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PEF 경유 초과배당 이월공제 시 쟁점요건 충족 판단 및 신청서 이월 제출 가능 여부

사전-2025-법규법인-0063  ·  2025. 03. 13.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 초과배당이 이루어진 사업연도에 동업기업 주주 등의 동업자들에게 법인세가 과세된 경우, 이월소득공제 요건 충족 여부 및 그 사업연도에 소득공제 신청서를 미제출한 경우 다음 이월공제 연도에 제출하여 소득공제 적용이 가능한지?

S요약

투자목적회사가 2023사업연도에 초과배당을 실시하고 주주인 동업기업 등의 동업자에게 소득세 또는 법인세가 전부 과세된 경우에는 법인세법상 쟁점요건을 충족한 것으로 판단됩니다. 또한 해당 초과배당 연도에 소득공제 신청서를 제출하지 않았다 하더라도, 이월공제를 받고자 하는 연도의 법인세 신고 시 제출하면 소득공제가 가능한 것으로 보입니다.
#초과배당 #투자목적회사 #이월소득공제 #PEF #동업기업 #소득공제신청서
핵심 정리

R회신 내용 사전-2025-법규법인-0063  ·  2025. 03. 13.

  • 국세청 사전-2025-법규법인-0063(2025.03.13) 회신에 따르면 투자목적회사의 초과배당액이 동업기업의 동업자를 통해 분배되어, 이들 모두에게 소득세 또는 법인세가 전부 과세된 경우 법인세법 제51조의2 제2항 단서의 쟁점요건은 충족한 것으로 보았습니다.
  • 2023사업연도에 소득공제 신청서를 제출하지 않았다 해도, 초과배당액 이월공제를 받고자 하는 사업연도의 법인세 신고 시 소득공제 신청서를 제출하면 해당 소득공제를 적용받을 수 있다고 회신하였습니다.
  • 동업기업(PEF)이 배분받은 초과배당 소득이 각 동업자별로 소득세 또는 법인세 과세표준에 포함되어 전액 과세된 사실이 확인되면, 쟁점이 되는 소득공제 예외사유(비과세 적용대상)가 아님을 분명히 밝혔습니다.
  • 이 때, 법인세 신고 시 소득공제신청서 및 동업기업 및 동업자 과세여부 확인 관련 서류를 제출해야 하며, 실제 이익 분배구조와 과세 여부에 따라 실질귀속자를 정확히 명세하는 것이 중요함을 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제51조의2: 투자목적회사 등이 배당가능이익의 90% 이상을 배당 시, 해당 배당금액을 잉여금 처분 대상 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있음.
  • 법인세법 제51조의2 제2항: 배당을 받은 주주등에 대해 소득세 또는 법인세가 전부 과세된 경우엔 소득공제 불인정 예외에 해당하지 않음.
  • 법인세법 제51조의2 제4항: 당해 연도 결손 초과금액은 이후 5년간 각 사업연도로 이월하여 소득금액에서 공제 가능.
  • 법인세법 시행령 제86조의3: 소득공제신청서와 실질귀속자 명세 첨부 필요, 다만 동업기업인 경우 동업자 과세여부 확인서 등 추가서류 첨부.
  • 조세특례제한법 제100조의18: 동업자별 소득금액 계산 및 동업기업의 소득 배분기준, 소득세 또는 법인세 납부 의무 규정.
사례 Q&A
1. 2023년 초과배당 PEF 주주에 대한 소득공제 이월 가능 기준은?
답변
초과배당 사업연도에 PEF 등 동업기업 동업자들에게 법인세가 전부 과세된 경우 이월소득공제 요건을 충족한 것으로 보입니다.
근거
국세청 회신 및 법인세법 제51조의2 제2항 단서 규정에 근거합니다.
2. 초과배당 연도 소득공제 신청서 미제출 시 이월공제 받는 해에 제출해도 되는지?
답변
초과배당 연도에 소득공제 신청서를 제출하지 않았다 하더라도 이월공제 적용 사업연도의 법인세 신고 시 제출하면 소득공제가 가능합니다.
근거
국세청 사전-2025-법규법인-0063 회신, 법인세법 및 시행령 관련 규정에 근거합니다.
3. 동업기업(PEF) 경유 초과배당 소득 실제 과세 입증 방식은?
답변
동업자별 소득세 또는 법인세 과세 내역과 실질귀속자 명세·과세여부 확인서를 첨부해야 합니다.
근거
법인세법 시행령 제86조의3 및 국세청 회신에서 요구하는 제출서류 기준에 따릅니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

