요지
내국법인이 「법인세법」 제46조 제2항에 따른 요건을 갖추어 인적 분할하는 경우 분할등기일 현재 이월된 공제세액은 「법인세법」 제46조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제82조의4 제2항에 따라 분할신설법인이 승계하여 세액공제를 적용받을 수 있는 것임
회신
내국법인이 「법인세법」 제46조 제2항에 따른 요건을 갖추어 인적 분할하는 경우 분할법인이 분할 전에 적용받던 「조세특례제한법」 제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 중 분할등기일 현재 이월된 공제세액은 「법인세법」 제46조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제82조의4 제2항에 따라 분할신설법인이 승계하여 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다.
1. 사실관계
○ 질의법인(인수법인)은 ’17.2월 피인수법인*의 발행주식 전부(자기주식분 제외)를 취득하면서 기존 영유아 사업부에 피인수법인을 편입함
* (피인수법인) 기술혁신형 세액공제 대상 주식을 발행한 법인
- 피인수법인은 ’00년 설립된 영유아 식품 제조업 법인으로, 중소기업 기술혁신 촉진법에 따라 기술혁신 중소기업에 선정되었음
○ 질의법인은 법인세 신고 시 피인수법인 주식취득과 관련하여 조특법 §12의4①에 따른‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제’를 신청
○ ’20. 12. 31. 질의법인은 영유아 사업부를 적격분할하여 분할신설법인을 설립하고 피인수법인의 지분 전부를 분할신설법인에 이전함
- 분할 당시 ‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제’ 미공제세액 존재
2. 질의내용
○ 적격분할 신설법인이 분할 전「기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제」미공제 세액을 승계 가능한지 여부
3. 관련법령
○ 법인세법 제46조의3【적격 분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례】
① 제46조제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 분할신설법인등은 제46조의2에도 불구하고 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제46조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.
② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할법인등의 분할등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 분할법인등이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.
③～⑤ (생략)
⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법 제46조의4【분할 시 이월결손금 등 공제 제한】
① 분할합병의 상대방법인의 분할등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 분할합병의 상대방법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조제4항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 제46조의3제2항에 따라 분할신설법인등이 승계한 분할법인등의 결손금은 분할법인등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 분할신설법인등의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.
③ 생략
④ 제46조의3제2항에 따라 분할신설법인등이 승계한 분할법인등의 감면 또는 세액공제는 분할법인등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법 제46조의5【분할 후 분할법인이 존속하는 경우의 과세특례】
① 내국법인이 분할(물적분할은 제외한다)한 후 존속하는 경우 분할한 사업부문의 자산을 분할신설법인등에 양도함으로써 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 분할법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 분할법인이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액
2. 분할법인의 분할한 사업부문의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액
② 제1항에 따른 양도손익의 계산에 관하여는 제46조제2항 및 제3항을 준용한다.
③ 분할신설법인등에 대한 과세에 관하여는 제46조의2, 제46조의3 및 제46조의4를 준용한다. 다만, 분할법인의 결손금은 승계하지 아니한다.
○ 법인세법 시행령 제82조의4【적격분할 과세특례에 대한 사후관리】
① 분할신설법인등은 법 제46조의3제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 분할등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 분할법인등의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 자산조정계정의 처리에 관하여는 제80조의4제1항을 준용한다.
② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할법인등이 분할 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 분할신설법인등이 그 요건 등을 갖춘 경우에만 이를 적용하며, 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따라 승계받은 사업에 속하는 감면 또는 세액공제에 한정하여 적용받을 수 있다.
1. 이월된 감면ㆍ세액공제가 특정 사업ㆍ자산과 관련된 경우: 특정 사업ㆍ자산을 승계한 분할신설법인등이 공제
2. 제1호 외의 이월된 감면ㆍ세액공제의 경우: 분할법인등의 사업용 고정자산가액 중 분할신설법인등이 각각 승계한 사업용 고정자산가액 비율로 안분하여 분할신설법인등이 각각 공제
③～⑨ (생략)
○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】
① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.
1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것
2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것
가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130
나. 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)
4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것
5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것
② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 "현재지분비율"이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.
1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우
2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우
3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.
가. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우
나. 「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우
다. 제13조제1항제1호에 따른 중소기업창업투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다)
③ 제1항제5호 및 제2항제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.
④ 제1항 및 제2항에 따른 매입가액 및 피인수법인의 순자산시가의 계산, 지배주주등의 범위, 종전에 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】
① 법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.
② 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.
1. 취득일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업
2. 취득일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업
3. 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업
4. 취득일까지 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업
가. ～ 사. 생략
③ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 「법인세법 시행령」 제2조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 특수관계인 여부는 취득일을 기준으로 판단한다.
④ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술가치 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다.
1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일이 속하는 사업연도 종료일 현재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가에 해당 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.
2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액
가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액
나. 취득일이 속하는 사업연도 종료일 현재의 지분비율
⑤ ～ ⑦ 생략
⑧ 법 제12조의4제1항제5호 및 같은 조 제2항제2호에 따른 피인수법인의 사업의 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2제7항을 준용한다.
⑨ 법 제12조의4제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다. 다만, 법 제12조의4제2항제3호의 경우는 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 4년으로 한다.
⑩ ～ ⑫ 생략
출처 :
국세청 2022. 04. 01. 서면-2021-법인-7022[법인세과-501] | 국세법령정보시스템
