공통매입세액 안분계산 기준요소와 도축두수 적용 가능성

요지

공통매입세액 안분계산 기준요소는 매입가액, ⁠(예정)공급가액, 예정사용면적 비율에 한정하는 것이 타당함

회신

사업자가 자가도축 등 면세사업과 타인의 위탁을 받아 임도축을 하는 과세사업에 공통으로 발생한 그 실지귀속을 확인할 수 없는 공통매입세액의 안분계산은 ⁠「부가가치세법 시행령」 제81조제1항 및 제4항에 열거된 안분계산방법에 따라 계산하는 것임. 다만, 자기의 사업장에서 다른 사업자에게 도축용역을 제공받고 도축두수에 따라 공급가액을 산정하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 자가도축분과 임도축분에 대한 공급가액과 세액이 세금계산서, 장부 및 증빙서류에 의해 객관적으로 구분되어 개별대응이 가능한 경우에는 그 실지귀속에 따라 자가도축분에 대한 매입세액은 불공제하는 것임

1. 사실관계

○ 당사는 도축업 및 돈육가공업(부분육 및 가공품)을 영위하는 법인으로 도축(발골, 해체, 부분별 절단, 포장 등)과정에서는 임도축(과세사업)과 자체도축(과․면세 겸업)하고 있음

  - 임도축은 위탁자로부터 도축을 의뢰받아 도축하고 도축수수료를 받는 것이며,

  - 자체도축은 도축 후 추가 가공없이 단순포장(부분별 절단 등)·판매하는 식육제품(면세) 및 가공품판매(과세)를 위한 원재료를 생산하고 있음

○ 도축공정(도살, 해체, 발골, 부분별 절단, 포장 등)은 도급계약에 의하여 입주한 외부업체가 수행하고 도축 마릿수에 따라 도급금액을 정산하여 지급함

○ 돼지 1마리를 도축하면서 위탁업체에 지급하는 도급수수료는 임도축 및 자체도축 구분없이 동일함에도 부가가치세를 공통 매입세액으로 보아 총 공급가액 중 적은 임도축 수수료 과세가액과 많은 식육판매분 면세가액 비율로 매입세액을 안분계산 시 불합리한 결과가 발생함

2. 질의내용

○ 자체 도축 및 위탁도축을 겸영하는 사업자에게 발생한 공통매입세액에 대하여 자체 도축두수와 위탁 도축두수를 기준으로 공통매입세액안분계산이 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(겸영)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(실지귀속)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(안분)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】

 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(겸영)하는 경우로서 실지귀속(실지귀속)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

 ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

  1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

  2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

  3. 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액

 ③ 제1항을 적용할 때 ⁠「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자 및 ⁠「한국철도공사법」에 따른 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서만 다음 계산식에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산할 수 있다.

 ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

  1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

 ⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제82조 【공통매입세액의 정산】

  사업자가 제81조제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업 등의 공급가액, 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

   1. 제81조제4항제1호 및 제2호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우

2. 제81조제4항제3호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우

출처 : 국세청 2015. 07. 28. 서면-2015-법령해석부가-1222[법령해석과-1840] | 국세법령정보시스템