토지 일괄양도 시 가액구분 불분명 인정 기준과 안분방법

요지

다수 필지의 토지를 일괄양도한 경우로서 해당 토지의 실지 거래가액이 기준시가에 의해 안분한 가액과 30%이상 차이가 나는 경우에는 토지의 가액 구분이 불분명한 때에 해당하는 것임

회신

토지와 토지를 함께 양도한 경우로서 구분기장한 토지의 가액이 해당 토지의 일괄 양도가액을「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우, 해당 토지의 가액은「소득세법」제100조제3항에 따라 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하는 것임

1. 사실관계

 ○ ⁠“☆☆☆”(이하 “자문대상양도자”라 함)은 ⁠“경기도 ○○시 소재 5필지의 토지”(이하 “쟁점토지”라 함)를 양도 후 양도소득세를 신고·납부하였으나

  - 쟁점토지 중 2필지의 양도가액과 관련하여, 매매계약서 상 구분기재된 실지거래가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30%이상 차이가 발생함

2. 질의내용

 ○ 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 기준시가로 안분한 가액과 30%이상 차이가 있는 경우 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 것으로 보는 바,

  -토지와 토지를 함께 양도하는 경우에도 상기 규정이 적용되는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

 ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

 ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

 ③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

 ④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

 ①～⑤ ⁠(생략)

 ⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」제62조제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는「상속세 및 증여세법」제62조제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

 (이 하 생 략)

○ 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

  법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 ⁠“건물등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

  1. 토지와 건물등에 대한「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 ⁠“기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ⁠「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제2조제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

  2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

  3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

○ 재일01254-2505, 1992.10.5.

   취득시기가 상이한 토지를 보유하다 일괄 양도하는 경우, 취득시기별로 각각 구분하여「소득세법」제100조 제1항에 따라 양도차익을 산정하는 것이며, 각 토지별 양도가액은 같은법 시행령 제166조 제6항에 따라 안분 계산하는 것임

○ 인천지법2011구합4873, 2013.2.15. ☞ 대법원(심리불속행)

   구 소득세법 제100조 제2항(2008.12.26.법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 ⁠“양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장 하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다”고 규정하고 있고，구 소득세법 시행령(2009.2.4.대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제6항은 ⁠“법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다”고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령(2008.12.3.대통령령 제21148호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조의2 제4항 단서 및 제1호는 토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고 있는바，실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 산정하여야 할 경우 중 토지와 건물 등 수개의 부동산을 일괄 거래한 경우에 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불가능한 때에는 양도자산별 기준시가에 비례하여 안분계산하는 방법으로 각각의 실지거래가액을 계산할 수 있다.

○ 서울행정법원2009구단11174, 2010.1.13. ☞ 대법원(심리불속행)

   소득세법 제100조 제2항은 ⁠‘토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고, 그 시행령 제166조 제6항은 ⁠‘토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다’고 규정하고 있는바, 위 각 규정들이 모두 ⁠‘토지와 건물 등’이라는 표현을 사용하고 있어 그 문언상 ⁠‘토지와 건물’이 일괄 양도되는 경우뿐만 아니라 ⁠‘토지와 토지’가 일괄 양도되는 경우에도 그 적용이 있음을 전제로 하고 있는 것으로 보이는 점, 위 각 규정은 토지와 건물은 물론 토지와 토지, 건물과 건물 등 수개의 자산을 일괄 거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 경우에 그 가액을 합리적인 산정방법으로 계산할 수 있도록 하는 데에 그 입법취지가 있는 점, 이 사건 각 토지의 실지취득가액이 불분명한 경우 필지별 양도가액을 기준으로 양도 당시 및 취득 당시의 기준시가에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 산정할 수밖에 없고, 이 사건 각 토지의 양수인이 추후 다시 이를 일괄 양도하거나 분리하여 양도한 경우에 이 사건 각 토지의 취득가액을 위와 같은 방법에 의하여 산정할 수밖에 없는 점 등에 비추어 보면, 소득세법 제100조 제2항 및 그 시행령 제166조 제6항은 토지와 건물 사이에 가액구분이 불분명한 때뿐만 아니라 토지와 토지 사이의 가액이 불분명한 경우에도 적용되는 것으로 해석되고, 위와 같은 해석이 그 문언의 의미를 넘은 유추, 확장해석이라고 보기 어렵다.

○ 수원지방법원2008구합2607, 2008.12.17. ☞ 대법원(심리불속행)

   양도차익 산정과 관련하여 소득세법 제100조 제2항은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산하되, 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있고, 제3항은 양도차익을 산정함에 있어 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 이에 따라 구 소득세법 시행령 제166조 제4항은 소득세법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명하고 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

(중략)

   이 사건 토지를 이 사건 건물과 별개로 320,000,000원에 양도하였다는 취지로 주장하나, 이에 부합하는 갑 제2호증의 기재는 위 인정사실에 비추어 믿지 아니하고, 갑 제4 내지 7호증, 갑 제10호증의 1 내지 3, 갑 제11호증의 1 내지 6의 각 기재만으로는 위 주장사실을 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 또한 그 규정의 문언과 형식에 비추어 볼 때 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제4항, 구 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호가 토지와 건물 등의 양도자가 동일한 경우에만 적용되는 것이라고 해석할 수도 없다.

출처 : 국세청 2016. 06. 17. 기준-2016-법령해석재산-0116[법령해석과-1987] | 국세법령정보시스템