 취득, 건설 또는 신축 후 10년 이내의 것, 그 밖의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작 후 2년 이내의 것으로 한정한다)

③ 일반과세자가 간이과세자로 변경되는 경우에 해당 사업자는 다음 각 호의 방법에 따라 계산한 금액(이하 "재고납부세액"이라 한다)을 납부세액에 더하여 납부하여야 한다. 이 경우 제3호와 제4호에 따른 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단 및 같은 조 제5항을 준용한다.

 3. 제1항제5호에 따른 자산으로서 다른 사람으로부터 매입한 자산

  가. 건물 또는 구축물

출처 : 국세청 2016. 02. 05. 서면-2015-법령해석재산-2335[법령해석과-384] | 국세법령정보시스템