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장기임대주택 취득 순서와 거주주택 비과세 특례 적용

서면-2021-부동산-5372[부동산납세과-862]  ·  2022. 04. 12.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 장기임대주택 취득 이전에 입주권 매매계약을 통해 새로운 주택을 취득하고, 이후 장기임대주택을 취득한 경우 입주권 완공 후 취득한 주택을 양도할 때 거주주택 비과세 특례의 종전규정을 적용할 수 있는지요?

S요약

장기임대주택을 보유하지 않은 상태에서 기존 주택을 보유하다가 2019.2.12. 전에 입주권 매매계약을 체결하고, 2019.2.12. 이후 장기임대주택을 취득한 후 입주권 완공 주택을 양도하는 경우 비과세 특례의 종전규정을 적용할 수 없는 것으로 판단됩니다.
#장기임대주택 #입주권 #비과세 특례 #거주주택 #소득세법 시행령 #부칙 제7조
핵심 정리

R회신 내용 서면-2021-부동산-5372[부동산납세과-862]  ·  2022. 04. 12.

  • 회신 주체·출처: 국세청 서면-2021-부동산-5372[부동산납세과-862], 2022-04-12
  • 장기임대주택을 보유하지 않는 상태에서 기존 주택(A)을 보유하다가, 2019.2.12. 전에 입주권(B) 매매계약을 체결하고 2019.2.12. 이후 장기임대주택(C)을 취득했다면, 입주권(B) 완공 이후 취득 주택을 재차 양도하는 경우 종전 규정 비과세 특례를 적용할 수 없는 것으로 회신하였습니다.
  • 소득세법 시행령 부칙 제7조는 “이 영 시행 전에 거주주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우” 등에 종전규정 적용을 허용하나, 본 사례처럼 장기임대주택을 2019.2.12. 이후에 취득한 경우에는 적용하지 않는다는 취지입니다.
  • 2018.7. 입주권 매매계약 체결 후 2020.7. 장기임대주택 등록 → 2022.10. 입주권 완공 취득 및 이후 양도예정의 사실관계에서 종전 비과세 특례 불인정 안내가 명확히 이루어졌습니다.
  • 비슷한 사안(서면-2020-법령해석재산-1464)에서도 ‘장기임대주택을 나중에 취득한 경우 종전규정 적용 배제’ 결론이 확인됩니다.

L관련 법령 해석

  • 소득세법 제89조: 1세대 1주택 비과세 요건과 양도소득세 비과세 규정
  • 소득세법 시행령 제154조: 1세대 1주택 범위 및 보유·거주기간 기준
  • 소득세법 시행령 제155조 제20항: 장기임대주택+거주주택 보유 시 1주택 간주 및 비과세 특례 요건
  • 소득세법 시행령 부칙 제7조: 주택임대사업자 거주주택 양도소득세 비과세 특례 개정 적용 시기·종전규정 적용요건
  • 소득세법 시행령 제167조의3: 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위 및 장기임대주택 제외 요건
사례 Q&A
1. 장기임대주택보다 먼저 입주권을 매수한 뒤 임대주택을 취득하면 종전 비과세 특례가 될까?
답변
입주권 매매계약이 2019.2.12. 전에 체결되고 계약금이 지급되었더라도, 장기임대주택을 2019.2.12. 이후에 취득했다면 종전 비과세 특례 규정은 적용되지 않는 것으로 보입니다.
근거
국세청 2022-04-12 회신에서 장기임대주택의 취득 시점 요건 불충족 시 특례 적용 제외를 명확히 하였습니다.
2. 거주주택 비과세 특례에서 입주권과 임대주택의 취득 순서가 중요한가요?
답변
예, 입주권 취득 후 장기임대주택을 나중에 취득한 경우는 비과세 종전규정과 무관하게 특례 적용이 배제될 수 있습니다.
근거
소득세법 시행령 부칙 제7조 및 국세청 유권해석이 취득 시점의 순서를 판단 기준으로 제시합니다.
3. 종전 규정 비과세가 안 되는 상황에서 실무상 주의점은?
답변
입주권이나 신규 주택의 매매계약, 장기임대주택 등록 시점을 정확히 관리하여 요건을 충족해야 세금 실수를 예방할 수 있습니다.
근거
국세청 해석 및 관련법령에 따라 계약 체결, 등록, 양도시점 등 사실관계 관리가 핵심 실무 포인트임을 알 수 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

