요지
내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식을 전부 취득하였으나, 그 중 일부에 대해 세액공제를 적용받은 경우에는 사후관리기간 중에 지분비율(지분비율이 100분의 50을 초과하는 경우에 한함)이 감소하였더라도, 당초 세액공제 받은 지분비율보다 높은 경우에는 세액을 추징하지 않음
회신
귀 서면질의의 경우, 내국법인이「조세특례제한법」제12조의4제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 기술혁신형 중소기업의 발행주식을 취득하고, 취득일 현재 지분비율 전부에 대하여 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 적용 받은 후 같은 법 시행령 제11조의4제9항 단서의 기간(이하 “사후관리기간”이라 함)에 지분비율이 감소한 경우에는 당초 공제받은 세액을 추징하는 것이나,
취득일 현재 지분비율 중 일부 지분비율에 대해 세액공제를 적용받은 경우로서 사후관리기간에 각 사업연도 종료일 현재 지분비율(지분비율이 100분의 50을 초과하는 경우에 한함)이 취득일 현재 지분비율보다 감소하였더라도, 당초 공제받은 세액에 상당하는 지분비율보다 높은 경우에는 당초 공제받은 세액을 추징하지 아니하는 것임
1. 질의내용
○ (질의1)「조세특례제한법」제12조의4제1항의 요건을 충족하여 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 적용받은 내국법인이 같은 법 시행령 제11조의4제9항 단서의 사후관리기간 중에
- 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율이 취득일 현재의 지분비율보다 낮아지는 경우 추징되는 세액의 범위
[갑설] 취득 당시 지분비율 보다 낮아진 지분비율에 상당하는 공제 세액 및 이자상당가산액 추징. 단, 각 사업연도 종료일 현재 지분비율이 50% 미만이 되는 경우에는 당초 공제받은 세액 전액 및 이자상당가산액 추징
[을설] 낮아진 지분비율에 상관 없이 당초 공제받은 세액 전액 및 이자상당가산액 추징
○ (질의2) 인수법인이 피인수법인의 주식 전부를 취득한 경우에도 사후관리기간 중 지분비율 감소가능성을 고려하여
- 일부 지분비율(최소 지분비율 50% 초과의 경우에 한함)에 상당하는 같은 법 시행령 제11조의4제4항제2호에의 기술가치 금액*의 10%만을 선택하여 세액공제 신청한 경우로서
* (주식 매입가액-세법상 순자산시가×1.3)×일부 지분비율×10%
- 사후관리기간 중에 인수법인의 피인수법인 지분비율이 낮아졌으나, 각 사업연도 종료일 현재 지분비율이 당초 세액공제를 신청한 지분비율 보다 낮아지지 않은 경우
- 같은 법 제12조의4제2항 제3호의 추징 사유에 해당하는지 여부
2. 사실관계
○ 인수법인은 법인세법상 특수관계 없는 벤처기업(｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받음) 피인수법인의 주식 100%를 순자산 시가의 150% 이상인 총 ×××억원(피인수법인의 발행주식 총수 2백만주×주당 3만원)에 취득함
○ 인수법인의 주식매매계약서에 따르면, 피인수법인의 대표이사에게 총 인수주식의 30% 콜옵션 조건을 부여하고 있으므로
- 피인수법인의 대표이사가 사후관리기간(조특령§11의4⑨단서) 내에 콜옵션을 행사할 경우 인수법인의 피인수법인 지분비율이 취득당시 지분비율 보다 낮아짐
○ 또한, 사후관리기간(조특령§11의4⑨단서) 내에 주식매수선택권을 부여받은 피인수법인의 임직원이 해당 권리를 행사하는 경우,
- 피인수법인이 유가증권 상장 등을 고려하여 우리사주조합에 제3자 배정방식으로 유상증자하는 경우 또는 피인수법인이 다른 법인과 적격합병 하는 경우 등에는
- 인수법인이 피인수법인의 주식을 처분하거나, 다른 법인이 피인수법인의 유상증자에 참여하지 않더라도 피인수법인 지분비율이 취득당시 지분비율 보다 낮아짐
3. 관련 법령
○ 조세특례제한법 제12조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】
① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2015년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.
1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것
2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것
가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 150
나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "지분비율"이라 한다)
4. 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 주식등을 매각하고 받은 대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 100분의 20 미만인 경우로서 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것
5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것
② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.
1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우
2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우
3. 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율이 취득일 현재의 지분비율보다 낮아지는 경우
(이하 생략)
○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】
① 법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.
② 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.
1. 취득일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업
2. 취득일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업
3. 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제9조제2항제1호에 따른 연구·인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업
③ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란「법인세법 시행령」제87조에 따른 특수관계인을 말한다.
④ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술가치 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다.
1.「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제2조의3제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 법 제12조제1항에 따른 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일 현재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가에 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(음수)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.
2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액
가. 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액
나. 취득일 현재의 지분비율
⑤ 법 제12조의4제1항제3호와 이 영 제4항제1호에 따른 피인수법인의 순자산시가는 취득일 현재의 피인수법인의 자산총액(법 제12조제1항에 따른 특허권등의 가액은 제외한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 한다.
⑥～⑧ (생략)
⑨ 법 제12조의4제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다. 다만, 법 제12조의4제2항제3호의 경우는 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 4년으로 한다.
(이하 생략)
출처 :
국세청 2015. 03. 31. 서면-2014-법령해석법인-21447 | 국세법령정보시스템
