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감면대상소득 계산 시 비감면사업 인원 제외 가능 여부
사전-2024-법규법인-0994 · 2025. 03. 18.Q질의내용
- 본사 지방이전 감면을 적용받던 법인이 수도권 내 소재 법인을 흡수합병하여 감면사업과 비감면사업을 겸영하게 된 경우, 감면대상소득 계산 및 사후관리 시 비감면사업의 근무인원과 급여 등이 포함되는지 궁금합니다.
S요약
R회신 내용 사전-2024-법규법인-0994 · 2025. 03. 18.
- 국세청 사전-2024-법규법인-0994 회신 및 법인세과-76(2010.1.27.) 해석 사례에 따르면, 감면대상소득 계산 및 사후관리에서 비감면사업의 근무인원, 급여 등은 제외하여 산출하는 것이 타당하다고 안내하였습니다.
- 이는 감면대상 소득의 범위는 본사 지방이전 요건에 따라 세액감면 대상이 되는 사업부문으로 한정되며, 비감면사업 실적(피합병법인의 소득, 인원, 급여 등)은 감면소득 계산 및 사후 관리 판단에서 제외하는 것이 원칙임을 명확히 하였습니다.
- 구분경리 의무(조세특례제한법 제143조, 시행령 제136조)는 감면사업과 비감면사업의 회계를 별도 관리하도록 규정하고 있습니다.
- 따라서, 수도권 내 법인 합병 등으로 감면사업과 비감면사업이 혼재된 경우에도 감면대상 소득, 인원 등 산정 시 감면사업만을 기준으로 하며, 합병으로 승계된 비감면사업 부분은 해당 계산에서 제외됩니다.
- 출처: 국세청 사전-2024-법규법인-0994(2025.03.18.), 법인세과-76(2010.1.27.) 해석사례, 조세특례제한법 등 관련 규정
L관련 법령 해석
- 조세특례제한법 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면): 수도권과밀억제권역 외 이전 및 요건 충족 시 법인세 감면 특례
- 조세특례제한법 제143조(구분경리): 감면대상사업과 비감면사업을 구분하여 경리할 의무
- 조세특례제한법 시행령 제60조의2(법인의 공장 및 본사 이전 법인세 감면): 수도권 안의 사무소, 근무인원 요건 및 관리기준
- 조세특례제한법 시행령 제136조(구분경리): 구분경리에 관한 법인세법의 준용
- 법인세과-76, 2010.1.27. 해석사례: 합병 시 피합병법인 소득·급여·인원 등은 감면소득 계산에서 제외
* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
요지
감면대상소득 계산 및 사후관리 여부 판단 시 비감면사업의 인원 등을 제외하여 계산함
답변내용
귀 세법해석 사전답변 신청의 경우 기존 해석사례(법인세과-76, 2010.1.27.)를 참조하시기 바랍니다.
○ 법인세과-76, 2010. 1. 27.
｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따라 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 세액감면을 적용받아 오던 건설업 영위법인이 2004.1.1. 이후 동일업종의 다른 건설업 법인을 합병한 경우에 있어서, 피합병법인의 사업부문에서 발생한 소득은 동 조항의 감면소득에 해당하지 아니하므로 같은 법 제143조의 규정에 따라 구분경리를 하여야 하며, 같은 조 제2항 제2호에 따른 감면소득 계산 시에도 합병으로 승계한 인원 및 급여를 제외하여 계산하는 것임
1. 사실관계
○ 질의법인은 ’17.*.*. 본사를 서울특별시에서 세종특별자치시로 이전함에 따라 구 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따라 세액감면을 적용받던 중
- ’24.*.*.을 합병기일로 하여 경기도 화성시(수도권 안)에 소재하는 자회사 피합병법인을 합병하였음
○ 합병 당시 피합병법인의 사무소는 모두 합병법인에 승계되어 합병 이후에도 계속 운영되며 각 사무소별 영위하는 사업 및 근무인원의 수행업무는 합병 이전·이후에 변동이 없음
2. 질의내용
○ 본사 지방이전 감면을 적용받던 중 수도권 안에 소재하는 법인을 흡수합병하여 감면사업과 비감면사업을 겸영하게 된 경우
- 감면대상소득 계산, 감면배제 및 사후관리 사유 판단 시 비감면사업의 근무인원, 급여 등이 포함되는지 여부
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 제63조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)
① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1.수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것
2.공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
②지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1.(생략)
2.본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액
나. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다) 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율
다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율
라.해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율
④제2항제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.
1. 삭제
2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우
⑦제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.
5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우
6.본사를 이전한 경우로서 제4항제2호에 해당하는 경우
⑩ 제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장 또는 본사에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장 또는 본사에서 영위하는 업종이 각각 같아야 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제60조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)
⑪ 법 제63조의2제7항제5호에서 "대통령령으로 정하는 기준 이상"이란 본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다.