(질의1) 초과배당을 한 ’23사업연도에 주주인 동업기업의 동업자들에게 법인세가 과세되었다면, 쟁점요건은 충족한 것으로 봄이 타당
(질의2) 초과배당을 한 ’23사업연도에 소득공제 신청서를 제출하지 않았더라도 이월공제를 받고자 하는 ’25사업연도에 제출하면 가능

답변내용

귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이,
「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자목적회사가 같은 법 제242조 제2항에 따라 2023사업연도에 「법인세법」 제51조의2 제4항에 따른 배당(이하 ⁠‘초과배당’)을 한 후, 해당 초과배당금액을 2025사업연도로 이월하여 소득공제를 받고자 하는 경우
2023사업연도에 해당 투자목적회사로부터 초과배당을 받은 주주등이 「조세특례제한법」 제100조의 15에 따라 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업으로서 그 동업자들(그 동업자들의 전부 또는 일부가 같은 조 제3항에 따른 상위 동업기업에 해당하는 경우에는 그 상위 동업기업에 출자한 동업자들)에 대하여 같은 법 제100조의 18에 따라 배분받은 배당에 해당하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세가 전부 과세된 경우에는 「법인세법」 제51조의2 제2항 제1호 단서 규정을 충족한 것이며
2023사업연도에 같은 조 제3항에 따른 소득공제 신청을 하지 아니하였더라도 이월공제를 적용받고자 하는 2025사업연도에 대한 법인세 과세표준 신고 시 소득공제 신청을 한 경우에는 해당 소득공제를 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○신청법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ⁠‘자본시장법’)」에 따른 투자목적회사로 「법인세법」 제51조의2에 따른 소득공제를 적용받는 법인이며

  - 그 주주는 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업(자본시장법상 사모집합투자기구. ⁠‘PEF’)과 국내 거주자인 개인 1인으로 구성되어 있음

    * 해당 PEF의 동업자는 모두 내국법인들로만 구성되어 있음

 ○신청법인은 주주로부터 출자 받은 자금으로 투자대상기업 주식을 000억원에 취득하였고, 2023년 중 해당 주식을 담보로 차입금 약 000억원을 조달하여 주주인 PEF에 000억원을 배당하였는데

  - 신청법인은 2023사업연도에 세무상 결손이 발생한 상태였으므로 해당 배당금액은 전액 초과배당금액에 해당하며

  - 주주인 PEF는 신청법인으로부터 배당받은 000억원을 동업자들에게 배분하여 동업자들의 ’23사업연도 법인세 과세소득에 포함되었음

 ○신청법인은 ’23사업연도에 세무상 결손이 발생한 상태로 과세소득이 없었기에 법인세 신고 시 소득공제 신청서를 제출하지 않았음

 ○2024.12.11. 신청법인은 투자대상기업 주식을 매각하는 계약을 체결하였으며(잔금청산 예정일 25.2.xx.), 주식매매대금(0000억원)에서 차입금 상환 및 일정비용 공제 후 주주에게 분배가능한 금액 중

  - PEF에게 감자를 통해 000억원을 지급하고, 개인주주에게 감자를 통해 000억원(투자원금 부분)을, 투자원금 초과금액 000억원은 배당으로 지급할 예정임

 ○신청법인은 ’23사업연도에 발생한 초과배당금액(000억원)을 ’25사업연도에 이월하여 소득공제를 적용 받고자 함

2. 질의요지

 ○(질의1)투자목적회사가 ’23사업연도에 초과배당을 하고, 그 주주인 동업기업을 통해 동업자들에게 배분되어 법인세가 과세된 경우

  - ’25사업연도에 이월소득공제 적용 시, 「쟁점규정」의 충족여부

 ○(질의2, 질의1에서 이월소득공제가 가능한 경우) 초과배당한 ’23사업연도에 소득공제 신청서를 제출하지 아니한 경우, 이월공제를 받고자 하는 ’25사업연도에 제출 시 소득공제가 적용되는지 여부

3. 관련 법령

법인세법 제51조의2【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익(이하 이 조에서 ⁠“배당가능이익”이라 한다)의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액(이하 이 조에서 ⁠“배당금액”이라 한다)은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다.

