포괄적 주식이전 후 적격합병 시 과세이연 적용 여부

요지

주식의 포괄적 이전에 대해 과세이연을 받은 후 완전모회사가 적격합병으로 완전자회사에 흡수합병됨에 따라 완전자회사의 주주가 해당 주식의 포괄적 이전에 따라 취득한 주식(합병구주)이 합병신주로 대체되는 경우는 완전모회사등주식의 양도에 해당하지 아니하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, ｢조세특례제한법｣ 제38조의 규정에 의하여 ｢상법｣ 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전에 대해 과세이연을 받은 후 완전모회사가 ｢법인세법｣ 제44조에 따른 적격합병으로 완전자회사에 흡수합병됨에 따라 완전자회사의 주주가 해당 주식의 포괄적 이전에 따라 취득한 주식(합병구주)이 합병신주로 대체되는 경우는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제35조의2제4항에 따른 완전모회사등주식의 양도에 해당하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 2013.1.**. 완전자회사 ㈜ABC는 ｢상법｣ 제360조의15【주식의 포괄적이전에 의한 완전모회사의 설립】규정에 따라 ㈜DEF(완전모회사)를 설립함에 따라

  - ㈜ABC의 주주는 보유 중이던 ㈜ABC 주식을 ㈜DEF에 제공하고 그 대가로 ㈜DEF 주식을 제공받아 완전모회사인 ㈜DEF의 주주가 되었고, 주식양도차익에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제38조에 따른 과세이연을 적용받음

 ○2022년 완전자회사((주)ABC)가 완전모회사((주)DEF)를 적격합병(합병비율 1:1)하고자 하며,

  - 해당 합병에 따라 완전모회사(피합병법인)의 주주는 완전모회사의 주식을 완전자회사(합병법인)에 양도하고, 완전자회사(합병법인)의 주식을 취득할 예정

2. 질의내용

 ○주식의 포괄적 교환․이전에 따른 과세이연 후 완전모회사가 완전자회사에 적격합병되는 경우, 당초 과세이연받은 양도소득세의 추징사유인 조특령§35의2④에 따른 주식의 양도에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제38조【주식의 포괄적 교환․이전에 대한 과세특례】

 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 ｢상법｣ 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 ⁠“주식의 포괄적 교환등”이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

  1. 주식의 포괄적 교환․이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

  2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환․이전대가를 받은 경우 그 교환․이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환․이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  3. 완전자회사가 교환․이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 ｢법인세법｣ 제52조제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 해당 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알려야 하며, 완전자회사의 주주는 제1항에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부하여야 한다.

  1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

  2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

 ③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제35조의2【주식의 포괄적 교환․이전에 대한 법인의 과세특례】

 ① 내국법인(이하 이 조에서 ⁠“완전자회사”라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 ｢법인세법｣ 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 ⁠“완전모회사”라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 ⁠“주식의 포괄적 교환등”이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환․이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

  1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식(법 제38조제1항제2호에 따라 받은 교환․이전대가의 총합계액 중 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상인 경우에는 완전모회사의 완전모회사의 주식을 말한다. 이하 이 조에서 ⁠“완전모회사등주식”이라 한다)의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 ⁠“교환․이전대가”라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액

  2. 제1호의 금액과 교환․이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사등주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

 ③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 ｢법인세법｣ 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 ⁠“거주자등”이라 한다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.

  1. 교환․이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액

  2. 교환․이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액

 ④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

⑤ 법 제38조제1항제2호에 따라 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상 인지를 판정할 때 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 내에 취득한 완전자회사의 주식이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 교환ㆍ이전대가의 총합계액에 더한다.

 1. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제7항에 따른 지배주주가 아닌 경우: 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 완전자회사의 주식이 완전자회사의 발행주식총수의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식의 취득가액

 2. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제7항에 따른 지배주주인 경우: 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 주식의 취득가액

 ⑥ 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주”란 완전자회사의 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제3항에 따른 지배주주 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다.

  1. ｢법인세법 시행령｣ 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

  2. 주식의 포괄적 교환․이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

 ⑦～⑩ ⁠(생략)

 ⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령이 정하는 기간”이란 주식의 포괄적 교환․이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

 ⑫ 완전자회사의 주주는 제11항의 기간에 법 제38조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다.

  1. 완전자회사의 주주가 거주자등인 경우:해당 사유가 발생한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 법 제38조제1항에 따라 이연받은 세액(이연받은 세액 중 이미 납부한 부분과 이 조 제3항에 따라 납부한 세액을 제외한다)을 납부. 이 경우 완전모회사등주식을 양도하는 경우에는 그 취득가액을 주식의 포괄적 교환․이전일 현재 완전모회사등주식의 시가로 한다.

  2. 완전자회사의 주주가 법인인 경우:해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 제1항에 따라 압축기장충당금으로 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 익금에 산입

 ⑬ 법 제38조제3항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우:완전모회사 및 제6항에 따른 주주가 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  2. 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우:완전자회사가 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 ⑭～⑮ ⁠(생략)

○법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

  2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

  2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

  3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

  4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

  2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

 ① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우:다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 ⁠“해당 주주등”이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다.

  나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분하는 경우

  다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우

  라. 해당 주주등이 ｢조세특례제한법｣ 제38조․제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 현물출자 또는 교환․이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

  마. 해당 주주등이 ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

  바. 해당 주주등이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제34조제6항제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우

  사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

 ⑤ 법 제44조제2항제2호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등”이란 피합병법인의 제43조제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주등을 말한다.

  1. 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

  2. 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

  3. 기업인수목적회사와 합병하는 피합병법인의 지배주주등인 자

  4. 피합병법인인 기업인수목적회사의 지배주주등인 자

○상법 제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 ⁠“완전모회사”라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 ⁠“완전자회사”라 한다.

 ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 ⁠“주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

○상법 제360조의15【주식의 포괄적 이전에 의한 완전모회사의 설립】

 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전(이하 이 관에서 ⁠“주식이전”이라 한다)에 의하여 완전모회사를 설립하고 완전자회사가 될 수 있다.

 ② 주식이전에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 소유하는 그 회사의 주식은 주식이전에 의하여 설립하는 완전모회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 주식이전을 위하여 발행하는 주식의 배정을 받음으로써 그 완전모회사의 주주가 된다.

출처 : 국세청 2022. 10. 28. 서면-2022-법규재산-2300[법규과-3106] | 국세법령정보시스템