요지

신성장사업화시설의 투자금액(’23∼’24년도분)에 대한 시설인정의 신청기한
➠ ’23년도분 : ⁠[원칙] 24년 3월, ⁠[특례] 조특칙§13②단서에 따라 25년 3월까지 신청가능
➠ ’24년도분 : 25년 3월(특례적용대상 아님)

답변내용

귀 세법해석 사전답변 신청에서 제시된 사실관계와 같이,
신성장사업화시설에 대한 투자가 2개 이상의 과세연도(2023년, 2024년, 2025년)에 걸쳐 이루어지는 경우로서
귀 법인이 2023 및 2024 과세연도에 투자한 금액에 대하여 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제21조 제13항 후단에 따라 세액공제를 신청하는 경우에는 같은 법 시행규칙 제13조 제2항 본문에 따라 해당 과세연도 종료일부터 3개월 이내에 제1항에 따른 인정을 신청해야 하며
다만, 투자개시일이 속하는 과세연도(2023년)에 투자한 금액에 대하여는 같은 조 제2항 단서에 따라 해당 과세연도(2023년)의 다음 과세연도(2024년) 종료일부터 3개월 이내에 제1항에 따른 인정을 신청할 수 있는 것임

1. 사실관계

 ○ 신청법인은 운수 및 창고업을 영위하는 법인으로, 바이오 디젤시설 건설공사*를 진행중이며 해당 공사는 2023년 7월에 개시되어 2025년 3월에 완료될 예정임

    * 신청법인은 바이오디젤시설 건설공사가 통합투자세액공제를 적용함에 있어 신성장사업화시설[ 조특법§24①(2)가.1) ⤑ 조특령§21④(1)가. ⤑ 조특칙§12의2① ⤑ 조특칙 ⁠[별표6] 13. 다. 9) ]에 해당하는 것으로 전제하고 본건 질의

 ○ 신청법인은 ｢신성장 사업화시설에 대한 투자금액｣에 대해 기획재정부 장관과 산업통상자원부 장관으로부터 신성장 사업화시설의 인정(이하 ⁠‘시설인정’)을 받지 않은 상태에서

  - 조특령§21⑬후단에 따라 신성장 사업화시설의 인정을 받을 것을 조건으로 2023사업연도분 법인세 신고 시 통합투자세액공제를 신청

2. 질의요지

 ○ 신성장사업화시설의 투자금액에 대한 시설인정의 신청기한

    * ⁠[질의대상] ’23∼’24년도분

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】

①대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자하는 경우에는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 공제한다. 

 1. 공제대상 자산

  가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

  나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

 2. 공제금액

  가. 기본공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

   1) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우: 100분의 3(중견기업은 100분의 6, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액

  나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3(국가전략기술사업화시설의 경우에는 100분의 4)에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

 3. 임시 투자 세액공제금액

  가. 기본공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액의 100분의 3(중견기업은 100분의 7, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

   1) 신성장사업화시설에 투자하는 경우: 100분의 6(중견기업은 100분의 10, 중소기업은 100분의 18)에 상당하는 금액

   2) 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우: 제2호가목2)에 따른 금액

  나. 추가공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 투자금액의 계산방법, 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액의 계산방법, 신성장사업화시설 및 국가전략기술사업화시설의 판정방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

○ 조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】

④ 법 제24조제1항제2호가목1) 및 2)에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

 1. 법 제24조제1항제2호가목1)의 시설: 다음 각 목의 시설

  가. 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설(신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하 "신성장사업화시설"이라 한다)

⑦ 법 제24조제1항 및 제2항에 따른 투자금액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

 1.총투자금액에 ｢법인세법 시행령｣ 제69조 제1항에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액

 2. 다음 각 목의 금액을 더한 금액

  가. 해당 과세연도 전에 법 제24조를 적용받은 투자금액

  나. 해당 과세연도 전의 투자분으로서 가목의 금액을 제외한 투자분에 대하여 제1호를 준용하여 계산한 금액

⑫ 제1항부터 제11항까지의 규정을 적용할 때 투자의 개시시기에 관하여는 제23조제14항을 준용한다.

⑬ 법 제24조제1항에 따른 세액공제를 적용받으려는 자는 해당 과세연도의 과세표준신고서와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 이 경우 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 받을 것을 조건으로 그 인정을 받기 전에 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 세액공제를 신청할 수 있다.

○ 조세특례제한법 시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

⑭제1항 및 제2항을 적용할 때 투자의 개시시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

 5. 타인에게 건설을 의뢰하는 경우에는 실제로 건설에 착공한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제12조의2【신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설의 범위 등】

① 영 제21조제4항제1호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설"이란 별표 6에 따른 시설을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 [별표 6]

○ 조세특례제한법 시행규칙 제13조【신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정 신청】

① 영 제21조제13항 후단에 따라 세액공제를 신청하는 자는 투자완료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 기획재정부장관과 산업통상자원부장관에게 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 신청해야 한다. 다만, 동일한 과세연도에 완료된 둘 이상의 투자에 대하여 각각 영 제21조제13항 후단에 따라 세액공제를 신청하는 경우에는 가장 늦게 완료된 투자의 투자완료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 인정을 신청할 수 있다.

② 제1항에도 불구하고 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐 이루어지는 경우로서 그 투자가 이루어지는 과세연도(투자완료일이 속하는 과세연도는 제외한다)에 투자한 금액에 대하여 영 제21조제13항 후단에 따라 세액공제를 신청하는 경우에는 해당 과세연도 종료일부터 3개월 이내에 제1항에 따른 인정을 신청해야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세연도의 다음 과세연도 종료일(다음 과세연도가 투자완료일이 속하는 과세연도인 경우에는 투자완료일이 속하는 달의 말일)부터 3개월 이내에 인정을 신청할 수 있다.

 1. 투자개시일이 속하는 과세연도의 경우

 2. 직전 과세연도에 투자한 금액에 대하여 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 받은 경우

출처 : 국세청 2024. 06. 21. 사전-2024-법규법인-0411 | 국세법령정보시스템