  2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조 제19항 제1호의 기관전용 사모집합투자기구는 제외한다) 및 투자유한책임회사

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 1. 배당을 받은 주주등에 대하여 이 법 또는 「조세특례제한법」에 따라 그 배당에 대한 소득세 또는 법인세가 비과세되는 경우. 다만, 배당을 받은 주주등이 「조세특례제한법」 제100조의 15에 따라 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업인 경우로서 그 동업자들(그 동업자들의 전부 또는 일부가 같은 조 제3항에 따른 상위 동업기업에 해당하는 경우에는 그 상위 동업기업에 출자한 동업자들을 말한다)에 대하여 같은 법 제100조의 18에 따라 배분받은 배당에 해당하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세가 전부 과세되는 경우는 제외한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 배당금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1항 제1호에 따른 이월결손금(이하 이 조에서 ⁠“이월결손금”이라 한다)을 뺀 금액을 최초로 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있다. 다만, 내국법인이 이월된 사업연도에 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당하지 아니하는 경우에는 그 이월된 금액을 공제하지 아니한다. ⁠(2024. 12. 31. 개정)

⑤ 제4항 본문에 따라 최초로 이월된 사업연도 이후 사업연도의 배당금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 이월결손금과 해당 사업연도로 이월된 금액을 순서대로 뺀 금액(해당 금액이 0보다 작은 경우에는 0으로 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있다. 다만, 내국법인이 이월된 사업연도에 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당하지 아니하는 경우에는 그 이월된 금액을 공제하지 아니한다.

⑥ 제4항 본문 및 제5항 본문에 따라 이월된 금액(이하 이 조에서 ⁠“이월공제배당금액”이라 한다)을 해당 사업연도의 소득금액에서 공제하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따라 공제한다.

 1. 이월공제배당금액을 해당 사업연도의 배당금액보다 먼저 공제할 것

 2. 이월공제배당금액이 둘 이상인 경우에는 먼저 발생한 이월공제배당금액부터 공제할 것

법인세법 시행령 제86조의3【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】

⑨ 법 제51조의 2 제1항을 적용받으려는 법인은 법 제60조에 따른 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 소득공제신청서에 해당 배당소득에 대한 실질귀속자(해당 소득과 관련하여 법적 또는 경제적 위험을 부담하고 그 소득을 처분할 수 있는 권리를 가지는 등 그 소득에 대한 소유권을 실질적으로 보유하고 있는 자를 말한다. 이하 같다)별 명세를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법 제51조의 2 제2항 제1호 단서에 따라 같은 조 제1항을 적용받으려는 법인은 배당을 받은 동업기업(그 동업자들의 전부 또는 일부가 ⁠「조세특례제한법」제100조의 15 제3항에 따른 상위 동업기업에 해당하는 경우에는 그 상위 동업기업을 포함한다)으로부터「조세특례제한법」제100조의 23 제1항에 따른 신고기한까지 제출받은 기획재정부령으로 정하는 동업기업과세특례적용 및 동업자과세여부 확인서를 첨부하여야 한다.

자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제249조의13【투자목적회사】

⑤ 투자목적회사에 관하여는 제242조, 제249조의11제3항 및 제249조의18을 준용한다.

자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제242조【이익금의 분배】

② 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사등은 집합투자기구의 특성에 따라 이익금을 초과하여 분배할 필요가 있는 경우에는 이익금을 초과하여 금전으로 분배할 수 있다. 다만, 투자회사의 경우에는 순자산액에서 최저순자산액을 뺀 금액을 초과하여 분배할 수 없다.