○조세특례제한법 제143조【구분경리】
①내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (이하생략)
○조세특례제한법 시행령 제136조【구분경리】
①법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 ｢법인세법｣ 제113조의 규정을 준용한다. (이하생략)
유권해석
감면대상소득 계산 시 비감면사업 인원 제외 가능 여부
사전-2024-법규법인-0994 · 2025. 03. 18.Q질의내용
- 본사 지방이전 감면을 적용받던 법인이 수도권 내 소재 법인을 흡수합병하여 감면사업과 비감면사업을 겸영하게 된 경우, 감면대상소득 계산 및 사후관리 시 비감면사업의 근무인원과 급여 등이 포함되는지 궁금합니다.
S요약
R회신 내용 사전-2024-법규법인-0994 · 2025. 03. 18.
- 국세청 사전-2024-법규법인-0994 회신 및 법인세과-76(2010.1.27.) 해석 사례에 따르면, 감면대상소득 계산 및 사후관리에서 비감면사업의 근무인원, 급여 등은 제외하여 산출하는 것이 타당하다고 안내하였습니다.
- 이는 감면대상 소득의 범위는 본사 지방이전 요건에 따라 세액감면 대상이 되는 사업부문으로 한정되며, 비감면사업 실적(피합병법인의 소득, 인원, 급여 등)은 감면소득 계산 및 사후 관리 판단에서 제외하는 것이 원칙임을 명확히 하였습니다.
- 구분경리 의무(조세특례제한법 제143조, 시행령 제136조)는 감면사업과 비감면사업의 회계를 별도 관리하도록 규정하고 있습니다.
- 따라서, 수도권 내 법인 합병 등으로 감면사업과 비감면사업이 혼재된 경우에도 감면대상 소득, 인원 등 산정 시 감면사업만을 기준으로 하며, 합병으로 승계된 비감면사업 부분은 해당 계산에서 제외됩니다.
- 출처: 국세청 사전-2024-법규법인-0994(2025.03.18.), 법인세과-76(2010.1.27.) 해석사례, 조세특례제한법 등 관련 규정
L관련 법령 해석
- 조세특례제한법 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면): 수도권과밀억제권역 외 이전 및 요건 충족 시 법인세 감면 특례
- 조세특례제한법 제143조(구분경리): 감면대상사업과 비감면사업을 구분하여 경리할 의무
- 조세특례제한법 시행령 제60조의2(법인의 공장 및 본사 이전 법인세 감면): 수도권 안의 사무소, 근무인원 요건 및 관리기준
- 조세특례제한법 시행령 제136조(구분경리): 구분경리에 관한 법인세법의 준용
- 법인세과-76, 2010.1.27. 해석사례: 합병 시 피합병법인 소득·급여·인원 등은 감면소득 계산에서 제외
* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
요지
감면대상소득 계산 및 사후관리 여부 판단 시 비감면사업의 인원 등을 제외하여 계산함
답변내용
귀 세법해석 사전답변 신청의 경우 기존 해석사례(법인세과-76, 2010.1.27.)를 참조하시기 바랍니다.
○ 법인세과-76, 2010. 1. 27.
｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따라 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 세액감면을 적용받아 오던 건설업 영위법인이 2004.1.1. 이후 동일업종의 다른 건설업 법인을 합병한 경우에 있어서, 피합병법인의 사업부문에서 발생한 소득은 동 조항의 감면소득에 해당하지 아니하므로 같은 법 제143조의 규정에 따라 구분경리를 하여야 하며, 같은 조 제2항 제2호에 따른 감면소득 계산 시에도 합병으로 승계한 인원 및 급여를 제외하여 계산하는 것임
1. 사실관계
○ 질의법인은 ’17.*.*. 본사를 서울특별시에서 세종특별자치시로 이전함에 따라 구 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따라 세액감면을 적용받던 중
- ’24.*.*.을 합병기일로 하여 경기도 화성시(수도권 안)에 소재하는 자회사 피합병법인을 합병하였음
○ 합병 당시 피합병법인의 사무소는 모두 합병법인에 승계되어 합병 이후에도 계속 운영되며 각 사무소별 영위하는 사업 및 근무인원의 수행업무는 합병 이전·이후에 변동이 없음
2. 질의내용
○ 본사 지방이전 감면을 적용받던 중 수도권 안에 소재하는 법인을 흡수합병하여 감면사업과 비감면사업을 겸영하게 된 경우
- 감면대상소득 계산, 감면배제 및 사후관리 사유 판단 시 비감면사업의 근무인원, 급여 등이 포함되는지 여부
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 제63조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)
① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1.수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것
2.공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
②지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1.(생략)
2.본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액
나. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다) 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율
다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율
라.해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율
④제2항제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.
1. 삭제
2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우
⑦제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.
5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우
6.본사를 이전한 경우로서 제4항제2호에 해당하는 경우
⑩ 제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장 또는 본사에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장 또는 본사에서 영위하는 업종이 각각 같아야 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제60조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)
⑪ 법 제63조의2제7항제5호에서 "대통령령으로 정하는 기준 이상"이란 본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다.
○조세특례제한법 제143조【구분경리】
①내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (이하생략)
○조세특례제한법 시행령 제136조【구분경리】
①법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 ｢법인세법｣ 제113조의 규정을 준용한다. (이하생략)
