요지

수익사업과 비영리사업을 겸영하는 경우 상시 근로자 수를 계산함에 있어 근로의 제공내용을 기준으로 구분함

회신

귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 수익사업(소비성 서비스업 제외)과 비영리사업을 겸영하는 비영리내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제29조의7의 고용증대세액공제 규정에 따른 상시 근로자 수를 계산함에 있어 근로 범위, 업무량 등을 고려하여 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 수익사업에 속한 상시 근로자로 하고, 근로의 제공이 주로 비영리사업에 관련된 것인 때에는 비영리사업에 속한 상시 근로자로 하는 것입니다.

1. 사실관계

○ A법인은 각종 시험·평가사업 및 국내외 품질인증사업, 기술감리사업 등을 영위하는 비영리내국법인으로

 - 국가연구위탁사업은 비영리사업으로 그 외 수탁연구사업은 수익사업으로 법인세 신고하고 있음

 ○ A법인에 종사하는 연구직원은 수익사업과 비영리사업을 같이 겸영하고 있고, 수익사업과 비영리사업의 인원은 별도 구분되지 않음

 ○ A법인은 고용증대세액공제를 적용함에 있어 2019사업연도 법인세 신고 시에는 전체 상시 근로자 수 증가인원에 대해 세액공제 신청하였으나

 - 2021사업연도 법인세 신고 시에는 상시 근로자 수를 수익사업과 비영리사업의 매출액 비율을 기준으로 안분하여 수익사업에 해당하는 상시 근로자 수 증가인원에 대하여만 세액공제 신청함

[연도별 상시근로자 수]

2. 질의내용

○ 수익사업과 비영리사업을 겸영하는 비영리내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제29조의7의 고용증대세액공제를 적용하는 경우 직원에 대한 상시 근로자 수 계산방법

3. 관련법령

○조세특례제한법 제29조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

 ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

  2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

   가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

   나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

○ 조세특례제한법 시행령 제26조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

 ② 법 제29조의7제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 상시근로자"란 제23조제10항에 따른 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)를 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

 ⑩ 제7항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자는「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.

  1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)

  2. ｢근로기준법」제2조제1항제9호에 따른 단시간근로자. 다만, 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자로 본다.

  3. ｢법인세법 시행령」제40조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원

  4. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자

  5. 제4호에 해당하는 자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 ｢국세기본법 시행령」제1조의2제1항에 따른 친족관계인 사람

  6. ｢소득세법 시행령」제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 아니하는 자

   가. ｢국민연금법」제3조제1항제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금

   나. ｢국민건강보험법」제69조에 따른 직장가입자의 보험료

○ 조세특례제한법 제143조【구분경리】

① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제136조【구분경리】

 ① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는「법인세법」제113조의 규정을 준용한다.

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득(淸算所得)

  3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

  1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

    (중략)

 ③ 법 제4조제3항제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란「소득세법」 제46조제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권 등의 매매익을 제외한다.

○ 법인세법 제113조【구분경리】

 ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제156조【구분경리】

 ① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제75조【구분경리의 범위】

 ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

 ② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조제6항제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

○ 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

 ① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

 ⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

  1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

  2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

  3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

 ⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

○ 법인세법 기본통칙 113-156…1【비영리내국법인의 급여액등의 구분계산】

  수익사업과 비영리사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여상당액(복리후생비, 퇴직금 및 퇴직급여충당금전입액을 포함한다)은 근로의 제공내용을 기준으로 구분한다. 이 경우 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고 근로의 제공이 주로 비영리사업에 관련된 것인 때에는 이를 비영리사업에 속한 비용으로 한다.

출처 : 국세청 2023. 02. 09. 기준-2022-법무법인-0180[법무과-964] | 국세법령정보시스템