창고관리시스템(WMS) 투자세액공제 범위 및 적용율

요지

창고관리시스템이 생산성향상시설에 해당하는지는 시스템의 실질적인 내용에 따라 사실 판단할 사항이며, 외부업체의 개발 인건비 및 소프트웨어 비용이 자산의 취득에 직접적으로 관련이 있는 경우에는 투자금액에 포함됨

2017년 투자를 개시하여 2018년까지 진행된 시설투자 중 2018년 투자분에 대한 투자세액 공제율은 3%를 적용함

회신

(질의1) 물류활동을 구성하는 운송, 보관, 하역, 포장 등의 전체 물류기능을 유기적으로 결합하여 효율적인 물류관리를 수행하게 해주는 정보시스템은 생산성향상시설에 해당하여 공제 가능하나 특정 기능만 수행하는 설비를 개별적으로 구축하는 경우에는 공제 대상에 해당하지 않는 것으로, 질의법인의 창고관리시스템(WMS)이 이에 해당하는지는 구축된 시스템의 실질적인 내용에 따라 사실 판단할 사항입니다.
생산성향상시설에 해당될 경우 투자금액에는 해당 시스템의 하드웨어 및 소프트웨어 취득가액 외에 동 시스템구축을 위하여 직접 소요된 외주개발 인건비, 외부자문료, 설치비 등 기타 부대비용 중 ｢법인세법시행령｣ 제72조 제2항 제1호 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액을 포함하는 것입니다.
(질의2) 2017년에 생산성향상시설에 대한 투자를 개시하여 2018년에 완료한 경우, 2018년 투자분에 대하여는「조세특례제한법」(2017.12.17. 법률 제15227호로 개정된 것) 부칙 제10조 및 제43조에 따라 같은 법(2017.12.17. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제24조를 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 모회사가 생산한 제품에 대해 국내판매·해외판매 및 제품배달설치 업무를 전담하는 회사임

- 다양한 환경변화 대응을 위해 2017년 외부업체와 계약 체결하여 2018년 창고관리시스템(WMS) 신규 구축하였음

2. 질의내용

○ ⁠(질의1) 창고관리시스템(WMS)을 구축하기 위해 질의법인이 외부업체에 지급한 비용(개발인건비, 소프트웨어 공급)을 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 받을 수 있는지

○ ⁠(질의2) 내국법인이 2017년에 생산성향상시설에 대한 투자를 개시하여 2018년 12월에 완료된 경우

-「조세특례제한법」 부칙(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것) 규정에 따른 2017년∼2018년 투자분에 대한 생산성향상시설 투자세액공제율 적용방법(3% vs 1%)

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제24조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제】(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정된 것)

 ① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2017년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

  2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

  (중략)

 8. 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비

※ 조세특례제한법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정된 것)

제1조【시행일】 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】

① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제9조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례】

제24조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 투자하는 경우부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 제24조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제】(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정된 것)

 ① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2019년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

  2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

  (중략)

8. 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비

※ 조세특례제한법 부칙(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정된 것)

제1조【시행일】 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】

① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제10조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례】

제24조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 투자를 개시하는 경우부터 적용한다.

제43조 【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제에 관한 경과조치】 이 법 시행 전에 투자한 경우에 대해서는 제24조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

○ 조세특례제한법 제25조【특정 시설 투자 등에 대한 세액공제】 ⁠(2018. 12. 24. 법률 16009호로 개정된 것)

 ① 내국인이 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하거나 제4호에 해당하는 시설을 2021년 12월 31일까지 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우 또는 제5호 및 제6호에 해당하는 시설에 2019년 12월 31일까지 투자하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 상당하는 세액을 투자를 완료한 날 또는 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 생산성향상시설

  가. 대통령령으로 정하는 공정(工程) 개선 및 자동화 시설

  나. 대통령령으로 정하는 첨단기술시설

  다. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신시설, 그 밖의 유형·무형의 시설로서 감가상각기간이 2년 이상인 시설

 ② 제1항에 따라 공제할 금액은 제1항 각 호의 시설에 대한 투자금액 또는 취득금액(해당 시설에 딸린 토지의 매입대금은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 다음 표에 따른 공제율을 곱한 금액으로 한다.

※ 조세특례제한법 부칙(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정된 것)

제1조 【시행일】 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】

① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제9조 【특정 시설 투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례】

① 제25조 제1항 제1호부터 제3호까지, 제5호 및 제6호의 개정규정에 해당하는 시설에 적용되는 제25조 제2항의 개정규정에 따른 공제율은 이 법 시행 이후 투자하는 분부터 적용한다.

제41조 【특정 시설 투자 등에 대한 세액공제에 관한 경과조치】

① 2017년 12월 31일 이전에 종전의 제24조 제1항(제7호부터 제9호까지를 제외한다), 제25조 제1항(제3호를 제외한다, 이하 이항에서 같다)에 따른 투자(종전의 제25조 제1항에 따른 투자로서 중소기업이 투자하는 경우는 제외한다)를 개시하여 이 법 시행 이후에 투자하는 경우의 공제율에 관하여는 제25조 제2항의 개정규정 및 부칙 제9호 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다

② 종전의 제24조 제1항 제7호부터 제9호까지 또는 종전의 제25조 제1항 제3호에 해당하는 시설에 2019년 12월 31일까지 투자하는 경우에는 제25조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

(중략)

7. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

4. 관련예규

○ 서면인터넷방문상담2팀-239 , 2005.02.02

공급망관리시스템설비는 자재(물품)조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 통합적으로 관리할 수 있는 전용설비를 말하는 것으로 판매시점정보관리시스템, 유통표준코드시스템, EDI시스템 등 특정기능만 수행하는 설비를 개별적으로 구축하는 경우에는 세액공제대상에 해당하지 않는 것입니다.