○ 조특법 제100조의16【동업기업 및 동업자의 납세의무】

①동업기업에 대해서는 「소득세법」 제2조제1항 「법인세법」 제3조제1항에도 불구하고 「소득세법」 제3조 「법인세법」 제4조제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다.

② 동업자는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다.

○ 조특법 제100조의18【동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분】

① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. ⁠(단서생략)

② 제1항에 따라 각 동업자에게 배분되는 결손금은 동업기업의 해당 과세연도의 종료일 현재 해당 동업자의 지분가액을 한도로 한다. 이 경우 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일 이후 15년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 배분한다.

③ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금으로 보아 계산한다. 다만, 수동적동업자(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항제1호에 따른 기관전용 사모집합투자기구의 수동적동업자 중 우리나라와 조세조약이 체결된 국가에서 설립된 연금ㆍ기금 등으로서 배분받는 소득이 해당 국가에서 과세되지 아니하는 대통령령으로 정하는 수동적동업자는 제외한다)의 경우에는 배분받은 소득금액을 「소득세법」 제17조제1항, 제119조제2호 및 「법인세법」 제93조제2호에 따른 소득으로 본다.

○ 조특법 제100조의22 【동업기업 자산의 분배】

① 동업자가 동업기업으로부터 자산을 분배받은 경우 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액을 초과하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 초과하는 금액을「소득세법」제17조제1항에 따른 소득으로 본다.

② 동업자가 동업기업의 해산 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생함에 따라 동업기업으로부터 자산을 분배받은 경우 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액에 미달하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 미달하는 금액을「소득세법」제94조제1항제3호 또는 제4호다목에 따른 자산을 양도함에 따라 발생한 손실로 본다.

③ 제1항 및 제2항의 경우 동업기업으로부터 분배받은 자산의 시가 중 분배일의 해당 동업자의 지분가액 상당액은 해당 동업자의 분배일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

출처 : 국세청 2025. 03. 13. 사전-2025-법규법인-0063 | 국세법령정보시스템

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PEF 경유 초과배당 이월공제 시 쟁점요건 충족 판단 및 신청서 이월 제출 가능 여부

사전-2025-법규법인-0063  ·  2025. 03. 13.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 초과배당이 이루어진 사업연도에 동업기업 주주 등의 동업자들에게 법인세가 과세된 경우, 이월소득공제 요건 충족 여부 및 그 사업연도에 소득공제 신청서를 미제출한 경우 다음 이월공제 연도에 제출하여 소득공제 적용이 가능한지?

S요약

투자목적회사가 2023사업연도에 초과배당을 실시하고 주주인 동업기업 등의 동업자에게 소득세 또는 법인세가 전부 과세된 경우에는 법인세법상 쟁점요건을 충족한 것으로 판단됩니다. 또한 해당 초과배당 연도에 소득공제 신청서를 제출하지 않았다 하더라도, 이월공제를 받고자 하는 연도의 법인세 신고 시 제출하면 소득공제가 가능한 것으로 보입니다.
#초과배당 #투자목적회사 #이월소득공제 #PEF #동업기업
핵심 정리

R회신 내용 사전-2025-법규법인-0063  ·  2025. 03. 13.

