비영리법인의 국제개발협력사업 위탁 용역 부가세 면제 적용

요지

주무관청의 허가를 받은 비영리법인이 개발도상국 지원을 위한 물 관련 수문조사 및 수문자료 관리 역량강화사업을 위탁받아 수행하고 사업비를 수취하는 경우 그 고유목적사업을 위하여 실비로 용역을 공급하는 때에는 부가가치세가 면제되는 것임

답변내용

｢물관리기본법｣ 제36조의2 및 ⁠「환경부 및 기상청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 환경부장관의 허가를 받아 설립된 비영리법인이 같은 법 제42조에 따라 환경부에서 시행하는 국제개발협력사업 중 일부 용역을 위탁받아 수행하면서 정부로부터 사업비를 수령하고 사업 완료 후 이를 정산하여 잔액을 반납하는 경우로서
해당 용역이 그 단체 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역에 해당하는 때에는 ⁠「부가가치세법」제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.
다만, 실비로 공급하는지 여부는 사실판단할 사항입니다.

 질의요지

 ○비영리법인이 정부로부터 ⁠‘○○○○ 수문조사 및 수문자료관리 역량강화 ODA’ 업무를 위탁받아 용역을 제공하고 사업비를 지급받는 경우 부가가치세가 면제되는지 여부

 사실관계

 ○ 신청법인은 정부와 유네스코의 협정 및 ｢물관리기본법｣에 따라 환경부 설립허가를 받아 설립된 재단법인으로

  -물 관련 개발도상국 지원을 위한 연구개발, 교육, 네트워크 활동을 수행하며 국고보조금을 주요 재원으로 운영하고 있음

 ○신청법인은 환경부에서 시행하는 국제개발협력사업지원(이하 ⁠“ODA*“) 중 일부를 관련 법령에 따라 위탁계약(이하 ⁠“본건계약”)을 체결하여 수행하고

   * Official Development Assistance : 개발도상국의 경제·사회발전 복지증진 등을 주목적으로 하는 공적개발원조

  -1차년도 사업비 *천만원을 환경부로부터 수령하였으며,

  -해당 위탁사업은 공적개발원조 사업으로 개발도상국 지원을 목적으로 하고, 신청법인은 사업 종료 후 잔액을 환경부에 반납하며,

  -환경부로부터 지급받은 위탁비는 아래와 같이 사용됨

 관련법령

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

   1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행규칙 제34조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

 ① 영 제45조제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】

  법 제16조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.

  1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

  2. ⁠「초·중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 의한 학교, ⁠「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업

  3. ⁠「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

  4. ⁠「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업

  5~7. 삭제

  8. 「법인세법」 제24조제2항제1호에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업

  9. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 「소득세법 시행령」 제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

 10. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

 11. 삭제

○ 법인세법 시행령 제39조 【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】

 ① 법 제24조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "공익법인등"이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.

   바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.

○ 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】

  학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

○ 물관리기본법 제42조【업무의 위임ㆍ위탁】

 ①환경부장관 또는 유역물관리위원회 위원장은 필요하다고 인정하면 제27조 및 제28조에 따른 해당 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 자에게 위임하거나 위탁할 수 있다.

○ 물관리기본법 시행령 제25조【업무의 위탁】

 ①법 제42조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 자를 말한다.

  8의2. 법 제36조의2제1항에 따른 유네스코 물안보국제연구교육센터

○물관리기본법 제36조의2【유네스코 물안보국제연구교육센터의 설립 등】

 ①｢국제연합교육과학문화기구(유네스코) 후원 물 안보 및 지속가능 수자원 관리 국제센터 설립에 관한 대한민국 정부와 유네스코 간의 협정｣의 이행을 장려하고, 세계 물 안보 및 지속가능한 물 관리를 증진하기 위하여 유네스코 물안보국제연구교육센터(이하 "물안보국제연구교육센터"라 한다)를 설립한다.

 ② 물안보국제연구교육센터는 법인으로 한다.

 ③ 물안보국제연구교육센터는 다음 각 호의 사업을 수행한다.

  1.세계 물 안보 및 지속가능한 물 관리에 관한 연구 및 콘텐츠 개발 사업

  2.세계 물 안보 및 지속가능한 물 관리에 관한 연구ㆍ교육 자료 및 그 밖의 출판물의 제작ㆍ보급 사업

  3.세계 물 안보 및 지속가능한 물 관리 증진을 위한 교육ㆍ훈련 및 역량강화 사업

     (이하 생략)

○ 환경부 및 기상청 소관 비영리법인의 설립과 감독에 관한 규칙 제1조 【목적】[시행 2017. 3. 15. 환경부령 제694호〕

  이 규칙은 ⁠「민법」에 따라 환경부장관 또는 기상청장이 주무관청이 되는 비영리법인의 설립과 감독에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

○ 환경부 및 기상청 소관 비영리법인의 설립과 감독에 관한 규칙 제4조 【설립 허가】

 ① 주무관청은 법인설립 허가신청의 내용이 다음 각 호의 기준에 맞는 경우에만 이를 허가한다.

  1. 법인의 목적과 사업이 실현 가능할 것

  2. 목적하는 사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어 있거나 확립될 수 있을 것

  3. 다른 법인과 같은 이름이 아닐 것

 ② 주무관청이 법인설립 허가신청을 받았을 때에는 특별한 사유가 없으면 14일 이내에 이를 심사하여 허가 또는 불허가의 처분을 하고, 이를 서면으로 신청인에게 통지하여야 한다.

출처 : 국세청 2021. 10. 28. 사전-2021-법령해석부가-1484[법령해석과-3770] | 국세법령정보시스템