○ 법규법인2012-103 , 2012.07.24

위 세법해석 사전답변의 사실관계와 같이 통신사업을 영위하는 내국법인이 급변하는 통신환경에 성공적으로 대응하기 위하여 차세대 통합시스템을 구축하는 과정에서 전사적관리시스템과 개별적으로 독립된 모듈을 개발 구축하는 경우로서

해당 내국법인이 통신상품 및 컨텐츠상품을 효율적으로 계획하고 개발하기 위한 Product, CMS 및 통신상품에 대한 주문과 설치를 관리하기 위한 OSS는 원자재 등의 외부공급자를 전자적 형태로 관리하기 위한 공급망관리 시스템설비 및 물류기업에 대한 경쟁력 향상을 위해 도입된 물류관리 시스템설비에 해당하지 아니하여 「조세특례제한법」 제24조제1항제6호 및 제8호에 따른 투자세액공제의 대상이 되지 아니하나

고객자료를 통합하고 이를 통해 축적된 고객정보를 분석하고 마케팅에 활용할 수 있도록 하기 위한 SDP는「조세특례제한법」 제24조제1항제7호에 따른 고객관계관리 시스템설비로 볼 수 있는 것으로,

개별 모듈이 「조세특례제한법」 제24조에 따른 투자세액공제 대상 설비에 해당하는지 여부는 종합적인 시스템 내에서 독립성, 그 실질용도 등에 비추어 사실 판단한 사항입니다

○ 서이46012-10656, 2002.03.28

조세특례제한법 제24조의 생산성향상시설투자에 대한 세액공제를 적용함에 있어서 전자적 기업자원관리설비(ERP)에 대한 투자의 범위는 ERP시스템의 하드웨어 및 소프트웨어 취득가액 외에 동 시스템구축을 위하여 직접 소요된 개발전담직원 인건비, 외부자문료, 설치비 등 기타 부대비용 중 법인세법시행령 제72조 제1항 제2호 또는 소득세법시행령 제89조 제1항 제2호의 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액을 포함하는 것임.

○ 법인세과-0942, 2009.08.27

｢조세특례제한법｣ 제24조의 생산성향상시설투자에 대한 세액공제를 적용함에 있어서 새로운 기능을 추가하여 성능을 향상시킨 새로운 전자적 기업자원관리설비(ERP)로 대체하기 위한 투자금액은 세액공제 대상에 해당하며, 이 경우 ERP에 대한 투자의 범위는 ERP시스템의 하드웨어 및 소프트웨어 취득가액 외에 동 시스템구축을 위하여 직접 소요된 개발전담직원 인건비, 외부자문료, 설치비 등 기타 부대비용 중 ｢법인세법시행령｣ 제72조 제1항 제2호 또는 ｢소득세법 시행령｣ 제89조 제1항 제2호의 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액을 포함하는 것입니다.

○ 사전-2018-법령해석법인-0279, 2018.06.26

내국법인이 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 2015년 건설에 착공하여 2018년에 완공하는 경우, 2018년 투자분에 대하여는 ⁠「조세특례제한법」(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것) 부칙 제10조부터 제12까지의 규정에 따라 같은 법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제24조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제】등을 적용하는 것입니다

○ 법규법인2013-25, 2013.02.15

제조업을 영위하는 내국법인이 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위하여 2011년부터 2013년까지 설비투자를 진행하는 경우, 2012년 투자분에 대하여는 ⁠「조세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 부칙 제10조에 따라 같은 법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제26조【고용창출투자세액공제】를 적용하는 것임

○법인세과-79, 2014.02.27.

2014.1.1.개정된 조세특례제한법 제25조의 2(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제)의 규정을 적용함에 있어서 동 개정규정(공제율 10%→3%)은 같은 법 부칙 제10조에 따라 이 법 시행일 이후 투자하는 분부터 적용하는 것으로

투자가 2개 이상의 사업연도에 걸쳐서 이루어지는 경우 같은 법 제25조의2 제2항의 규정에 따라 투자완료일이 속하는 사업연도에 투자세액공제를 적용하는 경우에도 2013.12.31. 이전 투자분에 대하여는 당해 투자금액의 100분10에 상당하는 금액을 세액공제하는 것입니다.

○법인세과-463, 2009.02.05

내국인이 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 별표 8의 3의 에너지절약시설에 2009. 12.31까지 투자하는 경우 당해 투자금액의 20% 상당액을 세액공제 받을 수 있는 것이며, 이 경우 에너지절약시설의 범위에 부지조성비 등은 포함되지 않는 것임

｢조세특례제한법｣ 제25조의 2의 개정 규정(법률 제9131호, 2008.9.26)은 2008.9.26 이후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용하는 것이며, 2008.9.26 당시 투자 진행 중에 있는 것으로서 2008.9.26 이후 투자분에 대하여는 개정규정에도 불구하고 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제하는 것임.

출처 : 국세청 2020. 07. 28. 서면-2020-법인-2806[법인세과-2703] | 국세법령정보시스템