거주주택 비과세 특례를 적용함에 있어 장기임대주택을 보유하지 않는 상태에서 주택(A)을 보유하다가 새로운 주택을 취득하기 위하여 2019.2.12. 전에 입주권(B) 매매계약을 체결하고 2019.2.12. 이후 장기임대주택을 취득한 경우로서 입주권(B)이 완공되어 취득한 주택을 거주주택(A)에 이어 재차 양도하는 경우 「소득세법 시행령」부칙 제7조에 따른 종전규정을 적용할 수 없는 것임

회신

「소득세법 시행령」 제155조제20항에 따른 거주주택 비과세 특례를 적용함에 있어 장기임대주택을 보유하지 않는 상태에서 주택(A)을 보유하다가 새로운 주택을 취득하기 위하여 2019.2.12. 전에 입주권(B) 매매계약을 체결(계약금을 지급한 사실이 확인되는 경우)하고 2019.2.12. 이후 장기임대주택을 취득한 경우로서 입주권(B)이 완공되어 취득한 주택을 거주주택(A)에 이어 재차 양도하는 경우 「소득세법 시행령」(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 부칙 제7조에 따라 종전규정을 적용할 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

’15.6.

’18.7.

’20.1.

’20.7.

’22.9.

’22.10.

’27.

---▴--------▴-------▴--------▴--------▴-------▴--------▴---

A주택 취득

B입주권

취득

C주택

취득

C주택

임대주택 등록

A주택 

양도

B주택

취득

B주택

양도 예정

 -’15. 6.

A주택 취득(실거주)

 -’18. 7.

B입주권 취득(매매계약 체결 및 계약금 지급)

 -’20. 1.

C주택 취득

 -’20. 7.

C주택 임대주택으로 등록

 -’22. 9.

A주택 양도(거주주택 비과세 특례)

 -’22.10.

B입주권 완공되어 B주택 취득

 -’27.

B주택 실거주 후 양도예정

2. 질의내용

「소득세법 시행령」 제155조제20항에 따른 거주주택 비과세 특례를 적용함에 있어 장기임대주택을 보유하지 않는 상태에서

  -2019.2.12.전에 새로운 거주주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 확인되는 입주권(B)과 거주주택(A), 장기임대주택(C)을 2019.2.12. 전에 취득하는 경우로서,

  -입주권(B)이 완공되어 취득한 주택을 거주주택(A)에 이어 재차 양도하는 경우 종전 거주주택 비과세 특례 규정을 적용하여 비과세 가능한지 여부

3. 관련법령

소득세법 제89조(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것, 이하 같음)【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것, 이하 같음) 제154조【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

* 부칙 제2조(1세대 1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등)

 ①제154조제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 제154조제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항제3호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

  1. 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택

  2. 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)

소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것)

 ⑳ 제167조의3제1항제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

   1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

   2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것

*부칙

제7조(주택임대사업자 거주주택 양도소득세 비과세 요건에 관한 적용례 등)

① 제154조제10항제2호 및 제155조제20항(제2호는 제외한다)의 개정규정은 이 영 시행 이후 취득하는 주택부터 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 제154조제10항제2호, 제155조제20항(제2호는 제외한다)의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

 1. 이 영 시행 당시 거주하고 있는 주택

 2. 이 영 시행 전에 거주주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 주택

소득세법 시행령 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것)

 ① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

  2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). ⁠(단서생략)

  가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

4. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면-2020-법령해석재산-1464, 2021.03.08.

  장기임대주택을 보유하지 않은 상태에서 주택분양권(A)을 보유하다가 새로운 주택을 취득하기 위하여 ’19.2.12. 전에 추가로 주택분양권(C) 매매계약을 체결하고 ’19.2.12. 이후 장기임대주택을 취득하는 경우,

 ’19.2.12. 전에 새로운 주택을 취득하기 위하여 매매계약한 주택분양권(C)은 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 부칙 제7조에 따른 종전 규정을 적용받을 수 없는 것입니다.

○ 서면-2021-법령해석재산-1409, 2021.04.27.

  「소득세법 시행령」 제155조제20항에 따른 거주주택 비과세 특례를 적용함에 있어 2019.2.12. 전에 새로운 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 확인되는 주택분양권(D)과 「소득세법 시행령」 제155조제20항에 따른 거주주택(A), 장기임대주택(B,C)을 2019.2.12. 전에 취득하는 경우로서,

  주택분양권(D)이 완공되어 취득한 주택을 거주주택(A)에 이어 재차 양도하는 경우 「소득세법 시행령」 (’2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 부칙 제7조에 따라 종전규정을 적용받을 수 있는 것입니다.

출처 : 국세청 2022. 04. 12. 서면-2021-부동산-5372[부동산납세과-862] | 국세법령정보시스템