요지

지자체와 맺은 위·수탁협약에 따라 운영하는 병원에서 발생하는 손익으로서 지자체에 전부 귀속되는 경우 법인세 납세의무
➠ 지자체에 전부 귀속되는 경우, 해당 소득은 법인세 납세의무가 없음

답변내용

귀 세법해석 사전답변 신청의 경우, 아래의 해석사례를 참고하시기 바랍니다.

○ 사전-2020-법령해석법인-1197, 2020.12.24.
귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 국토교통부가 AA병원을 설치한 후 관리․운영을 비영리의료법인에게 위탁하고, 해당 병원에서 발생하는 수익과 비용이 국토교통부에 귀속되는 경우 AA병원에서 발생한 소득에 대해서는 ｢법인세법｣ 제3조 제2항에 따라 법인세를 납부할 의무가 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 장애어린이와 그 가족이 지역사회의 구성원으로서 건강하게 생활할 권리를 보장하기 위해 치료, 교육, 돌봄 기능을 제공하고자 00광역시는 ｢장애인 건강권 및 의료접근성 보장에 관한 법률｣에 근거하여 2022년 중 00병원 설치 및 운영조례를 제정함으로써 공공어린이재활병원의 설치근거를 마련하였고

  - 2023년 중 00병원(이하 ⁠‘신청법인’)의 개설자로서 의료기관개설허가증을 발급하였으며, 신청법인이 위치한 병원부지 및 건물에 대해 소유권 보존등기*를 하였음

   * 토지 및 건물의 등기부상, 소유자는 00광역시임

 ○ 00광역시는 해당 조례 제21조의 요건을 갖춘 상급종합병원에게 운영을 위탁할 수 있는바, 신청법인의 설립·관리·운영을 2018년 12월부터 신청일 현재까지 00대학교병원에 위탁하였으며

  - 위･수탁협약서에 따라 신청법인의 관리·운영과 관련하여 취득한 재산 및 발생한 수익과 비용은 모두 00광역시에 귀속됨

 ○ 한편, 00대학교병원은 신청법인의 설립 및 운영을 00광역시로부터 위탁받아 고유번호증을 발급받는 방식으로 신청법인의 설립을 추진하였으나, 최초 예상하지 못한 수익사업(병원 일부 공간임대)의 발생으로 인해 사업자등록을 하게 되었음

2. 질의요지

 ○ 비영리법인이 지자체로부터 위탁받아 관리･운영 중인 병원에서 발생하는 수익과 비용의 전부가 지자체에 귀속되는 경우

  - 해당 병원에서 발생하는 소득에 대한 법인세 신고·납부의무

3. 관련 법령

○ 법인세법 제3조【납세의무자】

② 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

 1. 각 사업연도의 소득

 2. 청산소득(淸算所得)

 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 ｢통계법｣ 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 2. ｢소득세법｣ 제16조제1항에 따른 이자소득

 3. ｢소득세법｣ 제17조제1항에 따른 배당소득

 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

 6. ｢소득세법｣ 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

 가. 「사회복지사업법」 제34조에 따른 사회복지시설 중 사회복지관, 부랑인ㆍ노숙인 시설 및 결핵ㆍ한센인 시설

 나. 「국민기초생활보장법」 제15조의2제1항 및 제16조제1항에 따른 중앙자활센터 및 지역자활센터

 다. 「아동복지법」 제52조제1항에 따른 아동복지시설

 라. 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외한다)

 마. 「노인장기요양보험법」 제2조제4호에 따른 장기요양기관

 바. 「장애인복지법」 제58조제1항에 따른 장애인복지시설 및 같은 법 제63조제1항에 따른 장애인복지단체가 운영하는「중증장애인생산품 우선구매 특별법」제2조제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설

 사. 「한부모가족지원법」 제19조제1항에 따른 한부모가족복지시설

 아. 「영유아보육법」 제10조에 따른 어린이집

 자. 「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제9조제1항에 따른 지원시설, 제15조제2항에 따른 자활지원센터 및 제17조제2항에 따른 성매매피해상담소

 차. 「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」 제3조제6호 및 제7호에 따른 정신요양시설 및 정신재활시설

 카. 「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제10조제2항 및 제12조제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설

 타. ⁠「입양특례법」 제20조제1항에 따른 입양기관

 파. 「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제5조제2항 및 제7조제2항에 따른 가정폭력 관련 상담소 및 보호시설

 하. 「다문화가족지원법」 제12조제1항에 따른 다문화가족지원센터

 거. 「건강가정기본법」 제35조제1항에 따른 건강가정지원센터

출처 : 국세청 2024. 07. 11. 사전-2024-법규법인-0215 | 국세법령정보시스템