  • 국세청 사전-2025-법규법인-0063(2025.03.13) 회신에 따르면 투자목적회사의 초과배당액이 동업기업의 동업자를 통해 분배되어, 이들 모두에게 소득세 또는 법인세가 전부 과세된 경우 법인세법 제51조의2 제2항 단서의 쟁점요건은 충족한 것으로 보았습니다.
  • 2023사업연도에 소득공제 신청서를 제출하지 않았다 해도, 초과배당액 이월공제를 받고자 하는 사업연도의 법인세 신고 시 소득공제 신청서를 제출하면 해당 소득공제를 적용받을 수 있다고 회신하였습니다.
  • 동업기업(PEF)이 배분받은 초과배당 소득이 각 동업자별로 소득세 또는 법인세 과세표준에 포함되어 전액 과세된 사실이 확인되면, 쟁점이 되는 소득공제 예외사유(비과세 적용대상)가 아님을 분명히 밝혔습니다.
  • 이 때, 법인세 신고 시 소득공제신청서 및 동업기업 및 동업자 과세여부 확인 관련 서류를 제출해야 하며, 실제 이익 분배구조와 과세 여부에 따라 실질귀속자를 정확히 명세하는 것이 중요함을 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제51조의2: 투자목적회사 등이 배당가능이익의 90% 이상을 배당 시, 해당 배당금액을 잉여금 처분 대상 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있음.
  • 법인세법 제51조의2 제2항: 배당을 받은 주주등에 대해 소득세 또는 법인세가 전부 과세된 경우엔 소득공제 불인정 예외에 해당하지 않음.
  • 법인세법 제51조의2 제4항: 당해 연도 결손 초과금액은 이후 5년간 각 사업연도로 이월하여 소득금액에서 공제 가능.
  • 법인세법 시행령 제86조의3: 소득공제신청서와 실질귀속자 명세 첨부 필요, 다만 동업기업인 경우 동업자 과세여부 확인서 등 추가서류 첨부.
  • 조세특례제한법 제100조의18: 동업자별 소득금액 계산 및 동업기업의 소득 배분기준, 소득세 또는 법인세 납부 의무 규정.
사례 Q&A
1. 2023년 초과배당 PEF 주주에 대한 소득공제 이월 가능 기준은?
답변
초과배당 사업연도에 PEF 등 동업기업 동업자들에게 법인세가 전부 과세된 경우 이월소득공제 요건을 충족한 것으로 보입니다.
근거
국세청 회신 및 법인세법 제51조의2 제2항 단서 규정에 근거합니다.
2. 초과배당 연도 소득공제 신청서 미제출 시 이월공제 받는 해에 제출해도 되는지?
답변
초과배당 연도에 소득공제 신청서를 제출하지 않았다 하더라도 이월공제 적용 사업연도의 법인세 신고 시 제출하면 소득공제가 가능합니다.
근거
국세청 사전-2025-법규법인-0063 회신, 법인세법 및 시행령 관련 규정에 근거합니다.
3. 동업기업(PEF) 경유 초과배당 소득 실제 과세 입증 방식은?
답변
동업자별 소득세 또는 법인세 과세 내역과 실질귀속자 명세·과세여부 확인서를 첨부해야 합니다.
근거
법인세법 시행령 제86조의3 및 국세청 회신에서 요구하는 제출서류 기준에 따릅니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

(질의1) 초과배당을 한 ’23사업연도에 주주인 동업기업의 동업자들에게 법인세가 과세되었다면, 쟁점요건은 충족한 것으로 봄이 타당
(질의2) 초과배당을 한 ’23사업연도에 소득공제 신청서를 제출하지 않았더라도 이월공제를 받고자 하는 ’25사업연도에 제출하면 가능

답변내용

귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이,
「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자목적회사가 같은 법 제242조 제2항에 따라 2023사업연도에 「법인세법」 제51조의2 제4항에 따른 배당(이하 ⁠‘초과배당’)을 한 후, 해당 초과배당금액을 2025사업연도로 이월하여 소득공제를 받고자 하는 경우
2023사업연도에 해당 투자목적회사로부터 초과배당을 받은 주주등이 「조세특례제한법」 제100조의 15에 따라 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업으로서 그 동업자들(그 동업자들의 전부 또는 일부가 같은 조 제3항에 따른 상위 동업기업에 해당하는 경우에는 그 상위 동업기업에 출자한 동업자들)에 대하여 같은 법 제100조의 18에 따라 배분받은 배당에 해당하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세가 전부 과세된 경우에는 「법인세법」 제51조의2 제2항 제1호 단서 규정을 충족한 것이며
2023사업연도에 같은 조 제3항에 따른 소득공제 신청을 하지 아니하였더라도 이월공제를 적용받고자 하는 2025사업연도에 대한 법인세 과세표준 신고 시 소득공제 신청을 한 경우에는 해당 소득공제를 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○신청법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ⁠‘자본시장법’)」에 따른 투자목적회사로 「법인세법」 제51조의2에 따른 소득공제를 적용받는 법인이며

