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비영리법인 교회 주택 양도 고유목적사업 사용 시 법인세 과세 여부

서면-2021-법인-6707[법인세과-326]  ·  2022. 02. 28.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 교회 등 비영리내국법인이 집회소로 사용하던 주택을 3년 이상 직접 사용 후 양도할 경우, 해당 주택 처분 수입이 법인세 과세 대상에 해당하는지 궁금합니다.

S요약

비영리내국법인이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산을 처분하는 경우, 수익사업은 제외되며 단서 규정이 적용됩니다. 교회가 집회소 용도로 취득해 사용한 주택의 일부를 양도할 때 해당 자산이 고유목적에 직접 사용되었는지는 주택의 용도 및 실제 사용현황 등 제반사정을 종합적으로 판단해야 합니다.
#비영리법인 #교회 #고유목적사업 #집회소 #주택 양도 #법인세
핵심 정리

R회신 내용 서면-2021-법인-6707[법인세과-326]  ·  2022. 02. 28.

  • 회신 주체·출처: 국세청 서면-2021-법인-6707[법인세과-326] (2022-02-28)
  • 비영리내국법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산을 처분하면, 해당 수입에는 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서 및 같은 법 시행령 제3조 제2항의 비과세 규정이 적용될 수 있습니다.
  • 해당 주택이 교회의 고유목적사업(예: 집회소) 수행에 직접 사용되었는지 여부는 주택의 용도, 보유목적, 실제 사용현황, 수익사업 사용 여부 등 제반사정을 종합적으로 판단할 필요가 있습니다.
  • 특정 기간 동안 건물의 일부라도 수익사업에 사용되었다면 해당 부분은 고유목적사업 직접사용 요건에 해당하지 않을 수 있습니다.
  • 결과적으로 고유목적사업에 직접 3년 이상 사용 사실이 인정될 경우에만 비과세가 가능함을 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제4조 제3항 제5호: 비영리내국법인의 유형자산 및 무형자산 처분수입은 원칙적으로 수익사업 소득에 포함되나, 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분에 대해 대통령령이 정하는 수입은 제외함
  • 법인세법 시행령 제3조 제2항: 3년 이상 정관 또는 법령상 고유목적사업에 직접 사용한 유형·무형자산 처분수입은 수익사업소득에서 제외
  • 법인세법 시행령 제3조 제1항: 고유목적사업과 수익사업의 구분, 고유목적 직접사용 요건 및 부수수입 규정
사례 Q&A
1. 비영리 교회가 3년 이상 예배 목적으로 사용한 주택을 양도하면 법인세가 과세되나요?
답변
3년 이상 고유목적사업(예배 등)에 직접 사용한 주택을 양도한 경우에는 일반적으로 법인세가 과세되지 않을 수 있습니다.
근거
법인세법 제4조 제3항 제5호 및 시행령 제3조 제2항에 따라 고유목적사업 직접사용 요건 충족 시 비과세 규정이 적용됩니다.
2. 교회 주택 일부만 집회소 용도로 쓰고 일부를 주거용으로 쓴 경우 전체가 비과세 대상인가요?
답변
건물 일부만 고유목적사업에 직접 사용했다면, 해당 부분만 비과세 대상이 될 가능성이 있습니다.
근거
주택의 용도, 사용현황 등을 종합해 고유목적사업 직접사용 범위를 판단해야 한다고 회신하였습니다.
3. 비영리법인이 보유 건물을 3년 미만 사용하고 처분한 경우 비과세가 적용되나요?
답변
3년 이상 직접사용 요건을 충족하지 못한 경우에는 비과세 적용이 제한될 수 있습니다.
근거
법인세법 시행령 제3조 제2항은 처분일 기준 3년 이상 직접사용이 비과세의 요건임을 명확히 규정합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산을 처분한 경우에 적용되는 것임

회신

「법인세법」제4조 제3항 제5호 단서 및 같은 법 시행령 제3조 제2항의 규정은 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산을 처분한 경우에 적용되는 것이며, 귀 질의의 경우 해당 주택이 교회의 고유목적사업에 직접 사용되었는지는 주택의 용도, 보유목적, 사용현황, 수익사업 여부 등 제반사항을 종합하여 사실판단 할 사항입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 ’99. 12월 교회 집회소 용도로 사용하기 위해 토지와 지상 1층 주택건물을 취득하였으며, ’02. 10월경 지상 2층으로 증축

 ○ 쟁점주택건물의 지하 1층과 지상 2층은 집회소 용도로 사용하고 있고 지상 1층은 주택과 일부 교회 주방의 용도로 사용하고 있음

2. 질의내용

 ○ 법인으로 보는 단체인 교회가 집회소 용도로 취득한 주택을 3년 이상 사용하고 양도하는 경우 법인세 과세대상인지 여부

3. 관련법령

○ 법인세 제4조 【과세소득의 범위】

 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득(淸算所得)

  3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

 ② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

  3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

  4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

  5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

  6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

  7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

 ② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

출처 : 국세청 2022. 02. 28. 서면-2021-법인-6707[법인세과-326] | 국세법령정보시스템