비영리법인의 고유목적 외 부동산 양도 시 법인세 납부의무

요지

비영리내국법인이 고유목적사업(수익사업은 제외)에 사용하지 않던 부동산을 양도하는 경우, 고정자산의 처분으로 생긴 수입의 소득에 대한 법인세와 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 것임

회신

비영리내국법인이 고유목적사업(「법인세법시행령」제2조제1항에 따른 수익사업은 제외함)에 사용하지 않던 부동산을 양도하는 경우,「법인세법」제3조제3항제5호에 의하여 고정자산의 처분으로 생긴 수입의 소득에 대한 법인세와「법인세법」제55조의 2의 규정에 의해 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 것입니다.

1. 질의내용

 ○ 정부정책에 의하여 부동산을 무상임대하고, 해당 부동산을 매각한 경우 해당 부동산 처분이익에 대하여 법인세를 납부해야 하는지 여부

2. 사실관계

 ○ 본원은 ｢정부출연 연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률｣에 근거하여 설립된 정부출연 연구기관으로

  - 현재 국무조정실 산하 경제ㆍ인문사회연구회의 지도ㆍ관리를 받고 있음

 ○ 본원은 정관에 따라 고등학교 이하 각급 학교의 교육과정을 연구ㆍ개발하며, 각종 교육평가를 연구ㆍ시행함으로써

  - 학교 교육의 질적 향상 및 국가교육 발전에 이바지함을 설립목적으로 하고 있음

 ○ 본원은 정부의 공공기관 지방이전 정책과 관련 법령에 의거 본원 소유의 부동산을 매각하고, 충북혁신도시로 청사이전을 추진하고 있음

  - 매각 부동산은 00개발원에게 정부의 방침에 따라 1999년부터 2014년까지 무상으로 사용하게 하였음

  - 다만, 00개발원은 본원이 무상사용을 허가하면서 제시한 ⁠‘사용허가재산에 대한 모든 부과금은 사용인이 부담한다’라는 조건에 따라 해당 부동산에 대한 환경개선부담금, 교통유발부담금, 종합부동산세, 재산세 등을 00개발원이 관할 지방자치단체에 납부하였음

3. 관련 법령

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

2. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에게 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.

4. 관련 사례

○ 법인세과-383 ⁠(2009. 1. 29.)

  비영리내국법인이 소유한 토지를 다른 비영리법인의 고유목적사업에 3년이상 사용된 경우 당해 토지의 처분손익의 수익사업 여부에 대해서는 아래의 해석사례를 참고하시기 바랍니다.

- 아 래 -

  ◈ 서면2팀-1434 ⁠(2007.8.1.)

  종교재단인 A법인이 토지와 건물을 특수관계자가 아닌 B대학법인에 무상 임대하여 의과대학 부속병원으로 활용토록 한 경우에, 당해 토지와 건물은「법인세법」제3조 제2항 제5호 및 동법 시행령 제2조 제2항 규정의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하지 않는 것임.

○ 법인세과-2181 ⁠(2008.8.27.)

  비영리법인이 고정자산의 처분일 현재 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 부동산 등 고정자산을 양도하는 경우 고정자산의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하므로 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 납부하여야 하는 것이며, 비영리법인이 양도하는 토지 및 건물이 같은 법 제55조의2 제1항 제2호 규정의 주택에 해당하는 때에는 ⁠‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 추가 납부하여야 하는 것임

○ 서면2팀-2252 ⁠(2006.11.6.)

「국세기본법」제13조 제2항의 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인인 종중이「법인세법」제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조의 규정을 적용하여 법인세로 신고하는 것이나,

 - 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것임

 - 귀 질의의 경우 당해 부동산이 이에 해당되는지는 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임

○ 서이46012-10409 ⁠(2003.3.4.)

  귀 질의의 경우 사실관계 및 질의요지가 불분명하여 정확한 답변이 어려우나, 비영리법인의 고정자산 양도소득에 대한 법인세 과세여부 등에 대한 우리센터의 기 질의회신사례【서이46012-10352(2002.02.28.)】를 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

※ 서이46012-10352, 2002.02.28

  질의 1)의 경우, 비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위하는 종교단체가 고유목적사업에 사용하지 않던 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제3조 제2항 제5호에 의하여 고정자산의 처분으로 생긴 수입에 대한 소득에 대한 법인세와 법인세법 제55조의 2의 규정에 의하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 것이며

  질의 2)의 경우, 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 같은법시행령 제92조의 2의 규정에 의하여 ⁠“대통령령이 정하는 지역”에 소재하는 토지 등의 양도에 대하여 적용되는 것이며

  질의 3)의 경우, 법인세가 면제되는 3년이상 고유목적사업에 사용하던 부동산의 양도에 대한 법인세의 납세의무는 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 납세의무가 있으므로 우리센터의 기 질의회신문인 서이46012-10327 ⁠(2002.02.26.)호를 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바라며

  질의 4)의 경우, 당해 법인이 소유하던 부동산을 국가 등이 시행하는 공공사업 목적상 공공용지 취득 및 손실보상에 관한 법률에 의하여 양도하는 경우에도 해당법인세를 감면하지 아니하는 것이며,

  질의 5)의 경우 3년이상 교인묘지로 사용하던 부동산을 양도할 경우 그 분 묘지사업이 당해 법인의 고유목적사업에 해당한다면 상기 질의 3)의 경우와 같으며, 부동산을 교인묘지로 사용하는 것이 고유목적사업에 해당하는지는 사실판단할 사항임

출처 : 국세청 2015. 06. 22. 서면-2015-법인-0041 | 국세법령정보시스템