  - 그 주주는 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업(자본시장법상 사모집합투자기구. ⁠‘PEF’)과 국내 거주자인 개인 1인으로 구성되어 있음

    * 해당 PEF의 동업자는 모두 내국법인들로만 구성되어 있음

 ○신청법인은 주주로부터 출자 받은 자금으로 투자대상기업 주식을 000억원에 취득하였고, 2023년 중 해당 주식을 담보로 차입금 약 000억원을 조달하여 주주인 PEF에 000억원을 배당하였는데

  - 신청법인은 2023사업연도에 세무상 결손이 발생한 상태였으므로 해당 배당금액은 전액 초과배당금액에 해당하며

  - 주주인 PEF는 신청법인으로부터 배당받은 000억원을 동업자들에게 배분하여 동업자들의 ’23사업연도 법인세 과세소득에 포함되었음

 ○신청법인은 ’23사업연도에 세무상 결손이 발생한 상태로 과세소득이 없었기에 법인세 신고 시 소득공제 신청서를 제출하지 않았음

 ○2024.12.11. 신청법인은 투자대상기업 주식을 매각하는 계약을 체결하였으며(잔금청산 예정일 25.2.xx.), 주식매매대금(0000억원)에서 차입금 상환 및 일정비용 공제 후 주주에게 분배가능한 금액 중

  - PEF에게 감자를 통해 000억원을 지급하고, 개인주주에게 감자를 통해 000억원(투자원금 부분)을, 투자원금 초과금액 000억원은 배당으로 지급할 예정임

 ○신청법인은 ’23사업연도에 발생한 초과배당금액(000억원)을 ’25사업연도에 이월하여 소득공제를 적용 받고자 함

2. 질의요지

 ○(질의1)투자목적회사가 ’23사업연도에 초과배당을 하고, 그 주주인 동업기업을 통해 동업자들에게 배분되어 법인세가 과세된 경우

  - ’25사업연도에 이월소득공제 적용 시, 「쟁점규정」의 충족여부

 ○(질의2, 질의1에서 이월소득공제가 가능한 경우) 초과배당한 ’23사업연도에 소득공제 신청서를 제출하지 아니한 경우, 이월공제를 받고자 하는 ’25사업연도에 제출 시 소득공제가 적용되는지 여부

3. 관련 법령

법인세법 제51조의2【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익(이하 이 조에서 ⁠“배당가능이익”이라 한다)의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액(이하 이 조에서 ⁠“배당금액”이라 한다)은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다.

  2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조 제19항 제1호의 기관전용 사모집합투자기구는 제외한다) 및 투자유한책임회사

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 1. 배당을 받은 주주등에 대하여 이 법 또는 「조세특례제한법」에 따라 그 배당에 대한 소득세 또는 법인세가 비과세되는 경우. 다만, 배당을 받은 주주등이 「조세특례제한법」 제100조의 15에 따라 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업인 경우로서 그 동업자들(그 동업자들의 전부 또는 일부가 같은 조 제3항에 따른 상위 동업기업에 해당하는 경우에는 그 상위 동업기업에 출자한 동업자들을 말한다)에 대하여 같은 법 제100조의 18에 따라 배분받은 배당에 해당하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세가 전부 과세되는 경우는 제외한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 배당금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1항 제1호에 따른 이월결손금(이하 이 조에서 ⁠“이월결손금”이라 한다)을 뺀 금액을 최초로 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있다. 다만, 내국법인이 이월된 사업연도에 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당하지 아니하는 경우에는 그 이월된 금액을 공제하지 아니한다. ⁠(2024. 12. 31. 개정)

⑤ 제4항 본문에 따라 최초로 이월된 사업연도 이후 사업연도의 배당금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 이월결손금과 해당 사업연도로 이월된 금액을 순서대로 뺀 금액(해당 금액이 0보다 작은 경우에는 0으로 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있다. 다만, 내국법인이 이월된 사업연도에 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당하지 아니하는 경우에는 그 이월된 금액을 공제하지 아니한다.

