임대사업자 등록 없는 장기임대 다가구주택 양도 면제 여부

요지

구「임대주택법」상 임대사업자 등록은 하지 아니하였으나 2000년 12월 31일 이전에 국민주택규모에 해당하는 다가구주택 5호 이상 임대를 개시하여 10년 이상 임대한 주택을 양도하는 경우에는 ⁠「조세특례제한법」제97조에 따른 양도소득세 면제를 적용받을 수 있는 것임

답변내용

위 사전답변 신청의 경우, 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택규모에 해당하는 다가구주택을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는
구「임대주택법」에 따라 임대사업자등록을 하지 않은 경우라도「조세특례제한법」제97조에 따른 양도소득세 면제를 적용받을 수 있는 것이며 이에 해당하는지는 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항입니다.
이 경우 조세특례제한법」제133조에 따른 감면한도는 적용받지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○1999.3.12. 신청인은 아래의 다가구주택(이하 ⁠“쟁점주택”) 취득함

 ○1999.4.26. 세무서에 사업자등록(부동산/장기임대다가구주택)함

  - 임대 당시 다가구주택이 ⁠(구)임대주택법에 의한 임대사업자등록이 불가하여 관할 지방자치단체에 임대사업자등록을 하지 못함

  * 쟁점주택은 국민주택규모이며, ´00.12.31. 이전에 5호 이상의 주택을 임대개시하여 10년 이상 임대한 사실을 전제함

 ○2021.10.20. 쟁점주택 매매계약 체결(잔금일 2021.12.20.)

2. 질의요지

○ 구「임대주택법」상 임대사업자 등록은 하지 아니하였으나 2000.12.31. 이전에 5호 이상 임대를 개시하여 10년 이상 임대한 주택을 양도하는 경우「조세특례제한법」제97조에 따른 감면을 전액 적용받을 수 있는지와 감면세액에 한도가 있는지 여부

3. 관련 법령

 ○ 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

  ①대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 ⁠「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

   1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

   2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

  ②소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

  ③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

  ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다

  ② 법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 「소득세법 시행령」 제122조제4항 및 제5항을 준용한다.

  ③ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

  ④ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

   1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료

 2. 임대차계약서 사본

 3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본. 이 경우 「주민등록법」 제29조제1항에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.

 4. 삭제

 5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

  ⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

 1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

 2. 삭제

 3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

 3의2. 삭제

 4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

 5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

  ⑥ 법 제97조제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기부 등본 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다.

 ○조세특례제한법 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】

  ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

   1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

   2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

   가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

   나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

 ○농어촌특별세법 제2조【정의】

  ① 이 법에서 "감면"이란 ⁠「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 ⁠「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다

   1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

 ○농어촌특별세법 제3조【납세의무자】

  다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

   1. 제2조제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자

 ○농어촌특별세법 제5조【과세표준과 세율】

  ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

○민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

   7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

 ○민간임대주택에 관한 특별법 제5조【임대사업자의 등록】

  ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

  ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

   1. 삭제

   2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

   3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

 ○민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조【임대사업자 등록 및 변경신고 등】

  ④ 제3항에 따라 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 신청서를 받은 경우에는 즉시 임대사업자의 주소지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 이송하여야 한다.

  ⑤ 제3항 또는 제4항에 따라 신청서를 받은 임대사업자의 주소지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 등록기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는 등록대장에 올리고 신청인에게 등록증을 발급하여야 한다.

 ○임대주택법(2015.08.28. 법률 제13499호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1.“임대주택”이란 임대 목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

   4. ⁠“임대사업자”란 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사, 지방공사, 제6조에 따라 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제7조에 따라 설립된 임대주택조합을 말한다.

 ○임대주택법(2015.08.28. 법률 제13499호로 개정되기 전의 것) 제6조【임대사업자의 등록】

  ①대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 ⁠“시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

  ②제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

  ③제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○임대주택법 시행령(2015.12.28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제7조【임대사업자의 범위 및 등록 기준 등】

  ①법 제6조제1항에서 "대통령령으로 정하는 호수"란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(호수) 또는 세대를 말한다.

   1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

   2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대

 ○임대주택법 시행령 (2008.11.26. 대통령령 제21134호로 개정되기 전의 것) 제7조【임대사업자의 범위 및 등록 기준 등】

  ①법 제6조제1항에서 "대통령령으로 정하는 호수"란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(호수) 또는 세대를 말한다.

   1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

   2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 5호, 공동주택은 5세대

 ○주택법 제2조 【정의】

   2. "단독주택"이란 1세대가 하나의 건축물 안에서 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다.

   3. "공동주택"이란 건축물의 벽ㆍ복도ㆍ계단이나 그 밖의 설비 등의 전부 또는 일부를 공동으로 사용하는 각 세대가 하나의 건축물 안에서 각각 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다.

   6. "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

 ○주택법 시행령 제2조 【단독주택의 종류와 범위】

  ⁠「주택법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제2호에 따른 단독주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

   1. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호가목에 따른 단독주택

   2. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호나목에 따른 다중주택

   3. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택

 ○ 건축법 시행령 별표1 ⁠(용도별 건축물의 종류)

   1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집·공동생활가정·지역아동센터·공동육아나눔터(「아이돌봄 지원법」제19조에 따른 공동육아나눔터를 말한단]·작은도서관(「도서관법」제2조제4호가목에 따른 작은도서관을 말하며, 해당 주택의 1층에 설치한 경우만 해당한다. 이하 같다) 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

    다. 다가구주택 : 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

     1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

     2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

     3) 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

출처 : 국세청 2021. 11. 18. 사전-2021-법령해석재산-1574[법령해석과-4013] | 국세법령정보시스템