⑥ 제4항 본문 및 제5항 본문에 따라 이월된 금액(이하 이 조에서 ⁠“이월공제배당금액”이라 한다)을 해당 사업연도의 소득금액에서 공제하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따라 공제한다.

 1. 이월공제배당금액을 해당 사업연도의 배당금액보다 먼저 공제할 것

 2. 이월공제배당금액이 둘 이상인 경우에는 먼저 발생한 이월공제배당금액부터 공제할 것

법인세법 시행령 제86조의3【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】

⑨ 법 제51조의 2 제1항을 적용받으려는 법인은 법 제60조에 따른 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 소득공제신청서에 해당 배당소득에 대한 실질귀속자(해당 소득과 관련하여 법적 또는 경제적 위험을 부담하고 그 소득을 처분할 수 있는 권리를 가지는 등 그 소득에 대한 소유권을 실질적으로 보유하고 있는 자를 말한다. 이하 같다)별 명세를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법 제51조의 2 제2항 제1호 단서에 따라 같은 조 제1항을 적용받으려는 법인은 배당을 받은 동업기업(그 동업자들의 전부 또는 일부가 ⁠「조세특례제한법」제100조의 15 제3항에 따른 상위 동업기업에 해당하는 경우에는 그 상위 동업기업을 포함한다)으로부터「조세특례제한법」제100조의 23 제1항에 따른 신고기한까지 제출받은 기획재정부령으로 정하는 동업기업과세특례적용 및 동업자과세여부 확인서를 첨부하여야 한다.

자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제249조의13【투자목적회사】

⑤ 투자목적회사에 관하여는 제242조, 제249조의11제3항 및 제249조의18을 준용한다.

자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제242조【이익금의 분배】

② 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사등은 집합투자기구의 특성에 따라 이익금을 초과하여 분배할 필요가 있는 경우에는 이익금을 초과하여 금전으로 분배할 수 있다. 다만, 투자회사의 경우에는 순자산액에서 최저순자산액을 뺀 금액을 초과하여 분배할 수 없다.

○ 조특법 제100조의16【동업기업 및 동업자의 납세의무】

①동업기업에 대해서는 「소득세법」 제2조제1항 「법인세법」 제3조제1항에도 불구하고 「소득세법」 제3조 「법인세법」 제4조제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다.

② 동업자는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다.

○ 조특법 제100조의18【동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분】

① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. ⁠(단서생략)

② 제1항에 따라 각 동업자에게 배분되는 결손금은 동업기업의 해당 과세연도의 종료일 현재 해당 동업자의 지분가액을 한도로 한다. 이 경우 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일 이후 15년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 배분한다.

③ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금으로 보아 계산한다. 다만, 수동적동업자(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항제1호에 따른 기관전용 사모집합투자기구의 수동적동업자 중 우리나라와 조세조약이 체결된 국가에서 설립된 연금ㆍ기금 등으로서 배분받는 소득이 해당 국가에서 과세되지 아니하는 대통령령으로 정하는 수동적동업자는 제외한다)의 경우에는 배분받은 소득금액을 「소득세법」 제17조제1항, 제119조제2호 및 「법인세법」 제93조제2호에 따른 소득으로 본다.

○ 조특법 제100조의22 【동업기업 자산의 분배】

① 동업자가 동업기업으로부터 자산을 분배받은 경우 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액을 초과하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 초과하는 금액을「소득세법」제17조제1항에 따른 소득으로 본다.

② 동업자가 동업기업의 해산 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생함에 따라 동업기업으로부터 자산을 분배받은 경우 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액에 미달하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 미달하는 금액을「소득세법」제94조제1항제3호 또는 제4호다목에 따른 자산을 양도함에 따라 발생한 손실로 본다.

③ 제1항 및 제2항의 경우 동업기업으로부터 분배받은 자산의 시가 중 분배일의 해당 동업자의 지분가액 상당액은 해당 동업자의 분배일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

출처 : 국세청 2025. 03. 13. 사전-2025-법규법인-0063 | 국세법령정보시스템